CAZymes

搜索
登录

CAZymes

文章数：6篇

肖亮+邹远强等：人类口腔培养细菌参考基因组目录

口腔内有高度多样化的微生物群落。然而，分离物种和高质量基因组的数量有限。近日，华大基因的肖亮、邹远强及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究。通过需氧和厌氧模式从志愿者的牙菌斑、舌头和唾液中分离口腔菌群，建立了口腔培养细菌基因组参考目录，含1089个高质量基因组，并识别到多种未分类注释物种，值得关注。

口腔菌群培养组学研究论文基础研究参考基因组

四川大学：在猴肠道中发现大量微生物新基因组

基于宏基因组组装普通猕猴肠道微生物基因组对于理解其作为重要的非人灵长类模式动物具有重要意义。近日，四川大学的张安云、李静及团队在Gut Microbes发表最新研究，通过对猕猴粪便宏基因组数据进行基因组组装，进一步扩大了其肠道微生物基因组的多样性。此外，发现猕猴肠道中弯曲菌属和螺旋杆菌科的MAGs主要携带鞭毛和趋化性相关的毒力基因，可能在猕猴腹泻过程中发挥潜在作用。总之，该研究为预防恒河猴腹泻提供了新的见解，值得关注。

猕猴宏基因组组装基因组 (MAGs) 研究论文基础研究 CAZymes

dbCAN-seq更新

用于评估菌群CAZyme基因簇和底物的dbCAN-seq数据库更新

碳水化合物活性酶（CAZymes）对人类健康、营养、肠道微生物组、生物能源、植物疾病和全球碳循环的研究极为重要。随着组装技术的更新，来自各种生态环境的数十万个宏基因组组装基因组 (MAGs) 现在可以在公共数据库中获得。近日，美国内布拉斯加大学团队在Nucleic Acids Research发表最新研究更新了dbCAN-seq数据库 ( https://bcb.unl.edu/dbCAN_seq），这次更新主要体现在两个方面：首先，dbCAN-seq提供了来自四个生态环境（人类肠道、口腔、牛瘤胃和海洋）9421个MAGs的498000个CAZyme和169000个CAZyme基因簇（CGCs）；另外，使用了两种新方法来预测微生物组CGCs的底物，并提供了底物查阅功能，允许搜索针对不同微生物组中预测特定底物的CGCs，值得关注和使用。

dbCAN-seq更新 CAZymes 研究论文基础研究宏基因组组装基因组 (MAGs)

Nature Reviews：肠道菌群中的碳水化合物活性酶（综述）

肠道菌群基因组的很大一部分用于碳水化合物的摄取和降解，表明了这类分子的重要性。碳水化合物的功能不仅是作为这些细菌的碳源，也是附着于宿主的一种方式，以及宿主感染的一种屏障。发表在Nature Reviews Microbiology上的这篇综述，重点介绍了碳水化合物活性酶（CAZymes）的多样性、肠道微生物如何利用它们降解碳水化合物、这些CAZymes的不同化学机制，以及这些微生物及其CAZymes在人类健康和疾病中的作用，促进了人们对CAZymes和聚糖基本作用的理解。

CAZymes 肠道微生物多糖利用位点

糖苷水解酶类

微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶

本研究利用Acidobacteria Granulicellas菌株WH15的胞外多糖复合体结构(WH15EPS)作为富集因子，使用不依赖于微生物培养和依赖于微生物培养的方法，鉴定潜在的GH微生物产生菌和具有生物技术应用潜力的GH基因。本研究的主要目的是利用温带森林凋落物微宇宙培养和培养基培养实验，来研究靶向降解EPS的微生物和功能。作者使用稳定性同位素标记技术(SIP)结合宏基因组技术研究了使用WH15EPS改良的表层土壤，并通过宏基因组数据与固体培养-EPS改良培养基进行耦合研究。

糖苷水解酶类生物膜胞外多糖 SIP 宏基因组

鉴定宏基因组中碳水化合物相关基因的网站dbCAN2

随着越来越多的人类、动植物相关的微生物基因组和宏基因组被测序，迫切需要用于CAZymes基因挖掘的自动工具。作者在2012年开发了dbCAN Web服务器，以提供公共服务，为新测序的基因组提供自动CAZyme注释。在这里dbCAN2(http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2)作为升级版，其中集成了三个用于CAZome(基因组的所有CAZyme)注释的最新工具, 此外，dbCAN2现在还接受核苷酸序列提交，并提供预测具有物理连接CAZyme基因簇(CGC)的服务，这将是非常有用的在线工具，用于识别微生物基因组或宏基因组中假定的多糖利用基因座(PULs)。

CAZymes CAZy数据库 HMMs CAZome注释核苷酸序列