厌氧消化菌群落

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厌氧消化菌群落

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基因组尺度代谢建模（GEM）

Cell子刊：宏转录组整合的基因尺度代谢建模

微生物通常都是以群落形式在影响着其生存环境，因此对于微生物所形成的微生态的研究有赖于对整个微生态的所有菌群及其代谢变化的深入的认识，特别是在特定条件下代谢变化的了解。然而，由于微生态中大多数微生物是不可以培养的，因此，目前该领域的研究最新的研究方法是基于宏基因组学的基因组尺度的代谢建模（GEM）。然而，该方法仅仅能揭示微生态中微生物组成和可能的代谢影响，由于基因表达调控受多方面的影响，因此不能实时反应微生态的代谢情况。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Reports Mehods上的研究，建立了一种整合宏转录组学的基因组尺度的代谢建模的方法（CoCo-GEM，CoCo）。该方法将转录组的数据整合进入模型的建立，以期充分探究特定条件下微生态的代谢的变化，从而反应特定的生物学过程。研究人员进而对该方法进行了实际的验证，结果显示，建立的模型有效预测和模拟了实际的微生态的代谢变化。这一方法的建立进一步推进了不依赖培养的微生态系统建模研究，为进一步整合多组学进行GEM提供了范例。

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