自然发酵乳制品的制作和食用已有数千年历史,其中蕴藏的微生物资源经历了千年的选择与进化,形成了稳定、可遗传的微观生态体系,但是该体系的形成原因和驱动因素尚不清楚。近日,内蒙古农业大学张和平和刘文俊在Science Bulletin发表最新研究,系统的评估了5个国家12份自然发酵乳制品中的乳酸菌微观多样性及其驱动因素,分离并测序了717株代表性的乳酸菌菌株,并对自然发酵乳样本进行了深度宏基因组测序,发现同一样本中的乳酸菌菌株具有高度的种内异质性,在进化角度上被分为2-8个进化谱系。通过对种内特异性基因进行溯源,发现23.93%-53.70%的基因发生水平基因转移事件,且样品的微生物组成与各个物种/亚种的核苷酸多样性呈显著负相关关系。总之,本研究发现了自然发酵乳种群组成及遗传物质交流是该微观体系的驱动因素,也为自然发酵乳制品的微生物研究提供了生态学见解,值得关注。