GPU

搜索
登录

GPU

文章数：2篇

国内团队：从宏基因组序列中加速识别病原体的新工具GPMeta

宏基因组测序由于其无偏性和低成本特性，是临床微生物检测中识别病原体的有力工具。然而，在临床相关的时间框架内对序列进行分类的挑战阻碍了测试技术的临床实践。近日，华大基因Zengquan He、Dongfang Li、Xuebin Wang及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，开发了GPMeta（https://github.com/Bgi-LUSH/GPMeta），可以快速且准确地从复杂的微生物组数据中识别病原体，相比其他工具性能较好，值得关注。

GPMeta 病原体鉴定研究论文基础研究生信工具

测序数据鉴别和去除rRNA序列利器RiboDetector

rRNA序列污染是广泛存在于各类高通量测序数据中的。除了在实验建库过程中对文库进行去核糖体的处理，数据分析层面也可通过一些序列比对的策略去除。本研究中，作者基于深度学习算法开发了高效准确去除核糖体序列的工具-RiboDetector，其是基于深度学习的BiLSTM（一款双向的循环神经网络架构）开发的软件，其可以快速准确地识别转录组、宏基因组、宏转录组、非编码 RNA 和核糖体测序数据中的 rRNA 读长，RiboDetector 可在 https://github.com/hzi-bifo/RiboDetector 获得。

rRNA 序列深度学习算法 GPU 神经网络假阳性