无监督聚类

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国内团队：宏蛋白质组数据分析利器—metaSpectraST

目前，研究人员大多采用宏基因组学的方法对菌群进行研究，但其只能提供菌群的物种信息和由基因序列推测的潜在生物学功能，并不能准确地反映出菌群的实时功能变化。而宏蛋白质组学可通过分析鉴定菌群内所有微生物产生的蛋白来获取菌群的物种和生物学功能信息。近日，香港科技大学Henry Lam和香港城市大学Patrick K. H. Lee与团队在Microbiome发表最新研究，开发了一种基于无监督聚类的非数据库依赖型宏蛋白质组学质谱数据分析方法metaSpectraST（https://github.com/bravokid47/metaSpectraST），实测性能较好，值得关注。

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无监督聚类

评测菌群数据无监督聚类方法的性能决定因素

本文系统地比较了菌群分析中常用的 β 多样性和聚类方法。作者将这些应用于四个已发布的数据集，其中可以在样本组之间看到高度不同的微生物组，以及在组之间分离不太清晰的临床数据集。作者表示没有现有的聚类方法可以在所有数据集中普遍表现最佳，并提出了 BC(Bray Curtis) 和 UU (unweighted UniFrac) 的组合指标，利用了这两个指标的互补优势。

无监督聚类 Bray Curtis距离非加权 UniFrac 距离 β多样性