《热心肠日报》2022-2023榜单 | 30篇技术方法必读论文

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《热心肠日报》2022-2023榜单 | 30篇技术方法必读论文

热心肠小伙伴们 2023-05-19

本篇发布“30篇技术方法必读论文”。

在过去的一年多时间里，全球肠道领域研究继续高歌猛进，取得了颇多令人瞩目的进展。

2023肠道大会来临之际，我们基于《热心肠日报》中收录的2022年5月以来一年期间发表的肠道相关领域论文，进行了多维度评选，形成了《热心肠日报》2022-2023年度榜单。

2022年度榜单参评的文章共有3388篇，发表在420个不同的期刊上，累计影响因子达到了82902.36，平均影响因子24.48。其中来自Cell、Nature、Science的文章133篇，来自NEJM、Lancet、JAMA的文章54篇。

本榜单仅代表热心肠研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。

本篇发布“30篇技术方法必读论文”。

提示：下述文章点击中文标题可直达热心肠日报，点击英文标题可访问论文官网。

Nature子刊：量化风险因素对健康影响的新方法

Nature Medicine[IF:87.241]

① 介绍一种新风险评估方法，Burden of Proof风险函数（BPRF），评估暴露于有害或保护性风险因素后与特定健康结果间的关联；② 利用BPRF方法评估了4个典型的风险-结果对：吸烟和肺癌、收缩压和缺血性心脏病、蔬菜和缺血性心脏病、未加工红肉和缺血性心脏病；③ 每种关系证据强度通过计算和总结BPRF评估，将BPRF分为5个等级并用五星打分，从1星（潜在无相关）到5星（极强相关）；④ BPRF可与现有方法联合使用，为开发临床和卫生指南提供信息。 The Burden of Proof studies: assessing the evidence of risk

2022-10-10, doi:10.1038/s41591-022-01973-2

Nature：用新方法系统性挖掘IBD相关的菌群蛋白

Nature[IF:69.504]

① 开发MetaWIBELE方法流程，用于大规模鉴定宏基因组中有潜在生物活性的微生物基因产物；② 鉴定出>34万个有潜在生物活性的IBD相关蛋白质家族，约半数未被表征，并用其他组学数据对重要蛋白进行验证；③ 这些蛋白的潜在功能主要涉及：高度特异的代谢过程、致病/炎症相关因子、与其他微生物或宿主细胞互作；④ 结合实验验证表明，IBD中富集的一类肠杆菌科菌毛蛋白可引起肠上皮细胞炎症反应，而IBD中耗竭的一类VWF同源蛋白则参与拟杆菌生物膜形成。 Discovery of bioactive microbial gene products in inflammatory bowel disease

2022-05-25, doi:10.1038/s41586-022-04648-7

Nature子刊：高精度去污方法SCRuB助力微生物组数据分析

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 开发出一种高精度去污方法（微生物组污染物去除的来源追踪；SCRuB），通过结合多个样品和对照的共享信息，进而精确识别和清除污染；② 在多个数据驱动的模拟和实验数据集中，SCRuB的准确性比最先进的方法（microDecon及decontam等）平均高出15-20倍；③ SCRuB在多个生态系统、数据类型和测序深度方面均展现出较好的稳健性；④ SCRuB可从血浆DNA中改善黑色素瘤分类，并利用被净化的肿瘤微生物组数据对黑色素瘤患者的治疗反应进行较好预测。 Contamination source modeling with SCRuB improves cancer phenotype prediction from microbiome data

2023-03-16, doi:10.1038/s41587-023-01696-w

Nature子刊：MetaPhlAn再度更新，这次有何新特征？

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① MetaPhlAn4整合了来自分离株和MAGs的信息，相比MetaPhlAn3、mOTUs2.6和Bracken2.5等工具，其分析灵敏度和特异性更高；② MetaPhlAn4数据库扩大了可量化已知物种的数量，完善了许多微生物的分辨率（包括4992个尚未定性的物种）；③ 通过分析不同人类、动物和非宿主相关环境的宏基因组样本，MetaPhlAn4解释宏基因组中reads的能力更大；④ MetaPhlAn4也可进一步扩展StrainPhlAn4功能，进而准确地重建未定性微生物物种的大规模菌株级系统发育。 Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4

2023-02-23, doi:10.1038/s41587-023-01688-w

Nature子刊：gutSMASH助力评估肠道菌群特定代谢潜力

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 开发了一种用于识别肠菌代谢潜力的工具gutSMASH，在4240个高质量基因组中鉴定到近2万个代谢基因簇（MGC）；② 梭状芽胞杆菌属呈现显著的代谢多功能性（含43种不同MGC），其次是肠杆菌科（含22-25种不同MGC）；③ gutSMASH揭示了SCFAs生产的分类学差异，且拟杆菌属、埃希氏菌属和梭菌属3种主要菌属的能量捕获机制也存在显著差异；④ 对含1135名个体的人群队列分析，发现血浆和粪便菌群的代谢物水平与相应代谢基因的宏基因组丰度相关性很弱。 gutSMASH predicts specialized primary metabolic pathways from the human gut microbiota

2023-02-13, doi:10.1038/s41587-023-01675-1

Nature子刊：微生物组检测中样本不同保存方式会引起较大偏差？

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 采集10名受试者粪便用直接冻存、OMNIgene和Zymo保护液3种方式保存后测序；② 相比立即冷冻，两种保护液都会引起群落组成改变，较高储存温度会导致Zymo保护液发生额外的群落变化；③ 对于宏转录组学，两种保护液都无法避免温度影响，会导致测量的宏转录组组成显著改变（Zymo试剂盒对拟杆菌有偏向裂解），温度越高样本RNA越可能降解；④ OMNIgene保护液比单独标准提取法更能有效裂解肠菌，当DNA储存在Zymo保存液时，在较高温度下可能不稳定。 Quantifying bias introduced by sample collection in relative and absolute microbiome measurements

2023-04-27, doi:10.1038/s41587-023-01754-3

Nature子刊：研究胃肠道免疫的类器官新工具

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 将来源于多能干细胞的人类肠道类器官（HIOs）移植到具有人源化免疫系统的小鼠的肾囊中，人的免疫细胞可以迁移到HIOs的黏膜层，12周时，可在固有层和上皮中形成类似于人肠道淋巴滤泡的细胞聚集；② 移植的HIOs中的淋巴样结构具有肠道相关免疫组织的特征，在时空发育上与人类胎儿肠道中淋巴滤泡发育相似；③ 微生物（大肠杆菌裂解液）暴露后，移植的HIOs中上皮微皱褶细胞（M细胞）增加并转运腔内抗原以激活免疫细胞，使HIOs内IgA水平增加。 In vivo development of immune tissue in human intestinal organoids transplanted into humanized mice

2023-01-26, doi:10.1038/s41587-022-01558-x

Nature子刊：使用超声技术对肿瘤归巢细菌和肿瘤细胞进行实时体内监测

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 对来自不同细菌和古菌的候选气体囊泡基因簇进行筛选，鉴定出2个声学报告基因（ARG），分别在细菌和哺乳动物细胞中表达；② 这些ARG有更强的超声对比度，可产生与背景组织区分的非线性信号并能够稳定地长期表达；③ 这些ARG可实现对治疗性细菌的肿瘤定植和基因表达进行无创成像，跟踪乳腺癌小鼠模型的肿瘤基因表达和肿瘤生长进展，并对基因嵌合肿瘤进行基因表达引导的穿刺活检。 Genomically mined acoustic reporter genes for real-time in vivo monitoring of tumors and tumor-homing bacteria

2023-01-02, doi:10.1038/s41587-022-01581-y

Nature子刊：利用深度学习模型挖掘药物与多组学数据间的关联

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 开发了一个基于深度学习的多组变分自编码器（MOVE），应用于789名新诊断T2D的队列，探究药物与组学表型间的关联；② 确定了T2D患者20种最普遍药物的组学关联，药物与表型和代谢组学间关联较多，与肠菌关联较少；③ 二甲双胍与T2D的12个临床标志物及7个蛋白显著相关，且二甲双胍是与代谢物关联最多的药物，辛伐/阿托伐他汀均与LDL和总胆固醇水平相关；④ 基于关联量化了药物间相似性（分4大类），二甲双胍和奥美拉唑对多组学数据影响最明显。 Discovery of drug–omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models

2023-01-02, doi:10.1038/s41587-022-01520-x

Nature子刊：中国科学家构建全球首个冰川微生物基因组和基因目录

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 对青藏高原21条冰川的85个宏基因组分箱得到2358个MAGs，结合883个分离株，构建西藏冰川微生物基因组和基因集（TG2G）；② TG2G代表30个门，968个种，其中82%为潜在新种；③ TG2G含超2500万个非冗余基因（91.6%为新基因簇），其中15954个与次级代谢产物合成相关；④ TG2G有27267个毒力基因，多与已知毒力因子同源性较低，并涉及可移动遗传原件；⑤ 不同生境微生物代谢潜能不同，如低温沉石群落富含脂质和核苷酸合成，冰雪群落富含营养合成功能。 A genome and gene catalog of glacier microbiomes

2022-06-27, doi:10.1038/s41587-022-01367-2

Nature子刊：以药代为中心创建的数字微生物新资源—AGORA2

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 提出了基因组规模代谢重建资源AGORA2（含7302个菌株），用于构建预测性的个性化微生物组模型；② 在三个独立组装的实验数据集，AGORA2展示出较高准确性，预测已知微生物药物转化精度为0.81；③ AGORA2与人类代谢网络及特异性全身代谢等模型完全兼容；④ 使用AGORA2预测365名结直肠癌患者和251名对照组的个性化肠菌药物代谢潜力，发现其与年龄、体重指数和疾病阶段等相关；⑤ 基于AGORA2的群落模型还能预测一系列代谢物的物种-代谢物关联方向。 Genome-scale metabolic reconstruction of 7,302 human microorganisms for personalized medicine

2023-01-19, doi:10.1038/s41587-022-01628-0

Nature子刊：自动化+机器学习，助力大规模微生物培养

Nature Biotechnology[IF:68.164]

① 开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学（CAMII）平台，将培养组与形态学及基因型数据关联，用于菌落分离和功能分析；② 在20个健康人粪便中鉴定到超10.2万个菌落，挑选出近2.7万个菌落测序，产生394个独特的ASVs，识别到多种高丰度但难以培养的细菌；③ 通过关联分类学身份和菌落形态，CAMII可加强对目标菌属分离，还可揭示物种间潜在的互作；④ 基于产生的1197个高质量基因组比较分析显示出有趣的种间/内进化、选择和水平基因转移。 High-throughput microbial culturomics using automation and machine learning

2023-02-20, doi:10.1038/s41587-023-01674-2

Cell：新技术助力大规模细菌单细胞RNA测序

Cell[IF:66.85]

① 开发一种基于液滴的细菌单细胞RNA测序技术——BacDrop；② BacDrop通过rRNA耗竭和组合条码等设计，可一次检测数千到数百万个细菌细胞，对革兰氏阳性和阴性菌均适用；③ 用BacDrop分析肺炎克雷伯菌的单个分离株在有/无抗生素扰动时的群落内异质性；④ 无抗生素时，群落内异质性主要由可移动遗传元件的表达所驱动；⑤ 暴露于抗生素使群落内出现异质性的应激反应，产生具有不同转录特征的、与不同表型结果（如耐受抗生素）相关的细菌亚群。 Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states

2023-01-27, doi:10.1016/j.cell.2023.01.002

Cell：人类微生物组研究的单细胞方法（综述）

Cell[IF:66.85]

① 用于分离、培养和分析复杂群落中单个微生物的基因组和转录组的单细胞技术，是人类微生物组研究的前沿技术，主要包括液滴微流控方法和基于微阵列（微孔板）的方法；② 单细胞基因组学分析不仅扩展了微生物生命树，还加深了对人类微生物组的生态和演化的认知；③ 单细胞转录组学可揭示微生物的功能异质性，包括基于组合条形码的方法（PETRI-seq和Micro-SLit）、基于荧光原位杂交的空间转录组学（Parseq-FISH）和宿主-微生物双重转录组学技术；④ 现有的宿主scRNA-seq数据是挖掘隐藏微生物RNA信息的宝库。 Single-cell approaches in human microbiome research

2022-07-21, doi:10.1016/j.cell.2022.06.040

Science：新方法！记录细菌基因表达，揭示肠道中发生了啥

Science[IF:63.714]

① 构建工程大肠杆菌，通过基于CRISPR的Record-seq方法，在转录组层面记录细菌在穿过小鼠肠道过程中对肠腔环境的适应性基因表达信息；② 该方法可记录细菌在不同饮食、病理（肠炎）、其他肠菌或菌群存在时的反应（如细菌代谢和应激的变化，以及与其他肠菌的互作），并能保留粪便RNA-seq无法反映的近端肠道和短暂发生的细菌转录信息，可用于对宿主肠道进行无创评估；③ 用条形码标记不同菌株进行多重Record-seq，能分析这些菌株在肠内共定植时各自的转录谱。 Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells

2022-05-12, doi:10.1126/science.abm6038

Science：微生物高通量单细胞测序，助力在菌株水平上解析肠道菌群

Science[IF:63.714]

① 开发具有菌株分辨率的微生物高通量单细胞测序方法Microbe-seq，该方法结合了基于液滴的微流控技术和专有的生信分析流程，能从复杂菌群中获得单个细菌的基因组信息；② 用该方法分析人肠道菌群样本，得到21914个单细胞微生物基因组信息，组装出76个物种水平基因组（52个为高质量），发现10个物种含有多个菌株，并组装了菌株水平的基因组；③ 用这些基因组分析了菌群多样性，构建了菌群的水平基因转移网络（发现HGT主要发生在同菌门的菌株之间），并探索了噬菌体与宿主菌的相关性（发现crAssphage只与一个普通拟杆菌菌株有明显关联）。 High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome

2022-06-02, doi:10.1126/science.abm1483

Nature子刊：Emu或可实现16S rRNA全长牛津纳米孔测序数据的物种级微生物群落分析

Nature Methods[IF:47.99]

① Emu是一种专为高错误率16S rRNA全长数据定制、基于参考数据库的微生物群落分析工具；② 使用4个基于纳米孔16S全长测序的模拟群落，将Emu与现有7种16S分析或比对软件进行综合比较，发现Emu在属和种水平上的分析准确性最佳；③ Emu的优势体现在能够减少假阳性的数量，有效区分基因组相似的物种；④ 针对超低丰度物种敏感差、需耗费更多内存和时间、对新物种的鉴定能力有限等问题，Emu仍需要优化。 Emu: species-level microbial community profiling of full-length 16S rRNA Oxford Nanopore sequencing data

2022-06-30, doi:10.1038/s41592-022-01520-4

Nature之刊：基于HiFi数据的三代宏基因组组装工具hifiasm-meta

Nature Methods[IF:47.99]

① hifiasm-meta是在hifiasm的基础上，针对PacBio的HiFi宏基因组数据开发的组装软件；② 在模拟数据集中，hifiasm-meta比metaFlye拥有更好的菌株区分度，比HiCanu耗时更短，三者准确性相当；③ 在真实数据集中，hifiasm-meta比其他软件可组装出更多兆级别和环状contigs，显著提升了下游宏基因组Binning性能，可获得更多高质量MAGs；④ hifiasm-meta能很好区分来自素食者和肉食者混装样本得到的MAGs，说明其更擅长区分微生物间细微组分差异。 Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta

2022-05-09, doi:10.1038/s41592-022-01478-3

Nature子刊：一个可持续、无限营养的培养类器官新平台

Nature Methods[IF:47.99]

① 开发OCTOPUS（基于类器官培养的不受限制提供可溶性信号的三D器官发生平台），将干细胞悬液转化为径向排列的类器官，可不需传代而延长维持时间；② 利用该系统发现增强结构和功能的成熟度能显著加速肠道类器官的产生，并持续发展超过4周；③ 利用该系统培养患者来源的IBD类器官，单细胞RNA测序表明其能重现IBD关键病理特征的能力，如IL-6和TNF-a变化；④ 该系统可设计血管化、可灌注的人类器官，并模拟IBD的先天免疫反应。 Geometric engineering of organoid culture for enhanced organogenesis in a dish

2022-10-24, doi:10.1038/s41592-022-01643-8

Nature子刊：纳米孔R10.4测序无需矫正，可获得更高水平的细菌基因组

Nature Methods[IF:47.99]

① 使用R10.4纳米孔芯片测序，序列准确度可达99%；② 通过模拟数据评测，与R9.4.1数据相比，在覆盖度超过40X，R10.4可从纯培养物或宏基因组数据中生成接近完整的细菌基因组，而无需短读长序列校正；③ 相比R9.4.1，R10.4组装精度的提升，主要是由于对均聚物处理能力的提高；④ 目前R9.4.1的吞吐量比R10.4高出至少两倍，因此目前性价比最高的选择是R9.4.1加Illumina短读长测序校正。 Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing

2022-07-04, doi:10.1038/s41592-022-01539-7

马迎飞+戴磊等Cell子刊：通过噬菌体培养组解析肠道暗物质

Cell Host and Microbe[IF:31.316]

① 针对肠道常见共生细菌开发了一系列噬菌体分离培养技术，成功获得了可以分别侵染其中42个细菌种的209株非冗余噬菌体；② 基因组分析揭示了分离噬菌体的多样性，并发现了两个噬菌体新科；③ 肠道细菌在菌株水平多样性的噬菌体抗性机制是肠道细菌和噬菌体长期稳定共存的重要原因；④ 拟杆菌和副杆菌菌株在噬菌体易感性方面表现出很大差异；⑤ 噬菌体混合物可减少体外群落中目标物种的丰度。 Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteria

2023-04-12, doi:10.1016/j.chom.2023.03.013

Nature子刊：新型单细胞RNA测序或可助力预测细菌毒素？

Nature Microbiology[IF:30.964]

① 开发了基于探针的细菌测序（ProBac-seq），是一种使用DNA探针库和现有商业微流体平台进行单细胞RNA测序的方法；② 对每个实验的数千个单细菌细胞的转录组进行测序，平均每个细胞中可检测数百个转录本；③ 应用于枯草芽孢杆菌和大肠杆菌，ProBac-seq可正确识别已知细胞状态，并揭示先前未报道的转录异质性；④ ProBac-seq发现不产生毒素的产气荚膜梭菌细胞可得到充足营养，而产毒的细胞似乎缺乏多种关键的营养物质，这类亚群可由醋酸盐控制。 Probe-based bacterial single-cell RNA sequencing predicts toxin regulation

2023-04-03, doi:10.1038/s41564-023-01348-4

张和平+孙志宏Nature子刊：内蒙古人肠道菌群高质量基因组集合

Nature Microbiology[IF:30.964]

① 利用PromethION和HiSeq平台对180份粪便样本进行宏基因组测序，生成3.7Tbps三代和20.1Tbps二代数据；② 通过评估在宏基因组中组装出的Probio-M8基因组，发现足量二代测序对保证组装质量至关重要；③ 构建了内蒙古人肠道基因组数据集（IMGG），包括802个环状和5927个高质量基因组，显著提升了二代测序中易被遗漏区域的分析性能；④ 报道了430种未培养物种的rRNA基因拷贝数，超过12000种未知肠道前噬菌体，以及插入序列在肠道细菌中的分布。 A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians

2023-01-05, doi:10.1038/s41564-022-01270-1

Nature子刊：大规模分析细菌编码的次级代谢产物

Nature Microbiology[IF:30.964]

① 用改良BiG-SLiCE和clust-o-matic算法，分析~17万个细菌基因组和4.7万个宏基因组组装基因组；② 在细菌基因组可能编码的天然产物中，只有3%被实验表征；③ 次级代谢产物生物合成多样性的变异性在属水平上显著降低，因此可在菌属水平上进行比较；④ 链霉菌属的生物合成多样性最大，Amycolatopsis、Kutzneria和小单孢菌属的生物合成多样性也较大；⑤ 鉴定出多个研究较少的分类群（如Weeksellaceae等）有产生高度多样化的次级代谢产物的潜力。 Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes

2022-05-02, doi:10.1038/s41564-022-01110-2

浙大Nature子刊：通过机器学习在短肽全库中高效筛选抗菌肽

Nature Biomedical Engineering[IF:29.234]

① 提出一个结合经验判断、分类、排序和回归任务组合形成的管道（SMEP），可识别和预测多肽的抗菌功能；② 在长度6-9的多肽全库上测试，发现筛选出的抗菌肽有效率达98.2%；③ 相比之前管道，SMEP执行效率提升很大，只需约19天可完成对5000亿级别样本库的全扫描，并筛选出最佳抗菌肽；④ SMEP弱化了人工干预，整体过程可完全自动化完成，不需要领域专家的额外介入；⑤ 在患有细菌性肺炎小鼠中，所确定的多肽雾化配方显示出与青霉素相当的治疗效果。 Identification of potent antimicrobial peptides via a machine-learning pipeline that mines the entire space of peptide sequences

2023-01-12, doi:10.1038/s41551-022-00991-2

刘洋彧团队Nature子刊：用神经常微分方程预测菌群的代谢组学特征

Nature Machine Intelligence[IF:25.898]

① 基于最先进的深度神经网络模型，通过神经常微分方程（mNODE）来预测微生物的代谢组学特征；② 在模拟和真实数据集上，mNODE在预测人类微生物组和几种环境微生物组的代谢组学谱方面优于现有方法（MelonnPan、Sparse NED、MiMeNet及ResNet等）；③ 在人类肠道微生物组的情况下，mNODE可自然地结合饮食信息，进一步增强代谢组学图谱的预测；④ mNODE敏感性分析还可揭示微生物-代谢物的相互作用，是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具。 Predicting metabolomic profiles from microbial composition through neural ordinary differential equations

2023-03-13, doi:10.1038/s42256-023-00627-3

李景虹院士等Cell子刊：肠道菌群的时空解析工具（综述）

Chem[IF:25.832]

① 肠道菌群空间模式和动态变化无法通过培养、测序和质谱等方法有效解析；② 基因标记、编码FISH、原位RNA测序、扩展显微镜、样品采集及处理有助于肠道菌成像及时空信息的获取；③ 生物发光、近红外荧光、声学和PET成像等体内成像技术可融合体外方法用于肠道菌群研究；④ 时空解析可用于研究饮食、抗生素、肠炎、FMT对菌群的影响并用于菌群时空操纵；⑤ 但空间模式剖析、细菌和分子覆盖率不高、空间数据集高维性、成像标记工具的开发等仍是挑战。 Spatiotemporally resolved tools for analyzing gut microbiota

2023-03-24, doi:10.1016/j.chempr.2023.02.021

Science子刊：新方法助力寻找突破肠屏障的潜在促IBD肠菌

Science Translational Medicine[IF:19.319]

① 建立一种高通量、不依赖于培养的方法，通过分析个体的血清样本（无需配对的粪便样本），对靶向肠道菌群的血清IgG进行定量；② 抗菌群的血清IgG主要靶向穿过肠屏障移位的肠菌；③ 出炎症性肠病（IBD）患者中，鉴定出被血清IgG“锁定”的多种肠菌（尤其在克罗恩病患者中较多），包括Collinsella、双歧杆菌属、毛罗菌科和瘤胃球菌科中的若干细菌类群；④ IBD患者肠道菌群中，被IgG靶向的和移位的肠菌通常呈现升高的转录活性和生长率。 The systemic anti-microbiota IgG repertoire can identify gut bacteria that translocate across gut barrier surfaces

2022-08-17, doi:10.1126/scitranslmed.abl3927

一种快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具vRhyme

Nucleic Acids Research[IF:19.16]

① vRhyme是一种快速和准确的病毒MAG分箱工具，经reads覆盖度处理、序列特征提取、有监督机器学习、迭代网络聚类及bin评分五步实现精准分箱；② vRhyme能够对不同家族、宿主和源环境隶属关系、不同片段化基因组及各种长度的病毒进行分箱；③ 与现有工具相比，vRhyme在模拟和真实数据集中分箱速度快、准确较高、兼容性强及计算需求低；④ 在人类皮肤数据中，vRhyme能更全面地分析一组个体中的共享病毒和病毒特征，并更好地再现自然系统。 vRhyme enables binning of viral genomes from metagenomes

2022-05-11, doi:10.1093/nar/gkac341

马迎飞团队：底盘噬菌体的高通量制备方法

Nucleic Acids Research[IF:19.16]

① 开发了一种自上而下的全基因组简化方法，称为基于CRISPR-Cas9的迭代噬菌体基因组简化方法；② 使用CiPGr成功简化了四种不同的有尾噬菌体基因组，得到了它们的底盘噬菌体、非必需基因集以及比野生型侵染能力更强的基因组简化噬菌体；③ 通过基因组简化可以获得比野生型噬菌体裂解能力更强突变株的可行性；④ 在CiPGr的操作过程中，研究团队只需要获得噬菌体基因组序列，就能够将该方法轻松推广至其他野生型噬菌体而不需要其他先验的知识。 Genome-scale top-down strategy to generate viable genome-reduced phages

2022-12-13, doi:10.1093/nar/gkac1168

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