中科院遗传发育所:从关联到因果—重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用
热心肠小伙伴们 2019-12-11
微生物学权威杂志《Current Opinion in Microbiology》杂志发起的Environmental Microbiology专题,特邀本领域的13个顶级团队系统总结植物微生物组在干旱、免疫、进化和研究方法等方面的最新进展和未来的研究方向。

微生物学权威杂志《Current Opinion in Microbiology》杂志发起的Environmental Microbiology专题,特邀植物微生物组领域的14个团队系统总结植物微生物组在干旱、免疫、进化和研究方法等方面(14个主题见下文)的最新进展和末来的研究方向。

植物根系为微生物提供大量聚集栖息和繁衍的场所。这些微生物及其相互关系统称为根系微生物组。根系微生物组伴随着植物的整个生长周期,帮助植物吸收营养、抵抗病害和适应胁迫环境。根系微生物组研究目前主要以描述性研究为主,重组菌群体系为研究根系微生物组与宿主植物互作的功能和机制提供了前所未有的机遇。

中科院遗传发育所白洋课题组应邀发表了根系微生物组研究中合成菌群体系的综述文章Reductionist synthetic community approaches in root microbiome research。总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用。主要包括:一、分离培养根系微生物组菌种资源;二、比较主流植物无菌种植研究体系的优缺点;三、合成菌群体系在根系微生物组研究中应用的经典案例(重现自然土壤的实验结果,研究根系微生物组的功能,研究微生物与微生物之间的关系)。文章也指出当前研究方法的不足,展望了未来需要解决的问题。

白洋课题组长期进行植物与根系微生物组互作的研究,近期在Science、Nature Biotechnology 等杂志发表相关研究重要成果。该综述于2019年11月14日在线发表于Current Opinion in Microbiology 杂志(https://doi.org/10.1016/j.mib.2019.10.010)。工程师刘永鑫为该论文第一作者,白洋研究员为通讯作者,在读博士生秦媛参与了部分工作。该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项、前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金面上项目和中国科学院微生物组项目的支持。

(来源:宏基因组)

专家简介
刘永鑫
中国农科院深圳农业基因组研究所研究员
iMeta期刊执行主编
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组方法开发、功能挖掘和科学传播,在Science、iMeta、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文50余篇,被引16000余次,入选爱思维尔全球Top 2%高被引科学家。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,16万+同行关注,累计阅读量超4千万次,打造本领域最具影响的科学传播平台,免费为您团队发布成果宣传。发起iMeta期刊,打造微生物组/生物信息领域国际顶刊,解决我本领域期刊出版卡脖子问题,建立国际学术话语权体系。兼职为Nature Communications、Microbiome、ISME、Nucleic Acids Research等50余种期刊审稿160余次。
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