文库制备

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文章数：4篇

宏基因组测序

中科院团队建立微量样本的宏基因组学研究方法

宏基因组测序大大扩展了人们对各种生态位中菌群的理解。然而，将低于1ng的DNA转换为高质量的宏基因组文库并且获得高保真数据仍然面临挑战。本研究中作者评估了多种文库制备方法在0.5 pg-5 ng合成菌群DNA上的表现，描绘了污染特征，并进一步应用不同算法去除污染。本研究证明，结合适当的文库制备方法和去污染算法，可以从低于1ng的微量DNA样本中获得高质量宏基因组数据。本研究为不同微生物载量的样本的宏基因组学研究方法提供了参考。

宏基因组测序内切酶文库制备异质性去污染算法

长读长测序

Nature子刊：人类肠道微生物组的高分子量DNA提取、纳米孔测序和宏基因组组装方法

人类肠道微生物组的短读长宏基因组测序和从头基因组组装可产生细菌基因组草图，而无需分离和培养。虽然长读长测序已成功应用于装配连续的细菌分离体基因组，但从粪便样本中提取足够分子量、纯度和数量的DNA进行宏基因组测序仍是一个挑战。在此，作者提出了一种从人类粪便样本中提取微克量的高分子量DNA的方案，该方案适用于下游长读长测序的应用。作者还推出了Lathe (www.github.com/bhattlab/lathe)，这是一种用于长读长碱基检出，装配，长读长或Illumina短读长的一致细化和基因组环化的计算工作流程。总而言之，此方案可以在大约10天内，从2 d的动手实践和计算量下从复杂的人类肠道样本中产生高质量的连续或环状细菌基因组。

长读长测序宏基因组学人类肠道微生物组高分子量DNA 生物信息学

Nature子刊：全面改进扩增方法，提高菌群研究准确性

Nature Biotechnology关于二代测序扩增文库制备方法改进的重量级文献，必须看一看，说不准你就因此搞定新物种了哈。

PCR 二代测序扩增文库文库制备扩增子

CPMB：一种更强大的微生物组DNA富集方法

① 微生物组分析中，样品里的宿主DNA可能对结果造成影响； ② 在测序之前去除宿主DNA可获得更高的微生物组基因的测序深度； ③ 本文介绍了一种新的微生物组DNA富集方法； ④ 甲基化的宿主DNA，例如人基因组DNA被选择性地除去； ⑤ 这种方法产生的测序数据中微生物DNA的比例更高且质量更好。

二代测序富集方法样品制备文库制备 Katri Korpela