消化道疾病的基础和转化研究，相关疾病包括炎症性肠病、脂肪肝、肥胖、代谢综合症、胃酸相关疾病、肠易激综合征和便秘。2010年开始从事疾病相关的肠道菌群研究，率先发表了肠道菌群在非酒精性脂肪肝病理发生发展中的作用，以第一兼通讯作者发表在Hepatology（IF=15, 单篇他引超过1000次）。朱博士还率先发表了便秘病人肠道菌群结构功能的变化。有关菌群研究的代表性成果第一或通讯作者发表在Nature Communications、Hepatology （两篇）、Gut（IF =19，两篇）等高影响力期刊。其他第一或通讯作者论文发表在Lancet Gastroenterology & Hepatology（两篇）、Journal of Pathology 等杂志。多次受邀在国际会议和研究机构作主旨演讲。