《热心肠日报》2023-2024年度榜单 | 全球肠道菌群研究五大机构
热心肠小伙伴们 2024-05-30
本篇发布“全球肠道菌群研究五大机构”。

过去的一年里,全球肠道领域的研究成果颇丰,取得了许多令人瞩目的进展。2024年热心肠大会之际,我们基于《热心肠日报》中收录的2023年5月以来的一年期间(2023年5月1日至2024年4月30日)发表的肠道相关领域论文,进行了多维度评选,形成了《热心肠日报》2023-2024年度榜单。

此次榜单评选涵盖了3240篇发表在363个不同期刊上的研究文献,累计影响因子达到75058.51,平均影响因子为23.17。其中,发表在CellNatureScience上的文章有153篇,发表在NEJMLancetJAMA上的文章有46篇。

本榜单仅代表热心肠生物技术研究院基于自身数据所做的评选,可能存在主观因素干扰等不足,仅供参考。

本篇发布全球肠道菌群研究五大机构

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哈佛大学

2023年5月以来代表性论文(部分)

Nature:增强癌症免疫治疗,在菌群中找到新答案

Nature. 2023 May;617(7960):377-385. 

doi: 10.1038/s41586-023-06026-3. Epub 2023 May 3.

Targeting PD-L2–RGMb overcomes microbiome-related immunotherapy resistance

 

Nature:产乳酸的工程菌或可调控免疫细胞,改善自身免疫疾病

Nature. 2023 Aug;620(7975):881-889. 

doi: 10.1038/s41586-023-06409-6. Epub 2023 Aug 9.

Lactate limits CNS autoimmunity by stabilizing HIF-1α in dendritic cells

 

宋昕阳等Nature:新机制!肠菌通过脂肪酸异构化,调节肠道免疫细胞

Nature. 2023 Jul;619(7971):837-843. 

doi: 10.1038/s41586-023-06265-4. Epub 2023 Jun 28.

Gut microbial fatty acid isomerization modulates intraepithelial T cells

 

Nature:神经源性炎症——致病菌诱导肠炎的新机制

Nature. 2023 Oct;622(7983):611-618. 

doi: 10.1038/s41586-023-06607-2. Epub 2023 Sep 12.

C. difficile intoxicates neurons and pericytes to drive neurogenic inflammation

 

Cell:肠道菌群+代谢组分析,揭示出代谢胆固醇的肠菌

Cell. 2024 Apr 11;187(8):1834-1852.e19. 

doi: 10.1016/j.cell.2024.03.014. Epub 2024 Apr 2.

Gut microbiome and metabolome profiling in Framingham heart study reveals cholesterol-metabolizing bacteria

 

Cell:社会菌群——微生物传播对健康、疾病和生态进化的影响(观点)

Cell. 2024 Jan 4;187(1):17-43. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.12.014.

Microbial transmission in the social microbiome and host health and disease

 

Cell:受肠菌调控的肠道补体系统,抵抗病原体,不伤共生菌

Cell. 2024 Feb 15;187(4):897-913.e18. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.12.036. Epub 2024 Jan 26.

Gut complement induced by the microbiota combats pathogens and spares commensals

 

Science:从古人牙结石中重建细菌基因组,挖掘天然产物

Science. 2023 May 12;380(6645):619-624. 

doi: 10.1126/science.adf5300. Epub 2023 May 4.

Natural products from reconstructed bacterial genomes of the Middle and Upper Paleolithic

 

Nature子刊:SHM-seq——实现宿主-微生物组的空间组学分析

Nat Biotechnol. 2023 Nov 20. 

doi: 10.1038/s41587-023-01988-1. Online ahead of print.

Spatial host–microbiome sequencing reveals niches in the mouse gut

 

Nature Reviews:体重管理新选择——肠道菌群合理调控(综述)

Nat Rev Microbiol. 2023 Aug;21(8):535-550. 

doi: 10.1038/s41579-023-00888-0. Epub 2023 May 3.

Roles of the gut microbiome in weight management

 

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加州大学系统

2023年5月以来代表性论文(部分)

Nature:采样胶囊助力人类肠道多组学分析

Nature. 2023 May;617(7961):581-591. 

doi: 10.1038/s41586-023-05989-7.

Profiling the human intestinal environment under physiological conditions

 

Nature:反向代谢组学方法,挖掘IBD新线索

Nature. 2024 Feb;626(7998):419-426. 

doi: 10.1038/s41586-023-06906-8. 

Reverse metabolomics for the discovery of chemical structures from humans

 

Cell:不耐受山梨醇,与肠道菌群有何关系?

Cell. 2024 Feb 29;187(5):1191-1205.e15. 

doi: 10.1016/j.cell.2024.01.029. 

High fat intake sustains sorbitol intolerance after antibiotic-mediated Clostridia depletion from the gut microbiota

 

Cell:超大数据资源库揭示胆汁酸多样性

Cell. 2024 Mar 28;187(7):1801-1818.e20. 

doi: 10.1016/j.cell.2024.02.019. 

The underappreciated diversity of bile acid modifications

 

Science:新方法!用工程菌检测肿瘤DNA

Science. 2023 Aug 11;381(6658):682-686. 

doi: 10.1126/science.adf3974. Epub 2023 Aug 10.

Engineered bacteria detect tumor DNA

 

Science:细菌-噬菌体如何驱动多尺度相互作用网络形成

Science. 2023 Nov 10;382(6671):674-678. 

doi: 10.1126/science.adi5536. Epub 2023 Nov 9.

Rapid bacteria-phage coevolution drives the emergence of multiscale networks

 

Nature Reviews:维持肝脏健康,肠道菌群有何关键作用?(综述)

Nat Rev Microbiol. 2023 Nov;21(11):719-733. 

doi: 10.1038/s41579-023-00904-3. Epub 2023 Jun 14.

The gut–liver axis and gut microbiota in health and liver disease

 

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斯坦福大学

2023年5月以来代表性论文(部分)
Nature:采样胶囊助力人类肠道多组学分析

Nature. 2023 May;617(7961):581-591. 

doi: 10.1038/s41586-023-05989-7.

Profiling the human intestinal environment under physiological conditions

 

Nature:菌株水平的肠菌特异性T细胞反应图谱

Nature. 2023 Sep;621(7977):162-170. 

doi: 10.1038/s41586-023-06431-8.

Mapping the T cell repertoire to a complex gut bacterial community

 

Cell:超深度测序揭示出原始部落中惊人的肠道微生物多样性

Cell. 2023 Jul 6;186(14):3111-3124.e13. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.05.046.

Ultra-deep sequencing of Hadza hunter-gatherers recovers vanishing gut microbes

 

Cell:有同样特定功能的菌株,对群落的影响可能有很大差异

Cell. 2023 Jun 22;186(13):2839-2852.e21. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.05.037.

Strain dropouts reveal interactions that govern the metabolic output of the gut microbiome

 

Cell:清除尿酸,肠道菌群有何关键作用?

Cell. 2023 Aug 3;186(16):3400-3413.e20. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.06.010. 

A widely distributed gene cluster compensates for uricase loss in hominids

Cell:揭秘肠道中的隐藏角色——原生生物

Cell. 2024 Jan 4;187(1):62-78.e20. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.11.018. 

Metabolic diversity in commensal protists regulates intestinal immunity and trans-kingdom competition

Nature子刊:分析人类肠道噬菌体的新工具Phanta

Nat Biotechnol. 2024 Apr;42(4):651-662. 

doi: 10.1038/s41587-023-01799-4.

Phage-inclusive profiling of human gut microbiomes with Phanta

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耶鲁大学

2023年5月以来代表性论文(部分)
Nature:新方法!大规模揭示人体与菌群的跨界互作连接

2024 Apr;628(8006):171-179. 

doi: 10.1038/s41586-024-07162-0. 

A host-microbiota interactome reveals extensive transkingdom connectivity


陈海威等Cell:新技术!绘制人体/菌群代谢物与GPCR的互作图谱

Cell. 2023 Jul 6;186(14):3095-3110.e19. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.05.024.

Highly multiplexed bioactivity screening reveals human and microbiota metabolome-GPCRome interactions

 

Science:深入理解多物种微生物群落中出现的共存现象

Science. 2023 Jul 21;381(6655):343-348. 

doi: 10.1126/science.adg0727. 

Emergent coexistence in multispecies microbial communities

 

Science:“饥饿”下的生存策略——有益肠菌的适应之道(观点)

2023 Nov 17;382(6672):766-768. 

doi: 10.1126/science.adh9165. 

Advancing the fitness of gut commensal bacteria

 

修复肠道CFTR或调节菌群或可缓解囊性纤维化相关肝病

J Hepatol. 2024 Mar 28:S0168-8278(24)00225-3. 

doi: 10.1016/j.jhep.2024.03.041.

Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice

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康奈尔大学

2023年5月以来代表性论文(部分)

Nature:肠菌色氨酸代谢物抵抗肠道病菌的新机制

Nature. 2024 Apr;628(8006):180-185. 

doi: 10.1038/s41586-024-07179-5. 

Dopamine receptor D2 confers colonization resistance via microbial metabolites

Cell:新方法解析癌症患者的药物-菌群关联

Cell. 2023 Jun 8;186(12):2705-2718.e17. 

doi: 10.1016/j.cell.2023.05.007.

High-resolution analyses of associations between medications, microbiome, and mortality in cancer patients

 

Nature子刊:肠道白色念珠菌或导致重症新冠患者的持续性免疫激活

Nat Immunol. 2023 Nov;24(11):1879-1889. 

doi: 10.1038/s41590-023-01637-4.

Fungal microbiota sustains lasting immune activation of neutrophils and their progenitors in severe COVID-19

 

郭春君团队Cell子刊:解析肠菌氨基酸代谢对宿主营养平衡和生理的影响

Cell Host Microbe. 2024 May 8;32(5):661-675.e10. 

doi: 10.1016/j.chom.2024.04.004.

Microbiota metabolism of intestinal amino acids impacts host nutrient homeostasis and physiology

 

Nature子刊:灵长类肠道共生菌已从人类种群中灭绝

Nat Microbiol. 2023 Jun;8(6):1039-1050. 

doi: 10.1038/s41564-023-01388-w. 

Widespread extinctions of co-diversified primate gut bacterial symbionts from humans

 

Nature子刊:肠菌胆汁酸代谢改变,促进T细胞驱动的炎症

Nat Microbiol. 2024 Mar;9(3):614-630. 

doi: 10.1038/s41564-024-01617-w. 

Altered microbial bile acid metabolism exacerbates T cell-driven inflammation during graft-versus-host disease

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