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陈玉林+赵方庆+王小龙等：构建出全面的绵羊和山羊肠道微生物基因组数据库

西北农林科技大学陈玉林、王小龙、北京生命科学研究所赵方庆与团队发表研究，基于21个不同绵羊和山羊品种的320份粪便样本，构建出绵羊和山羊肠道微生物的参考基因目录。

苗苗+赵方庆等：全面解析单细胞纤毛虫及其共生菌

中国科学院大学苗苗、赵方庆与团队，首次大规模分析了纤毛虫与原核生物的共生关系，为探索真核生物与细菌共生现象提供了宝贵资源。

刘骞/汪红英/赵方庆/王霞：解析具有转移潜力的大肠癌细胞分子特征

北京协和医学院刘骞和汪红英、中科院北京生命科学研究院赵方庆、清华大学王霞及团队发表文章，揭示了结直肠癌（CRC）转移的起源和机制，有助于为CRC患者开发潜在的抗转移治疗靶点。

赵方庆+孙宁霞等：孕期微生物组与生殖系统疾病的关联及时空模式

中科院北京生命科学研究院赵方庆、上海长征医院孙宁霞与团队发表研究，收集整理了涵盖9个国家超过10000例的孕妇微生物组测序数据，包括孕妇肠道、阴道和口腔在不同妊娠期的微生物信息，进行荟萃分析，建立了怀孕微生物组的全面图谱。

魏辅文+赵方庆等：构建大熊猫高质量肠道微生物组目录

近日，中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究，基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据，构建大熊猫高质量肠道微生物组目录（PandaGut），共识别出820个MAGs和237万个独特基因，并构建划分出三种代表性肠型，值得关注。

赵方庆团队：肠道菌群靶向干预——从传统方法到工程菌（观点）

随着我们对肠道菌群在疾病中重要性认识的不断提高，靶向肠道菌群的干预手段已从传统方法，包括饮食调整、运动、益生元、益生菌、合生元、后生元和粪菌移植等，逐渐拓展开发出利用基因工程构建工程菌作为治疗载体的新型干预方法。中科院北京生命科学研究院赵方庆教授团队在Science Bulletin发表最新观点性文章，概括了靶向肠道菌群的干预策略，提出通过肠道菌群靶向干预防治疾病的巨大潜力。

赵方庆等GUT：一文读懂母婴菌群（综述）

母婴菌群是菌群研究中的一大热点。中科院北京生命科学研究院赵方庆团队在Gut发表最新综述，对该领域的研究进展进行了全面回顾，总结了从母亲到后代的菌群传递，描述了孕前和孕期母体菌群变化对新生儿的影响，讨论了子宫内存在产前菌群的可能性及其相关的支持性和反对性证据，并阐明了母体菌群和不同的产后因素对早期婴儿菌群发育的影响。文章干货很多，值得专业人士关注。

吴金雨+赵方庆+王金锋Cell子刊：原发性干燥综合征患者微生态失调

近期，温州医科大学吴金雨、中科院北京生命科学研究院赵方庆、中国农业大学王金锋与团队在Cell Reports上发表针对原发性干燥综合征（pSS）患者微生态的最新工作，通过对133例pSS患者微生态分析发现其粪便、口腔和阴道菌群紊乱，且菌群变化可能先于pSS症状的出现。羟氯喹治疗可部分恢复菌群组成。这些研究成果为微生态与pSS的关系提供了科学依据。

杨仕明+赵方庆+李忠俊：肠道菌群与新冠疫苗应答间的关联

近日，第三军医大学新桥医院杨仕明、李忠俊和中科院北京生命科学研究院的赵方庆团队联合发表在Cell Reports Medicine的一项最新研究表明，接种BBIBP-CorV疫苗伴随肠道菌群组成和相关功能特征的改变，该研究强调肠道菌群的功能和BBIBP-CorV疫苗应答之间的潜在联系，为进一步探索肠道菌群调控以提高COVID-19疫苗的疗效提供了证据。

赵方庆+张发明：提高FMT疗效，如何选择供-受体配对？

Gut Microbes最新发表了来自中科院北京生命科学研究院赵方庆团队与南京医科大学第二附属医院张发明团队的合作研究，分析了粪菌移植（FMT）中供体和受体的肠道菌群的相互作用对FMT疗效的影响，表明供体细菌在受体中的定植发挥了重要作用，并进一步通过机器学习建立了一个基于肠型的供体选择模型，可用于指导FMT的供-受体配对以改善疗效，为实现精准FMT奠定基础。

赵方庆+魏泓GUT：抑食欲，调菌群！口服肽D3有效助减肥

中科院北京生命科学研究院赵方庆教授和陆军军医大学魏泓教授与团队，在 GUT 发表最新研究，报道了一种能有效抗肥胖的小分子口服肽药物 D3，并揭示了其抑制食欲、调节肠道菌群以改善肥胖的作用机制。我们特别带来对该研究共同通讯作者赵方庆教授的专访，以飨读者。

王霞+赵方庆+刘倩：体外气液界面类器官培养模型再现亲本大肠癌特征

清华大学王霞、中科院北京生命科学研究院赵方庆、中国医学科学院肿瘤医院刘骞与团队，近期在Advanced Science发表研究，使用结直肠癌患者源性肿瘤细胞（PDCCs）联合气液界面（ALI）类器官培养建立体外2D和3D肿瘤研究模型，可有效再现亲本肿瘤特征。该研究为探索肿瘤细胞原有耐药和致瘤性的分子机制提供了有价值的平台和资源，并可为已有的耐药或高致瘤性克隆开发专门的治疗靶点。

赵方庆等Nature子刊：拨开菌群大数据的迷雾，用NetMoss鉴定可靠的疾病标志物

肠道菌群作为疾病的“晴雨计”，是潜在的疾病标志物。然而，由于混杂因素（比如批次效应）以及基于丰度分析方法的局限性，不同研究之间难以鉴定出统一的疾病相关菌群标志物，这阻碍了菌群在疾病临床诊断和预后预测中的应用。为解决这一难题，中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆团队，开发了一个基于生物学网络分析的新型工具——NetMoss，可以有效地解决以往微生物组数据整合中存在的批次效应问题，能极大提高对疾病相关肠菌标志物的识别能力。相关成果已在Nature Computational Science发表，强烈推荐专业人士关注！

赵方庆等GUT：对新生儿肠菌的影响，宫内环境＞遗传因素

华中科大宁康团队近期在iMeta发表综述文章。在本研究中，作者专注于定量的分析宏基因组数据中蕴含的菌群生态和进化模式，解码这些模式与蛋白质结构的复杂关系，并研究如何有效地利用这些模式来提高蛋白质结构预测的效率和准确性。作者从生态和进化模式角度出发，解码了宏基因组数据与蛋白质结构的复杂关系，并在宏基因组数据中发现了可用于高效补充蛋白质同源序列的靶向方法。本研究在有效利用宏基因组数据搜索同源序列并预测蛋白质结构方面具有指导意义。

赵方庆团队Nature子刊：促进自闭症的宿主-肠菌互作新机制

Nature Communications最新发表了来自中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队的研究成果，在构建的Chd8+/-小鼠自闭症（ASD）模型中，探索了宿主-菌群的互作及其在ASD发病机理中的潜在作用，并表明补充特定的肠道共生菌能通过降低肠道的氨基酸转运功能，来改善小鼠的ASD样行为。这些发现为研发靶向肠道以改善自闭症的干预方法，提供了新依据。

赵方庆团队：揭秘中国女性阴道菌群结构与围产期事件的关联

对阴道微菌群及其变异性的全面分析能够准确描述女性的微生物组特征。然而，目前缺乏对中国女性的研究证据。中科院北京生命科学研究院赵方庆团队的这项研究纳入了454名女性，通过对比产前产后、不同分娩事件女性的阴道菌群结构，为揭示阴道菌群与女性生殖健康的关联提供了重要的证据支持。

赵方庆+赵翔：开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术

Journal of Genetics and Genomics在线发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队和西安交通大学赵翔助理研究员团队合作研究，该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性，大幅简化宏转录组建库流程，缩短建库时间，是一种快速、价廉，对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法，适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究，并可用于帮助发现和鉴定未知病原。

王金锋+赵方庆：婴儿肠道菌群的肠型和演变模式

Genome Biology最新发表了中科院北京生命科学研究院王金锋、赵方庆与团队的研究成果，通过对全球近2000名婴儿的近1.4万个肠道菌群数据进行大规模的深入分析，揭示了婴儿的肠型划分及其转变的规律，对于研究生命早期的肠道菌群发育模式有重要参考价值。

赵方庆团队：菌群-肠-脑轴与自闭症的研究进展（综述）

JGG发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队的综述论文，该综述从神经、免疫及代谢等方面介绍了肠道菌群在自闭症谱系障碍中调节神经发育的最新进展。描述了肠道菌群与大脑交流的复杂而关键的途径，即菌群-肠-脑轴，并总结了在 ASD 中介导肠道菌群与大脑相互交流的具体途径。

赵方庆+王金锋：阴道菌群移位可影响子宫健康

Nature Communications发表了中科院北京生命科学研究院赵方庆、王金锋与研究团队的研究文章，首次揭示了阴道和子宫菌群的共变特性，表明阴道菌群移位可对子宫菌群和子宫健康造成影响，提示靶向阴道菌群或能用于改善子宫健康。