假阳性

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文章数：6篇

刘洋彧等Nature子刊：限制性内切酶或可助力解决宏基因组假阳性鉴定问题

尽管现有的宏基因组分析器前景看好，它们也存在一些局限性。目前多数宏基因组分析器面临的主要瓶颈是它们依赖于通用的单拷贝标记或整个微生物基因组作为参考，因此受限于构建参考数据库时的标记缺失，抑或保守区域的多重比对问题。近日，哈佛大学医学院刘洋彧及团队在Nature Communications发表最新研究，利用物种特异性IIB型限制性内切酶酶切位点作参考，不采用通用标记或整个微生物基因组，构建基于IIB型限制性内切位点的宏基因组分析器MAP2B，MAP2B可以有效的消除微生物组数据鉴定时存在的假阳性，并生成更高精度、更准确的物种分类结果，值得关注。

宏基因组假阳性研究论文基础研究生信工具

基因组编辑技术

国内团队Nature子刊：新型非模式假单胞菌的高效基因组编辑技术

基于噬菌体编码的同源重组系统是细菌基因组编辑的有效工具。近日，山东大学微生物技术国家重点实验室符军、李瑞娟、湖南师范大学尹佳及团队在Nature Protocols发表最新研究，利用噬菌体编码的同源重组系统和CRISPR-Cas3系统对假单胞菌进行精准基因组工程编辑，开发了非模式假单胞菌的高效基因组编辑技术，性能较好，值得关注。

基因组编辑技术噬菌体编码研究论文基础研究同源重组系统

重庆医科大学开发兼顾原核生物和病毒的宏基因组物种组成分析软件KMCP

本研究开发了一款新的宏基因组物种组成分析软件KMCP，它使用改进的COBS（紧凑的位分片签名索引）数据结构来对微生物参考基因组进行索引，并结合k-mer相似性与基因组覆盖信息来提高宏基因组物种组成分析的准确性。KMCP数据库构建的高效性和序列搜索的可扩展性使得KMCP能有效的利用日益增多的参考基因组。KMCP由Go语言实现，提供Linux、Windows、macOS操作系统的amd64和arm64架构的静态链接可执行程序，用户只需要下载解压，开箱即用，也可通过conda安装。

原核生物病毒宏基因组物种组成 k-mer

测序数据鉴别和去除rRNA序列利器RiboDetector

rRNA序列污染是广泛存在于各类高通量测序数据中的。除了在实验建库过程中对文库进行去核糖体的处理，数据分析层面也可通过一些序列比对的策略去除。本研究中，作者基于深度学习算法开发了高效准确去除核糖体序列的工具-RiboDetector，其是基于深度学习的BiLSTM（一款双向的循环神经网络架构）开发的软件，其可以快速准确地识别转录组、宏基因组、宏转录组、非编码 RNA 和核糖体测序数据中的 rRNA 读长，RiboDetector 可在 https://github.com/hzi-bifo/RiboDetector 获得。

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Nature子刊：基准菌群转换有利于解决组成性和采样深度偏差的实验定量方法

宏基因组测序中，由于序列矩阵的稀疏性和组成性，菌群数据的下游分析和临床解释仍然具有挑战性，在本研究中，作者对一系列广泛的可用计算和实验转换方法的优点和局限性进行了系统评估，这些方法已被提议用于处理序列数据分析中的组成性和采样深度变化。作者的基准证明了定量方法在报告样本丰富度以及准确恢复真正的分类单元，分类单元和分类单元间，分类单元与元数据关联方面优于其他计算方法的性能，同时最小化了假阳性关联的检测。

采样深度组成性基准菌群转换稀疏性宏基因组测序

大肠癌FIT筛查，哪些因素可能增加假阳性或假阴性的风险？

利用粪便免疫化学测试（FIT）进行结直肠癌筛查时，可能出现假阳性和假阴性。American Journal of Gastroenterology上发表的一项荟萃分析结果显示，性别、药物使用、结直肠癌家族史、血糖、血压、吸烟、肥胖等因素影响了FIT的假阳性或假阴性的风险。研究结果提示未来可对特定人群进行筛查策略的优化，以降低假阴性结果漏掉的结直肠癌患者，欧减少假阳性患者不必要的结肠镜检查。

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