Wendy S Garrett

肿瘤菌群综述

肠上皮在感知、整合饮食和微生物信号方面发挥着关键作用，然而肠道菌群和肠上皮细胞（IECs）间的相互作用如何调节近端小肠（尤其是十二指肠）的宿主生理机能，目前的研究尚不清楚。近日发表在Cell Host & Microbe的这篇文章，通过对无菌 (GF) 和不同常规菌群组成的小鼠十二指肠IECs进行单细胞 RNA 测序和菌群分析，发现Faecalibaculum rodentium通过重塑视黄酸-嗜酸性粒细胞-INFγ依赖性回路，从而调节十二指的肠上皮稳态。

宿主-菌群互作小肠肠道菌群肠上皮视黄酸

结直肠癌

具核梭杆菌调节Th17反应，驱动促炎肠道微环境

结直肠癌 Fusobacterium nucleatum Microbiome Th17 cells altered Schaedler’s flora

硫代谢菌群

曹崟等：促菌群产硫化氢的饮食或促早发性大肠癌

微生物可代谢饮食中的硫而产生硫化氢，后者是一种胃肠道致癌物。Gastroenterology上近期发表了圣路易斯华盛顿大学曹崟（共同第一作者）与研究团队的一项前瞻性队列研究，通过食物频率问卷，基于43种硫代谢相关细菌物种的丰度定义硫代谢微生物饮食评分，其中加工肉类、酒、低热量饮料与硫代谢微生物的富集呈正相关，而果汁、豆类、蔬菜、啤酒、甜品与硫代谢微生物的富集呈负相关。对近6万名受试者进行多年随访后发现，更高的硫代谢微生物饮食评分与更高的早发性结直肠腺瘤风险相关。

硫代谢菌群早发性结直肠癌研究论文前瞻性队列研究硫代谢微生物饮食

前瞻性队列研究

Nature子刊：如何开展人类微生物组的大型前瞻性研究？Micro-N值得参考

在人群规模上评估菌群在健康/疾病中的作用，目前面临的一个主要障碍是缺乏大规模前瞻性研究。Nature Protocols近期发表了来自哈佛大学公共卫生学院的文章，介绍了基于大型前瞻性队列NHSII的Micro-N研究，并以此为例说明如何进行微生物组的前瞻性研究，推荐专业人士参考。

前瞻性队列研究人类微生物组

阿司匹林

阿司匹林或能抑制促大肠癌细菌的生长

肠道和肿瘤微生物群的特定成员与结肠直肠癌（CRC）的发生发展密切相关，其临床相关性和潜在作用机制的认识日益深入，但目前还没有将微生物诊断、预防或治疗应用到临床。mBio最近发表的文章中，研究者发现阿司匹林能抑制Fusobacterium nucleatum菌株（一种在结直肠癌患者的肠道中增多的细菌）的生长，并能杀死F. nucleatum。并且，对人体腺瘤DNA进行定量PCR检测发现，每天使用阿司匹林的患者，其结肠腺瘤组织中梭杆菌属丰度降低。本研究结果提示，阿司匹林或有助于预防和治疗结直肠癌。

阿司匹林具核梭杆菌结直肠癌

微生物组

Nature子刊：用微生物组科学造福大众健康（观点）

微生物组流行病学公共卫生

菌群-免疫互作

大肠肿瘤中的细菌可影响抗肿瘤免疫应答

Clinical Cancer Research上发表的一项最新研究，对结直肠癌肿瘤微环境中的具核梭杆菌含量及T细胞亚群进行分析，发现具核梭杆菌含量与肿瘤基质中的CD3+ CD4+ CD45RO+ 细胞（记忆性Th细胞）呈负相关，而记忆性T细胞的减少可能导致抗肿瘤免疫应答的缺失。

菌群-免疫互作肿瘤微环境研究论文基础研究 T细胞

饮食-菌群互作

Science：饮食调控肠-肾轴的新机制

肠道菌群与慢性肾病存在关联。膳食蛋白质可被菌群代谢为硫化氢、吲哚、硫酸吲哚酚等物质，其中吲哚和硫酸吲哚酚是尿毒素，而硫化氢则具有多种生理调节作用，包括通过翻译后修饰来影响蛋白质功能。Science发表的一项最新研究发现，饮食中的含硫氨基酸被肠道菌群代谢后产生的硫化物，可通过对大肠杆菌的色氨酸酶进行硫巯基化修饰，来抑制其产生吲哚的能力，从而减少尿毒素生成和小鼠肾损伤。这些发现说明，饮食能通过翻译后修饰的机制，在不影响肠道菌群组成的情况下改变肠道菌群功能，为研究饮食-菌群互作和靶向菌群的饮食干预带来新的启示。

饮食-菌群互作慢性肾病肠-肾轴大肠杆菌含硫氨基酸

结直肠癌

Cell子刊：大肠癌早期微生物变化具有潜在因果关系

肠道微生物群与结直肠癌（CRC）有关，但其在CRC发生之前的因果改变尚未被阐明。最新发表在Cell Host and Microbe的研究对CRC发生前微生物组的变化进行前瞻性评估。该研究证实，利用微生物组监测腺瘤的效果或许有限，但在结肠肿瘤中，这些早期微生物的变化存在潜在的因果关系。

结直肠癌 metagenomics metatranscriptomics human microbiome Lynch Syndrome

结直肠癌

“喂养”硫代谢菌群的饮食或增加远端结直肠癌风险

硫代谢菌群可将饮食中的硫转化为具有基因毒性的硫化氢，与结直肠癌的发展有关。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现硫代谢细菌相关饮食模式（可促进硫代谢细菌的增殖）——即较高的加工肉制品和低热量饮料摄入、较少的蔬菜和豆类摄入，与远端结直肠癌风险增加相关。

结直肠癌 FFQ colorectal carcinogenesis cancer biogeography fecal microbes

结直肠癌

树突细胞中的FFAR2抑制结直肠癌的机制

游离脂肪酸受体2（FFAR2）是肠道菌群代谢产物——短链脂肪酸的受体。Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现在缺失FFAR2的结直肠癌小鼠模型中，结肠肿瘤数量增加，结肠肿瘤中的细菌负荷增加，树突细胞分泌的IL-27增加，且耗竭性/死亡性T细胞增加，而靶向IL-27的抗体可抑制结肠肿瘤发生。结果提示，靶向抑制IL-27或激活FFAR2或是治疗结直肠癌的潜在策略。

结直肠癌 SCFA microbial metabolite receptor cytokine: cytotoxicity 游离脂肪酸受体（FFAR）

菌群-免疫互作

Nature Reviews：菌群代谢产物对免疫细胞的调控（年度回顾）

Nature Reviews Immunology上发表的年度综述文章，详细总结了2019年度报道的菌群代谢产物对免疫细胞的调控作用的相关研究，进一步揭示了菌群-免疫互作的分子机制。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作菌群代谢产物 GPCR 短链脂肪酸

3型天然淋巴细胞

Cell子刊：ILC3上表达的GPR43调节肠道免疫

3型天然淋巴细胞（ILC3）对环境信号的感知对肠道稳态及宿主防御至关重要。来自Immunity上发表的一项最新研究，发现ILC3上表达的可感知菌群代谢产物的Ffar2受体（GPR43）在调节肠道免疫中发挥了重要作用：GPR43促进了ILC3的增殖及ILC3产生的IL-22，ILC3中缺失GPR43增加了小鼠对结肠炎症及细菌感染的易感性。

3型天然淋巴细胞 SCFA metabolite-sensing GPCR Ffar2(GPR43) innate lymphoid cell

结直肠癌

Science：一图读懂大肠癌中的“坏”细菌

《Science》上周发表来自哈佛大学Wendy Garrett教授的观点性文章，回顾了结直肠癌（CRC）相关肠道菌的研究进展，列举了3种细菌的潜在促癌机制，并对未来的研究方向提出了建议，值得专业人士关注。

结直肠癌肠道菌群具核梭杆菌产肠毒素脆弱拟杆菌 pks+大肠杆菌

肿瘤

Nature子刊：利用微生物组防治肿瘤的现状与挑战（观点）

生长在我们身体上皮表面的共生细菌和其他微生物被统称为微生物组，其产生的小分子和代谢物对癌症的发生、发展和治疗反应具有局部和系统性的影响。大多数针对微生物组的研究都使用了传统的临床前小鼠模型，并确定了微生物种类与癌症表型之间的相关关系。目前微生物组对癌症治疗（如免疫治疗）效果的影响已引起广泛关注。微生物组研究的下一个挑战将是确定致癌表型的单个微生物种类，并揭示其潜在的机制。发表在Nature Reviews Cancer杂志的这篇观点文章，询问了从事癌症微生物组研究的四名科学家，请他们就该领域的现状、研究方向、以及如何增进我们的理解，从而合理设计基于微生物的治疗方法来改变癌症患者的治疗策略提出自己的观点和意见。

肿瘤微生物组临床前模型临床试验免疫治疗

细菌毒素

Science：大肠癌相关细菌毒素怎样损伤DNA？

特定肠道菌可促进结直肠癌（CRC）的发生，一年前Science曾发表研究，在家族性息肉病患者中鉴定出两种潜在的促CRC肠道菌，其中就包括能产生基因毒素colibactin的pks+大肠杆菌（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1037872544）。然而研究者对colibactin进行纯化分离的尝试均告失败，阻碍了对其损伤DNA的机制的解析。Science今天上线的一项最新研究发现，colibactin的环丙烷环结构能像“弹头”一样“扎入”DNA链，与腺嘌呤发生烷基化反应形成DNA加合物，从而损伤DNA结构，是促进大肠癌的潜在分子机制。这种DNA加合物或许能作为pks+大肠杆菌暴露的生物标志物，用于预测CRC风险，其临床转化价值有待进一步研究。

细菌毒素结直肠癌生物标志物癌症风险预测 DNA加合物组学

克罗恩病

特定克罗恩病相关SNP的潜在致病机制

克罗恩病 ATG16L1T300A Bacteroides Bacteroides ovatus CROHN'S DISEASE

具核梭杆菌

Nature Reviews：一文+一图读懂具核梭杆菌（必读综述）

具核梭杆菌大概是近年来变得“臭名昭著”的细菌之一。越来越多的证据显示，具核梭杆菌可促进大肠癌的发生和进展，但同时这种菌也是人体中的共生菌和机会致病菌。Nature Reviews Microbiology本月发表综述，对具核梭杆菌的多面性进行了详细介绍，重点讨论了其在大肠癌中的作用，以及潜在的诊断和治疗应用，值得好好读读。

具核梭杆菌结直肠癌口腔菌群机会致病菌感染

结直肠癌

结直肠癌组织中的双歧杆菌数量影响肿瘤特征

American Journal of Pathology上报道的一项最新研究结果显示，在结直肠癌肿瘤组织中，双歧杆菌属的数量显著影响了肿瘤特征，主要表现为双歧杆菌的存在增加了印戒细胞的范围。

结直肠癌结直肠癌双歧杆菌属

结直肠癌

MSI状态影响具核梭杆菌与大肠癌免疫应答的关系

具核梭杆菌与大肠癌关联密切，Cancer Immunology Research近期发表研究，分析美国两个队列研究中1000多例结直肠癌患者的数据，发现具核梭杆菌与患者的微卫星不稳定性状态互作，决定抗肿瘤免疫应答。

结直肠癌微卫星不稳定性具核梭杆菌肿瘤免疫应答

免疫治疗

Gut：多学科结合助力癌症的精准医疗（综述）

免疫治疗精准医疗分子病理流行病学免疫预防 Donald Y M Leung

2016年度综述

肠道菌群2016：魅力不减，辉煌一年！（综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology年度综述之《肠道菌群2016》，这是没有理由不看的文献。

2016年度综述大数据菌群重建帕金森病原生动物

IGF-1

PNAS：肠道菌群诱导IGF-1并促进骨骼形成和生长

肠道菌群对骨骼形成和生长很重要，具体机制是什么呢？PNAS上这篇文献值得好好阅读。

IGF-1 SCFA bone microbiota

具核梭杆菌

Cell子刊：让具核梭杆菌与癌细胞“抱团”的分子连接

刚刚发表在Cell Host & Microbe的这篇文章，研究了原本要老实待在口腔的具核梭杆菌，在肠道里促进大肠癌发展的机制，细菌上表达的分子与癌细胞过表达的分子会结合，细菌就附在了癌细胞上面，促进癌症发展。很有意义，非常值得一读的文章，推荐给大家。

具核梭杆菌 Gal-GalNAc Fap2 结直肠腺瘤 Hergen Spits

免疫系统

自然综述：肠道菌群、代谢产物与宿主免疫（必读！）

重量级综述，必读。

免疫系统代谢产物细菌组分

肠道微生物群

ISME：你肚里的细菌，决定酸奶益生菌对你有啥用？

① 给予大鼠含5种细菌的发酵牛奶产品FMP15天，发现不同组大鼠对乳酸乳球菌亚种CNCM I-1631的清除速率不同，与大鼠原有的肠道菌群结构相关；② 这种清除速率不同的现象可通过菌群移植而传递，且存在于人体；③ 大鼠原有肠道菌群对FMP干预的易感性与乳酸杆菌在体内停留增加有关，且肠道菌群的结构与暴露于瞬时性细菌后的稳定性相关；④ 研究证实外来细菌对肠道菌群有短暂、特定的影响，评价外来微生物的作用应将内源性肠道微生物群作为分层因素。

肠道微生物群食物中摄入的微生物 Xiao-Xia Zhu Xiao-Jun Yang Hongwei Zhou

癌症

Science：失衡的肠道菌群，怎样导致癌症发生？（必读综述）

经典文献分享，Scicence上关于肠道菌群和癌症的纲领性综述，没有读过的人快快读一读。

癌症肠道微生物群免疫系统

微生物组学

Microbiome：人体微生物组学的未来在哪里？

① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议；② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家，旨在全面介绍微生物组研究的现行状态，但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足，挑战和机遇；③ 本报告将总结一下专家演讲报告，并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面，人类微生物组该做什么样的研究。

微生物组学 Jing Sun Jiaming Liu

大肠癌

Cell子刊：微生物、菌群和结肠癌的关系（综述）

① 微生物，尤其是细菌，在大肠癌发生过程中的作用是可预见的；② 越来越多可用的微生物宏组学数据，使得我们能分析微生物和微生物群落在大肠癌中扮演的角色；③ 本综述讨论近年来微生物对结直肠癌贡献的见解，并探讨微生物如何成为癌症的诱因；④ 列出可能引发结肠癌的物种以及目前对它们的认识，并讨论与胆汁酸、外源性物质和饮食有关的微生物代谢产物，更进一步探索结肠癌的病因及其治疗方法。

大肠癌结肠癌癌变胆汁酸外源性物质