赵方庆+赵翔:开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术
热心肠小伙伴们 2021-08-31
Journal of Genetics and Genomics在线发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队和西安交通大学赵翔助理研究员团队合作研究,该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性,大幅简化宏转录组建库流程,缩短建库时间,是一种快速、价廉,对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法,适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究,并可用于帮助发现和鉴定未知病原。

Journal of Genetics and Genomics在线发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队和西安交通大学赵翔助理研究员团队合作题为“An efficient metatranscriptomic approach for capturing RNA virome and its application to SARS-CoV-2”的研究论文。该研究构建了宏转录组建库测序新技术Tn5-mediated RNA sequencing with rRNA Removal (TRIM)。鉴于病原鉴定要求很强的时效性,该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性,大幅简化宏转录组建库流程,缩短建库时间,并通过增加去除人和细菌rRNA的步骤有效提高RNA病毒检测的灵敏度,其是一种快速、价廉,对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法,适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究,并可用于帮助发现和鉴定未知病原。

专家简介
赵方庆
中国科学院动物研究所研究员
中国生物信息学会基因组信息学专委会主任
赵方庆,研究员,博士生导师。先后获得基金委优青(2017)、北京杰青(2018)、国家杰青(2020)和中国科学院特聘研究员(2022)。现任副主任、技术平台主任、中国生物信息学会基因组信息学分会主任。在Briefings in Bioinformatics、Science Bulletin、Science China Life Sciences、Genomics,Proteomics & Bioinformatics等国际学术刊物担任副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与人类健康和疾病的关系。在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science和Nature Communications等刊物上发表通讯作者论文100余篇;论文总引用次数超过1.5万次,其中十余篇入选ESI高被引论文;连续6年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017~2023),3次获得“中国科学院大学领雁奖章”、“中国科学院优秀共产党员”、“中国科学院李佩优秀教师奖”、“中国科学院朱李月华优秀教师奖”、“中国科学院大学必和必拓导师奖”;培养的研究生已有7人次获得“中国科学院院长奖”(含3次特别奖)和“中国科学院优博论文”。现承担国家重点研发计划首席科学家、基金委杰青和重点项目。
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