PacBio CCS长读长

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宏基因组装配

国内团队：通过linked-read测序对宏基因组组装进行全面研究

目前的宏基因组学实践使用短读长测序来同时对微生物基因组混合物进行测序。但是，这些结果在基因组组装过程中含糊不清，导致微生物基因组完整性和重叠群连续性无法令人满意。而通过将相同的条形码与较长的DNA片段（10-100 kb）的读长连接在一起，Linked-read测序能够消除其中的一些歧义，从而改善了宏基因组的装配。香港浸会大学张璐和香港城市大学李帅成与团队在Microbiome发表文章，全面研究了linked-read测序参数对宏基因组装配的影响。虽然linked-reads测序的基因组组装质量无法与PacBio CCS long-reads的匹敌，但由于linked-reads测序的低成本和高碱基质量，使用它的理由仍然很有说服力。本研究表明，使用linked-reads进行宏基因组组装的最佳实践是合并来自多个文库的linked-reads，其中每个文库具有足够的每个片段读取深度，且更少量的输入DNA。

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