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文章数：11篇

癌症精准医疗

Nature Reviews：肠道菌群、大数据、机器学习与癌症精准医疗（观点）

肠道微生物组在许多方面与癌症有关，已知特定的微生物特征促进癌症发展。用于微生物组分析的“组学”技术不断发展，规模和复杂性不断增加的大规模数据集正在产生。然而，实现这些新工具的全部潜力存在不同程度的困难，这限制了对大量现有数据进行批判性分析的能力。最新发表在《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》的观点综述文章简要概述肠道微生物组在癌症中的作用，关注大数据时代机器学习驱动方法分析大量复杂医疗信息的需求、作用和局限性。此外，还讨论了基于微生物组的大数据在促进癌症精准医疗方面的潜在应用。

癌症精准医疗肠道菌群大数据机器学习

利用大数据实现对IBD的精准医疗（综述）

IBD是一种复杂的多因素肠道炎症疾病，驱动因素包括遗传、免疫系统等宿主因素及肠道菌群在内的环境因素。二代测序、高通量多组学及分子网络等技术方法极大促进了IBD相关研究，机器学习及系统生物学等数据分析方法的出现为整合并解读IBD中的大数据以促进基础研究的临床转化带来了进一步的突破。来自Gut上发表的一篇综述文章，讨论了如何通过人工智能及系统生物学等大数据分析方法，将IBD患者的临床数据、图像数据及多组学数据进行整合分析以实现精准治疗，以及利用大数据进行IBD相关研究面临的机遇与挑战。

IBD CROHN'S DISEASE IBD ULCERATIVE COLITIS 大数据

Nature Reviews：大数据和微小蛋白质——照亮肠道菌群的黑暗角落（年度回顾）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的这篇年度综述介绍了2019年肠道菌群领域具有创新性的3份研究：1）“gut-on-a-chip”系统：介于传统体外培养和体内培养之间的离体培养技术；2）微小蛋白：过去困于技术水平而被人忽略的微小蛋白，是肠道共生菌分泌蛋白或膜蛋白的重要组成部分；3）迄今为止对IBD最完善的多组学研究进展。新技术为未来肠道菌群研究提供了更多的工具选择。

大数据微小蛋白质 Martina Scharitzer Michael Bergmann

炎症性肠病

Nature Reviews：大数据用于IBD研究，前景广阔（综述）

大数据方法被越来越多的用于医疗研究领域，包括对很多异质性疾病的研究。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表的一篇最新综述，介绍了大数据的定义和特点，着重讨论了大数据方法在炎症性肠病研究中的应用。

炎症性肠病大数据 David J Gracie Alexander C Ford Keeley M Fairbrass

JAMA：医疗健康领域的大数据与机器学习

大数据和机器学习正在逐步改变我们的日常生活，而在医疗卫生领域，机器学习也在慢慢成为新的必要工具，可能在未来改变医生的决策方式，影响超过百万患者的健康与生命。

大数据机器学习 Zhaoxiang Bian Hoi Leong Xavier Wong

Lancet子刊：精准营养管理2型糖尿病（综述）

基因组学和代谢组学的发展、智能可穿戴设备的普及，结合大数据分析，可有效地指导健康人和患者的饮食，从而更好地预防和管理2型糖尿病。但即使有了技术的进步，良好的饮食习惯和规律的运动仍是保持健康的最好方法。这篇Lancet子刊近期发表的综述，总结了精准营养管理2型糖尿病的现状、进展和挑战，值得关注。

2型糖尿病精准营养精准医学大数据营养基因组学

Neuroscience：利用影像微生物组学研究肠-脑轴（综述）

这是Neuroscience[IF：3.277]发表的关于结合脑部成像（如功能性核磁共振fMRI）与肠道微生物数据以充分研究肠脑轴特别是揭示相关因果关系的综述，篇幅不长，但很前沿，干货不少，值得好好看看。

机器学习大数据肠-脑轴影像微生物组学 Yuan Gao

非传染性疾病

Lancet子刊：利用大数据监测非传染性疾病

这是The Lancet Diabetes and Endocrinology[IF：19.742]发表的监测非传染性疾病的新方法的评论性文章，对于关注肥胖、糖尿病、高血压等疾病趋势的人来说，值得好好看看。

非传染性疾病大数据 Krishnan Bhaskaran Krishnan Bhaskaran

Engineering：未来十年，菌群分析方法将有三大革命

Rob Knight和中科院青岛能源所的徐建教授主刀的综述，介绍菌群分析方法的三大潜在革命，很值得一读。

方法学单细胞分析中国微生物组计划大数据 Microbiome

Science：用于蛋白质结构预测的大数据方法

这篇Science的文章简要介绍Ovchinnikov等人利用宏基因组数据预测蛋白结构的研究，用文字和图片简单展示了利用大数据方法来预测蛋白质结构的方法，很值得细读。

大数据蛋白质结构结构生物学宏基因组数据 Søren Johannes Sørensen

2016年度综述

肠道菌群2016：魅力不减，辉煌一年！（综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology年度综述之《肠道菌群2016》，这是没有理由不看的文献。

2016年度综述大数据菌群重建帕金森病原生动物