Phylogenetics

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文章数：4篇

微生物组分析工具

新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析

探索微生物组与宿主表型的关联，以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强，现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果，该软件采用R语言编写，可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装，使用方便；相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。

微生物组分析工具 Microbiome association studies microbial ecology Adaptive association analysis Higher criticism

“可爱”背后：企鹅可能也是重要病毒库

有观点认为企鹅等南极动物面临的病原体暴露压力较低，导致其在其它环境中的疾病易感性增强。《ISME Journal》上发表的一项最新研究，对3种南极企鹅的体内及体表寄生虱的RNA病毒组进行了测序分析，发现企鹅携带的RNA病毒多样性与其它区域（如澳大利亚）的水鸟类似，提示企鹅也是重要的病毒储存库。

病毒组 community ecology microbial ecology Molecular ecology Phylogenetics

Nature Reviews：噬菌体的多样性、基因组与进化（综述）

病毒宏基因组学的最新进展使人们能够在从人类肠道到深海的众多环境中迅速发现空前的噬菌体目录。尽管这些进展扩大了我们对噬菌体基因组多样性的理解，但也表明我们的研究相当初步。尽管噬菌体在核苷酸序列水平上具有非常高的多样性，但形成病毒颗粒的结构蛋白仍具有很强的相似性和保守性。从进化的角度来看，噬菌体具有独特的相互联系，并响应宿主的选择性压力而经历多种基因交换事件，从而驱动了它们的多样性。本篇Nature综述介绍了噬菌体在结构，基因组和群落水平上的多样性，以及噬菌体之间复杂的进化关系，这些噬菌体是由其基因组的镶嵌性塑造的。强烈推荐阅读，是噬菌体领域同行的必读入门教科书。

噬菌体 Bacteriophages biodiversity metagenomics Phage biology

菌群-免疫互作

Cell子刊：免疫-菌群互作调控进食和体重

饮食引起的肥胖和胰岛素抵抗，与肠道菌群失调和炎症有关，但免疫-菌群的互作在代谢平衡调控中的作用仍待深入研究。《Cell Metabolism》近期发表的一项小鼠研究表明，特定免疫细胞中营养传感通路的活化，可影响肠道菌群组成和特定关键菌株的定植，从而导致小鼠进食减少、体重减轻，说明宿主免疫-菌群互作参与调节宿主进食和体重。

菌群-免疫互作免疫代谢 immunometabolism innate immunity energy balance