菌群差异分析

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菌群差异分析

微生物差异丰度分析方法的综合评价

差异丰度分析（DAA）是微生物组数据分析中重要的一环，性能强大的DAA工具有利于更准确的识别差异微生物特征。近日，美国梅奥诊所研究人员近日在Microbiome发表最新研究，评估现有多种DAA工具（ANCOM-BC、Aldex2、fitFeatureModel和DACOMP等），发现大多数工具存在效率低或者假阳性高等问题。在此基础上，他们设计开发了ZicoSeq，该工具在有效控制假阳性的同时，弥补了现有方法功效低的问题，值得相关人员测试。

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一种基于逻辑回归的微生物组差异分析新方法

目前主流的微生物组差异分析方法大多是基于对数转换数据进行的，但矩阵中的零计数却不能参与对数转化，因此需要对这些条目添加很小的数以进行对数转换，导致现有方法难以控制错误发现率，此外，16S扩增子或宏基因组测序实验也会引入偏差。PNAS上近期发表了一项研究，开发了一个基于逻辑成分分析的R包LOCOM，用于微生物组的差异丰度分析，且不需要伪计数，相较现有方法显著提升了灵敏度，且对实验偏差具有鲁棒性。

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分析成对、纵向样本菌群差异性的R语言程序包

人类肠道内的微生物环境对于人的健康具有重要的影响。《Bioinformatics》近期发表的文章介绍了一种基于UniFrac距离的差异性评估的新方法，可分析成对样品、同一个体不同时间段样品中的菌群差异，有助于减小宿主个体差异对菌群相关研究的影响。

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