β多样性

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文章数：6篇

无监督聚类

评测菌群数据无监督聚类方法的性能决定因素

本文系统地比较了菌群分析中常用的 β 多样性和聚类方法。作者将这些应用于四个已发布的数据集，其中可以在样本组之间看到高度不同的微生物组，以及在组之间分离不太清晰的临床数据集。作者表示没有现有的聚类方法可以在所有数据集中普遍表现最佳，并提出了 BC(Bray Curtis) 和 UU (unweighted UniFrac) 的组合指标，利用了这两个指标的互补优势。

无监督聚类 Bray Curtis距离非加权 UniFrac 距离 β多样性

徐健、苏晓泉等：用大数据引擎绘制全球菌群转化网络

在自然界的各种生态系统中，微生物以群落（即“菌群”）的形式广泛存在并相互作用，从而深刻地塑造着地球生物圈的功能。然而，菌群多样性的形成和演变过程一直悬而未决。该研究提出了一种基于大数据搜索的理论模型，从多个尺度探索不同生态系统之间微生物组的内在关联与演化规律。基于该理论模型，研究人员运用前期开发的菌群搜索引擎（MSE; http://mse.ac.cn）和超过17万例样本，计算和绘制了首个全球性的“菌群相互转化网络”，从而刻画出不同生态系统中菌群最可能的演化途径，对于重构历史上曾经存在过的菌群，或设计全新的菌群，具有重要的指导意义。

菌群转化无标度网络数据挖掘 β多样性

婴儿菌群发育

早产儿的菌群发育与其生长相关

《mSystems》上发表的一项最新研究，对极低出生体重早产儿的菌群及生长状况进行纵向研究，发现菌群的α多样性与体重增长速率相关，而β多样性则与婴儿在新生儿重症监护室期间的身高增长相关。

婴儿菌群发育 VLBW infant infant growth Infant microbiome longitudinal microbiome

粪便样品储存

SR：野外考察收集粪便样本，不用过于纠结存储方法

比较对野外考察收集的粪便样本的立即冻存、冻干法、乙醇中储存及RNAlater中储存这4种方法，发现存储方法不会造成结果的显著差异，个体化差异才是最大差异。

粪便样品储存方法学 β多样性 α多样性 Michelle M Stein

饮食多样性

FM：海拔不同，鼠兔的肠道菌群有什么区别？

① 研究在不同海拔高度生活的野生高原鼠兔的饮食构成及肠道菌群组成；② 来自不同海拔高度的高原鼠兔的饮食结构有显著差异，肠道菌群组成也显著不同；③ 饮食构成的α多样性与高原鼠兔肠道菌群的α多样性无关；④ 饮食构成的β多样性与高原鼠兔肠道菌群的β多样性正相关；。

饮食多样性 α多样性 β多样性鼠兔肠道菌群

Genome Medicine：益生菌并不改变健康人的菌群？

① 截至2015年8月17日，采用高通量测序，研究食用益生菌后粪便菌群结构改变的随机对照实验（RCT）只有7项，研究质量评估为中到高；② 没有任何一项研究证明食用益生菌组的粪菌α多样性、丰富度或者均一性与食用安慰剂组有差别；③ 只有一项研究发现食用益生菌显著改变了粪菌组成的整体结构，即β多样性改变；④ 益生菌对健康人粪菌组成的影响，还缺乏证据。

益生菌 16S rRNA 随机对照实验 α多样性 β多样性