微生物组分析工具

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菌群差异分析

微生物差异丰度分析方法的综合评价

差异丰度分析（DAA）是微生物组数据分析中重要的一环，性能强大的DAA工具有利于更准确的识别差异微生物特征。近日，美国梅奥诊所研究人员近日在Microbiome发表最新研究，评估现有多种DAA工具（ANCOM-BC、Aldex2、fitFeatureModel和DACOMP等），发现大多数工具存在效率低或者假阳性高等问题。在此基础上，他们设计开发了ZicoSeq，该工具在有效控制假阳性的同时，弥补了现有方法功效低的问题，值得相关人员测试。

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微生物组分析工具

新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析

探索微生物组与宿主表型的关联，以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强，现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果，该软件采用R语言编写，可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装，使用方便；相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。

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功能全面的微生物组及多组学数据网络分析平台MetagenoNets

微生物组网络分析是数据的常用解读方式，但现在软件和方法复杂、使用不方便等因素限制了网络分析的应用。本文作者建立了一个在线提供交互式网络分析的网站 https://web.rniapps.net/metagenonets ，可实现多种相关分析和网络图、热图的可视化方案，以及网络属性的计算、比较和可视化。本平台的发布，将极大地帮助无生物信息背景的生物学家开展网络分析。

微生物组分析工具网络分析共存网络相关分析分析平台

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中科院深圳先进院：群体规模的微生物组分层和关联分析的新工具

Genome Biology近期发表了来自中科院深圳先进院周豪魁和赵国屏院士与团队的研究，介绍了他们团队开发的一个微生物组数据分析工具——tmap，可用于分析群体规模的微生物组变化及其与宿主或环境因素的关联性。

微生物组分析工具 Microbiome-wide association analysis Topological data analysis Population-scale microbiome Microbiome stratification