共进化

中科院上海营养与健康研究所徐书华团队和华中科技大学宁康团队合作，在Journal of Genetics and Genomics发表文章，报道了我国新疆哈萨克族、汉族和维吾尔族等群体中宿主-肠道微生物遗传多样性与微观共进化机制，其有助于加深理解人类宿主基因组与肠道微生物组间的微观共进化，以及两者相互作用对人类表型多样性的联合作用机制，同时该研究对推动人类表型组计划和我国多民族“宿主-微生物”共进化研究有积极影响和示范效应。

肠道菌群共进化宿主遗传变异表型多样性 Han Chinese

宿主基因组

Science子刊: 长期除草剂诱导选择下的宿主基因组与微生物组的共适应

物种分化以及物种分化的因素一直是生命领域备受关注的科学问题。作者用实验进化的方法验证了宿主基因组-宿主微生物组共进化。为此，作者将丽蝇蛹集金小蜂（Nasonia vitripennis）暴露于广泛使用的除草剂莠去津（atrazine），长达85代。研究结果表明，莠去津暴露不仅介导了微生物组内的适应性变化，赋予了宿主对莠去津毒性的抗性，而且还对宿主基因组施加了选择性压力，并改变了宿主基因的表达和免疫反应。此外，微生物组移植实验显示，暴露于莠去津的对照组成虫的存活率有降低，而在移植组中并未发生降低。这些结果表明，杀虫剂导的选择介导的宿主-微生物组适应，最终导致新的宿主基因组-微生物组的平衡。

宿主基因组宿主微生物组共进化莠去津选择压力

长读长

Nature子刊：长读长纳米孔宏基因组测序，揭示口腔噬菌体与宿主细菌的相互作用

目前尽管一些宏基因组学研究已经聚焦于口腔噬菌体上，但其依赖于短读长测序。该研究中，作者使用PromethION测序仪进行了人类唾液的长读长宏基因组学研究，其分析整合了PromethION和HiSeq的数据（每个样品> 30 Gb且人类DNA污染少），可鉴定出数百个病毒重叠群。本文中作者的分析显示了增强的桥接功能，以及将噬菌体放置在其宿主基因组环境中并实现其分类学分类的能力，其分析还确定了一个链球菌噬菌体/原噬菌体组和9个巨型噬菌体/原噬菌体。该研究证明了利用PromethION进行的长读长宏基因组学研究在发现噬菌体及其与宿主细菌相互作用中的作用。

长读长宏基因组学口腔噬菌体宿主细菌重叠群

共进化

Science：微生物实验进化揭示其与宿主的基因型选择和更优共生

许多豆科植物与固氮菌或根瘤菌有一种宿主-共生关系，这对植物和微生物都有好处。近日，加拿大多伦多大学Megan E. Frederickson及其研究组发现，实验进化使微生物与其本地宿主基因型更加协作。相关论文于2020年10月23日在Science发表。通过长达一年的进化实验和研究固氮细菌（根瘤菌）如何适应豆类的交叉接种实验，研究人员测试了宿主是否选择了更具合作性的微生物菌株。研究人员将苜蓿中华根瘤菌（Ensifer meliloti）与五种蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）基因型之一配对，这些基因型在“选择”细菌共生体的强度上有所不同。不受宿主选择的影响，苜蓿中华根瘤菌迅速适应其本地宿主基因型，并且当衍生微生物与宿主共享进化史时，它们会更有益。这种本地适应主要限于共生质粒，并且与信号基因突变相关。因此，合作取决于同伴基因型之间的匹配，并随着细菌适应其本地宿主而增加。研究人员介绍，微生物组科学的进步需要更好地了解有益微生物如何适应宿主。

共进化固氮细菌共生质粒宿主选择基因组变异

人乳寡糖

Science子刊：双歧杆菌如何利用特定母乳寡糖促进自身生长

母乳喂养能帮助婴儿建立健康的肠道菌群，促进双歧杆菌生长，这种作用与母乳中的多种寡糖成分有关。Science Advances近期发表的一项研究，揭示了双歧杆菌的两种岩藻糖基乳糖转运蛋白在双歧杆菌与人类共进化中的作用。该研究还构建了一种方法，可评估细菌表面的人乳寡糖（HMO）转运蛋白的底物特异性，可用于寻找促进特定有益菌生长的HMO，或有助于婴儿奶粉研发。

人乳寡糖双歧杆菌共进化岩藻糖基乳糖转运蛋白

共进化

（愚人节文章，切勿相信！）CNS考古大发现：女娲造人理论获得微生物新证据！

共进化古菌群女娲 Co-evolution Archaeabiome

疱疹病毒

COI：疱疹病毒组如何影响免疫与衰老（综述）

这是一篇详细介绍各种疱疹病毒（单纯疱疹病毒1、2（HSV-1、HSV-2）、水痘-带状疱疹病毒（VZV）、EB病毒（EBV）、巨细胞病毒（CMV）等）组成的病毒组，在宿主免疫和衰老中的作用的综述，内容充实，值得认真读一读！

疱疹病毒共进化

共进化

Lancet：吃透人菌共进化，始得健康良处方！（必读综述）

共进化菌群-宿主相互作用传染性疾病

噬病毒体

COV：病毒-宿主共进化中的Polintons、噬病毒体与转座病毒（综述）

噬病毒体转座病毒共进化 Hyun Koo Yuan Liu

共进化

FM：宿主基因如何影响菌群？（综述）

最近肠道菌群研究领域最火的方向莫过于宿主基因如何影响肠道菌群，这篇综述发表的时间节点也很巧，值得好好看一看。

GWAS 共进化宿主基因组共生细菌基因组 Christos Giatsis

进化

Science：人的确就是人和微生物的超级共生体？

① Moeller等人的研究清晰地表明，在过去1500万年间，肠道细菌与人科动物协同种化；② 研究者比较了人类、黑猩猩、倭黑猩猩、大猩猩粪便中拟杆菌科和双歧杆菌科特定株细菌的gyrB基因；③ 除了灵长类动物间非常稀有的共生转移，比较主要细菌谱系的gyrB基因的种系发生，揭示它们与类人猿种系发生基本相符；④ 肠道细菌并不是简单地从环境获取，而是在数百万年间与人科动物共进化，并塑造我们的免疫系统和发育。

进化进化谱系大猩猩倭黑猩猩黑猩猩

进化

Science：1500万年来，菌群与人类共进化的“铁证”？

今天出版的Science，放出了这个重量级的进化相关研究论文，强烈支持了人是人和微生物的超级生物体，这对于理解人-菌群共生、免疫系统塑造、人类发育进程无疑具有重大意义。推荐大家看一看，被科普一下。

进化进化谱系黑猩猩倭黑猩猩大猩猩

共生

Cell：人和微生物，和谐共生的好伙伴？

阐述有益微生物如何与人和谐共生携手进化：① 它们寻求自己的适合度，同时促进人的健康和适合度；② 它们有如病原体的模式和行为，但实际在推动宿主的耐受抵抗策略；③ 方式有：占据特定生态位、满足宿主代谢需求、调节炎症等；④ 免疫状态、基因、食物以及在身体的分布，决定了微生物能否致病。

共生共进化免疫耐受微生物行为模式生态位

共进化

生态学与进化趋势：肠道菌群与宿主共进化（推荐综述）

想了解肠道菌群与宿主共进化的原理，这篇文献必读。

共进化宿主-菌群共进化共生基因组共生宿主-微生物共生

免疫系统

Cell：小鼠只爱小鼠的细菌，相当专一！

这是介绍同期重量级研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1092406052）的小文章，老规矩，这样的文章，看看图就会有收获。特别推荐！

免疫系统共进化 Catherine S Grasso Catherine S Grasso Marios Giannakis