二代测序

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二代测序

文章数：12篇

大脑微生物组

脱靶扩增或可导致帕金森患者脑部细菌检测假阳性

最近的研究表明，人类大脑存在微生物。这些微生物或与帕金森病(PD)和阿尔茨海默病(AD)中所见的神经炎症变化有关，或作为健康患者大脑样本中的大脑微生物组而存在。Microbiome最近发表的研究，通过检测健康和帕金森患者个体大脑不同区域微生物组成，及作为种间对照的小鼠大脑微生物组成，结果发现，没有证据支持帕金森病患者大脑中存在微生物组或细菌感染，检测到的细菌信号是由外源DNA污染和宿主DNA假阳性扩增引起的。

大脑微生物组脱靶扩增 DNA污染二代测序 16S rRNA 基因

病原体检测

Nature子刊：mNGS实现对体液样本的快速病原体检测

Nature Medicine近期发表研究，介绍了一种两大测序平台（illumina和nanopore）通用的基于体液样本的快速病原体检测方法，或有临床应用价值。

病原体检测宏基因组学二代测序医学研究

JAMA：二代测序技术在感染性病原体检测中的优势及展望

随着测序技术和数据分析方法的发展，运用于科研领域的二代测序技术有望广泛应用于临床病原体检测。本文简要介绍了二代测序进行病原体检测的流程，指出了该技术的优势、局限性以及未来的发展方向，值得参考。

二代测序病原体检测 Genetics and Genomics infectious diseases Genomics and Precision Health

二代测序并未提升对结直肠癌风险基因突变的预测准确度

《Annals of Oncology》上发表的一项研究，使用二代测序及焦磷酸测序鉴定相关基因突变，用来预测接受抗EGFR治疗后转移性结直肠癌患者的预后，发现焦磷酸测序鉴定出的对照组患者的应答率、无进展生存期及总生存期显著高于突变患者，而使用突变检测更精确的二代测序不能衡量两种患者预后。

结直肠癌结直肠癌转移性结直肠癌抗EGFR治疗精准医疗

生物信息学工具

PAIPline：鉴定致病菌的临床测序结果分析平台

本文介绍了一款新的高通量数据分析平台PAIPline，可用于分析临床样品高通量测序数据，鉴定其中的致病微生物。与常用分析软件相比，该平台在提高鉴定精确性的同时保证了检测敏感性，且操作简便，有助于分析临床二代测序结果，值得参考。

生物信息学工具病原菌检测二代测序

JAMA子刊：用宏基因组测序找出慢性脑膜炎病原体

有些慢性脑膜炎的病原体难以诊断，JAMA Neurology近期发表一项研究，用宏基因组测序和相应评分算法，在传统方法没有检测出病原体的患者中，成功找出了致病微生物。该方法有望用于临床实践，值得专业人士关注。

宏基因组二代测序脑膜炎 Duc-Huy T Nguyen Esak Lee

CID：宏基因组二代测序用于感染诊断（综述）

这是Clinical Infectious Diseases[IF：8.216]发出的关于利用二代测序用于临床感染性疾病的检测的综述，系统性总结了目前的应用水平，以及亟需解决的问题。文章对未来前景比较乐观，认为二代测序可能会成为感染性疾病诊断的通用检测方法。好文章，值得好好读。

宏基因组诊断二代测序生物信息学感染

FM：食品相关菌群研究必用的测序技术（综述）

这是一篇Frontiers in Microbiology[IF：4.076]上发表的值得所有食品科学领域的人好好读一读的综述，对研究食品相关菌群的测序方法进行了充分的总结和推荐，这是很能帮助涨知识指导实践的文章，值得精读哦。

二代测序食品菌群宏基因组宏转录组 16S rDNA

Ion Torrent™ sequencing

IBB：史上第一次古建筑材料菌群分析

史上第一，值得关注。

Ion Torrent™ sequencing 二代测序古建筑材料引物偏差嗜盐微生物

Nature子刊：全面改进扩增方法，提高菌群研究准确性

Nature Biotechnology关于二代测序扩增文库制备方法改进的重量级文献，必须看一看，说不准你就因此搞定新物种了哈。

PCR 二代测序扩增文库文库制备扩增子

CPMB：一种更强大的微生物组DNA富集方法

① 微生物组分析中，样品里的宿主DNA可能对结果造成影响； ② 在测序之前去除宿主DNA可获得更高的微生物组基因的测序深度； ③ 本文介绍了一种新的微生物组DNA富集方法； ④ 甲基化的宿主DNA，例如人基因组DNA被选择性地除去； ⑤ 这种方法产生的测序数据中微生物DNA的比例更高且质量更好。

二代测序富集方法样品制备文库制备 Katri Korpela

PNAS：新测序方法，帮助发现药物靶点及耐药基因

以利什曼虫为研究对象，通过新型测序方法鉴定基因座，从而验证和发现药物靶点和耐药基因。

二代测序利什曼虫药物靶标耐药性粘粒测序