结构变异

搜索
登录

结构变异

文章数：4篇

王军团队iMeta：分析宏基因组结构变异的新利器——MetaSVs

结构变异（structural variants, SVs，包括大片段的插入、缺失、倒置和易位）显著影响微生物基因组中基因的功能，菌群中的SVs与多种生物过程和人类疾病相关，中科院微生物所王军团队近期在iMeta发表研究，建立了一个整合了Nanopore长reads和Illumina短reads的MetaSVs流程来分析微生物基因组中的SVs，并进一步确定可以反映代谢差异的差异SVs。

宏基因组菌群纳米孔结构变异杂交测序

Cell：大量病毒存在CRISPR系统，或可助力挖掘更精简的Cas酶？

CRISPR-Cas系统最为人所知的作用是它可作为基因组编辑工具，自然界中40%的细菌和85%的古菌具有CRISPR-Cas系统。令人惊讶的是，部分噬菌体通过侵染原核生物会截取宿主细胞的基因组片段，进而保留下来逐渐修饰以更好地服务于病毒。近日，加州大学伯克利分校Jennifer Doudna和Jillian F Banfield及团队在Cell发表最新研究，通过基因组解析宏基因组学微生物组数据，发现了大约6000种具有CRISPR-Cas系统的噬菌体，进一步探究识别到部分噬菌体拥有属于Ⅴ型Casλ酶，体积约为Cas9的一半，能够编辑植物和人类细胞基因组，并且还兼顾了小型化和高编辑效率的优点，值得重点关注。

CRISPR系统噬菌体研究论文基础研究 CRISPR-Cas 系统

王军+宋默识Nature子刊：二代+三代测序，深挖人类肠道菌群

中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作，在Nature Communications发表文章，报道了一种新方法，结合短读长的二代测序（Illumina）和长读长的三代测序（纳米孔）数据进行宏基因组分析，深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件，在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。

宏基因组三代测序牛津纳米孔测序菌株水平肠道菌群

菌群-宿主互作

Nature子刊：基因组结构变异助力阐释肠道菌群功能

随着宏基因组技术的普及，阐释菌群宏基因组与菌群功能的关系变得至关重要。《Nature Microbiology》近期发表评论，回顾了近期Zeevi等人发表在Nature的文章（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056523376），指出对于菌群基因组结构多样性的解读有助于推动菌群功能、菌群-宿主互作等领域的研究。

菌群-宿主互作结构变异观点评论菌群功能分析