宏基因组组装基因组（MAGs）

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宏基因组组装基因组（MAGs）

文章数：9篇

Nature子刊：适用于PacBio HiFi数据组装的工具metaMDBG

长读长测序技术，如PacBio HiFi，正在迅速成为基因组学研究的新黄金标准。近日，研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出metaMDBG，一个基于MDBG的长而准确的宏基因组读取组装工具，相比现有的工具，metaMDBG组装速度更快，占用内存较小，实测性能较好，值得关注。

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RefSeq和宏基因组时代的原核基因组注释流程

国家生物技术信息中心的参考序列（RefSeq）项目已包含超过31.5万个细菌和古细菌基因组和2.36亿个蛋白质，并提供最新和一致的注释。近日，美国国家卫生研究院人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，系统描述了RefSeq集合的当前内容，特别是MAG的贡献。还解释了对选择过程所做的更改，以便在保持存储质量的同时融入MAG所代表的新颖性。最后，提出了具有专家策划功能分配的RefSeq蛋白的比例有所增长，并且基因本体论术语会使RefSeq蛋白的注释更加丰富，值得关注。

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微生物信号转导数据库的新版本MiST 4.0

细菌和古细菌中的信号转导系统将环境刺激与特定的适应性细胞反应联系起来。它们控制着基因表达、运动、生物膜形成、发育和其他对生存至关重要的过程。近日，俄亥俄州立大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，发布了微生物信号转导数据库新版本MiST 4.0，并允许用户开始探索其信号转导谱。MAGs代表了独特且未经探索信息的丰富来源，该数据库的发布为宏基因组信号转导的研究奠定了基础，值得关注。

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Nature Reviews：评估MAG质量的不同工具和策略（评论）

随着测序技术和生物信息学工具的快速发展，如今微生物相关研究已经产生了大量的宏基因组组装基因组（MAG），如何评估这些基因组的完整度和污染率，一直是该研究领域的重要课题。近日，发表在Nature Reviews Microbiology的一篇报道，介绍了用于评估微生物组研究中生成的MAG的质量的不同工具和策略（CheckM、CheckM2及uBin），为后续研究人员进行基因组质量评估提供了指导，值得关注。

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Nature子刊：一种快速、精确、稳健的宏基因组序列比较工具Skani

随着测序技术和生信工具的快速发展，如今的研究已经产生了数十万个MAG，基于数据库搜索这些MAG或计算所有成对相似性需要数十亿次比较，这对于传统的比对工具难度很大。近日，卡内基梅陇大学研究人员在Nature Methods发表最新研究，开发一种快速、精确、稳健的宏基因组序列比较工具Skani，实测性能较好，值得关注。

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张和平团队：构建基于Web的综合乳酸菌数据库—iLABdb

乳酸菌作为微生物领域重要的战略资源，在食品加工、农业种植、动物养殖以及生物制药等领域具有广泛的应用价值。然而，与其巨大的应用潜能相比，目前对乳酸菌资源的全面理解尚处于起步阶段。近日，内蒙古农业大学张和平及团队在Science Bulletin发表最新研究，构建了一个综合性的乳酸菌基因组数据库iLABdb（https://www.imhpc.com/iLABdb），可帮助科研界和产业界用户快速浏览、查询、分析及可视化乳酸菌基因组特征。iLABdb还为提交新的乳酸菌基因组或展示具备临床效益的明星菌株信息提供了平台。目前，iLABdb已整合了超62000个乳酸菌基因组及相关的元数据，包括超11000个新测序的乳酸菌基因组，覆盖了众多的地理和宿主背景。值得注意的是，iLABdb不仅提供了从菌株到全基因组的综合信息，还收录了1054项临床益生菌干预研究文献，以促进科学循证和医学研究。此外，iLABdb 还具备基于全基因组序列的搜索功能，将进一步助力于乳酸菌的精准分类和功能解析。未来，iLABdb将纳入更为广泛的乳酸菌数据，助推乳酸菌资源的深度开发和应用。

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用于宏基因组重叠群可视化和组装的分箱工具—BinaRena

探索宏基因组重叠群并将其“分类”到宏基因组组装基因组（MAG）中对于描绘微生物群落内的功能和进化关系至关重要。尽管自动分箱算法取得很大进步，但其恢复MAG的准确性和生物相关性的能力仍然有限。近日，亚利桑那州立大学研究人员在Microbiome发表最新研究，开发了一种用于宏基因组重叠群可视化和组装的分箱工具BinaRena（thttps://github.com/qiyunlab/binarena），在环境和人类样本中实测性能较好，值得关注。

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赵江潮+李英：大熊猫独特肠道菌群助力“以竹为生”

大熊猫是全球易危物种，尽管它具有典型的食肉动物样胃肠道，但是大熊猫的饮食完全由高度纤维的竹子组成，这很值得研究。佛山科学技术学院李英和阿肯色大学赵江潮与团队在Microbiome上发表最新研究，通过对大量大熊猫粪便样本进行深度测序，重建了高质量的宏基因组组装基因组（MAGs），并检测了大熊猫营养代谢中高表达基因和肠道菌群对熊猫饮食变化的贡献。结果表明，非解乳糖链球菌在大熊猫肠道菌群中扮演重要角色，它通过蛋白质而不是碳水化合物代谢来促进大熊猫适应饮食。

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人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

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