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文章数：4篇

功能注释工具

eggNOG-mapper v2：宏基因组功能注释的最新软件和配套最新数据库

本文作者描述了 eggNOG-mapper 的重大升级版本eggNOG-mapper v2，其提供了比其前身更高效、通用且可扩展的自动化功能注释工作流程。GitHub 上提供了独立版本（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper），以及大量文档和使用示例（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki）。

功能注释工具宏基因组数据集基因预测重叠群

生物信息学工具

分析菌群基因水平转移的信息学工具

《Microbiome》近期发表的研究介绍了一种新的生物信息学分析工具——MetaCHIP，可以在不依赖于参考基因组的情况下，用于宏基因组测序数据分析，探索群落水平上的水平基因转移事件。

生物信息学工具基因水平转移 Bioinformatics HGT identification horizontal gene transfer

随机对照试验

【营养证据】牛奶喝太多可能不利代谢健康

① 过去的荟萃分析认为牛奶可以增加骨密度，但是存在个体差异；对于牛奶和主要慢性病的关联，则未给出分析。② 本文利用孟德尔随机化方法，进行流行病学研究。③ 结果表明，无论是全脂还是脱脂牛奶，牛奶消费越高，人体空腹胰岛素水平和体质指数BMI就越高；没有观察到明确的健康益处。④ 因此，过多的牛奶消费可能不利于体重控制。⑤ 为进一步完善膳食指南，还需对其他人群以及其他乳制品在相关方面的作用进行调查与研究。

随机对照试验基因预测牛奶消费骨密度局部缺血性心脏病

Prodigal鉴定细菌基因组和宏基因组中的基因

由橡树岭国家实验室计算生物学与生物信息学小组开发的Prodigal是原核生物基因鉴定的流行软件，引用3千多次可谓神作。而且此软件被众多分析流程整合，如抗生素抗生基因鉴定rgi、分箱结果去冗余drep（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066969984）、宏基因组流程anvio、基因注释流程prokka（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1076111428）、基因组质量评估checkm-genome、分箱流程das_tool（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1036660372）、基因簇鉴定antismash等，引用被严重低估。目前在细菌菌组、宏基因组领域有非常广泛的应用。

基因预测软件细菌基因组宏基因组 Jiachao Zhang