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α多样性
文章数:7篇
锌缺乏
一文读懂锌缺乏/高锌对肠道菌群的影响(系统综述)
根据世界卫生组织估计,由于饮食中锌摄入量不足或食物中锌的生物利用度较差,全球三分之一的人口面临锌缺乏风险。另一方面,高锌(或锌超负荷)摄入与氧化应激增加、长期记忆受损、肠道吸收和分泌能力改变以及内脏肥胖增加有关。锌有助于细菌在胃肠道定植,还能改变肠道菌群的分布和功能。广泛使用的锌状态生物标志物,如血浆、全血和尿液锌,在锌严重缺乏时精度降低,而肠道菌群分析被认为是精确评估锌生理状态的新方法。Critical Reviews in Food Science and Nutrition最新发表的来自美国康奈尔大学Elad Tako与团队的研究,分析了锌缺乏或高锌/锌超负荷对肠道菌群的影响。
锌缺乏
锌超负荷
系统综述
肠道菌群
α多样性
HIV感染
HIV感染对肠道菌群α多样性的影响
《Clinical Infectious Diseases》上发表的一项荟萃分析结果,对超过1000份样本的原始测序数据进行分析后发现,HIV感染与肠道菌群α多样性的降低显著相关,而性别及性取向影响了这种相关性。
HIV感染
HIV
AIDS
Microbiome
荟萃分析
婴儿菌群发育
早产儿的菌群发育与其生长相关
《mSystems》上发表的一项最新研究,对极低出生体重早产儿的菌群及生长状况进行纵向研究,发现菌群的α多样性与体重增长速率相关,而β多样性则与婴儿在新生儿重症监护室期间的身高增长相关。
婴儿菌群发育
VLBW infant
infant growth
Infant microbiome
longitudinal microbiome
α多样性
mBio:菌群和肥胖的相关性,也受到挑战
有两项研究说,用新的方法分析之前的数据,居然无法支持菌群与肥胖相关这一被广泛接受的假说!那到底以前的分析方法靠不靠谱呢?无菌小鼠的实验其实已经直接证明了菌群与肥胖等代谢疾病的关系,而新的数据分析方法为什么会得到二者相关性很弱的结论呢?以前的方法出现了什么问题?是忽视了个体化差异太大,还是样本量完全不够,算法有问题?这篇文章带给我们的震撼,不仅仅是告诉我们P/B值跟肥胖无关,也不仅仅是因为菌群和肥胖的相关性受到质疑,还因为它提示我们,现有的数据分析方法可能太初级,充满系统性错误。或许也可以说,我们的菌群研究真的还是处于太初级的阶段!
α多样性
随机效应模型
拟杆菌
厚壁菌
随机森林机器学习
粪便样品储存
SR:野外考察收集粪便样本,不用过于纠结存储方法
比较对野外考察收集的粪便样本的立即冻存、冻干法、乙醇中储存及RNAlater中储存这4种方法,发现存储方法不会造成结果的显著差异,个体化差异才是最大差异。
粪便样品储存
方法学
β多样性
α多样性
Michelle M Stein
饮食多样性
FM:海拔不同,鼠兔的肠道菌群有什么区别?
① 研究在不同海拔高度生活的野生高原鼠兔的饮食构成及肠道菌群组成;② 来自不同海拔高度的高原鼠兔的饮食结构有显著差异,肠道菌群组成也显著不同;③ 饮食构成的α多样性与高原鼠兔肠道菌群的α多样性无关;④ 饮食构成的β多样性与高原鼠兔肠道菌群的β多样性正相关;。
饮食多样性
α多样性
β多样性
鼠兔
肠道菌群
益生菌
Genome Medicine:益生菌并不改变健康人的菌群?
① 截至2015年8月17日,采用高通量测序,研究食用益生菌后粪便菌群结构改变的随机对照实验(RCT)只有7项,研究质量评估为中到高;② 没有任何一项研究证明食用益生菌组的粪菌α多样性、丰富度或者均一性与食用安慰剂组有差别;③ 只有一项研究发现食用益生菌显著改变了粪菌组成的整体结构,即β多样性改变;④ 益生菌对健康人粪菌组成的影响,还缺乏证据。
益生菌
16S rRNA
随机对照实验
α多样性
β多样性