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刘永鑫
中国农科院深圳农业基因组研究所研究员、iMeta期刊执行主编
刘永鑫，中国农科院基因组所研究员，iMeta期刊执行主编，宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组方法开发、功能挖掘和科学传播，在Science、iMeta、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文50余篇，被引16000余次，入选爱思维尔全球Top 2%高被引科学家。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，16万+同行关注，累计阅读量超4千万次，打造本领域最具影响的科学传播平台，免费为您团队发布成果宣传。发起iMeta期刊，打造微生物组/生物信息领域国际顶刊，解决我本领域期刊出版卡脖子问题，建立国际学术话语权体系。兼职为Nature Communications、Microbiome、ISME、Nucleic Acids Research等50余种期刊审稿160余次。
主页 介绍 成果
最新动态 更多>>
刘永鑫+范晓飞等Cell子刊：DeepMetagenome助力解析环境微生物组蛋白质多样性
深圳农业基因组研究所刘永鑫、遗传发育所农业资源研究中心Xin Zheng和和河北农业大学范晓飞等在Cell Reports Methods发表最新研究，开发出一种基于深度学习的工具DeepMetagenome，用于从环境微生物组中准确注释特定蛋白质家族，显著提高了金属硫蛋白等蛋白质的识别数量和准确性。
11-09
陈同/黄璐琦/刘永鑫等：ImageGP 2.0——用于生物医学研究的强大数据可视化与可重复性分析工具
中国中医科学院黄璐琦、陈同和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队发表文章，发布了在线数据可视化和生信分析平台ImageGP的升级版ImageGP 2.0（https://www.bic.ac.cn/BIC/#/），引入了最新网络开发技术，重新设计了用户使用界面，大大丰富和增强了原有功能，并显著改善了用户使用体验。
10-19
刘永鑫团队：纳米孔测序——青春正盛，未来可期（综述）
中国农业科学院深圳农业基因组研究所/大鹏湾实验室刘永鑫团队发表综述，系统阐述了纳米孔测序技术在过去十年的发展、应用及前景，总结了该技术的重大进步，特别是国产纳米孔测序平台的发展，介绍并展望了纳米孔测序在科学研究中的广泛应用及重要意义。
09-25
日报3000期 | 刘永鑫：我与《热心肠日报》共同成长
《热心肠日报》伴随我加入微生物组领域的8年，我坚信，未来是星辰大海，未来总是未可知，坚持做一件事并持之以恒，就是最优秀的品质，就一定会获得成功！
09-11
《热心肠日报》解读 更多>>
iMeta：陈同等开发高颜值高被引绘图网站imageGP
① ImageGP 可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等；② 用户只要粘贴数据矩阵，即可一键快速出图；③ ImageGP 还支持火山图、富集分析泡泡图、主成分分析类图等和 4 种微生物领域的功能预测和生物标志物鉴定分析，包括 FAPROTAX, BugBase, PICRUSt 和 LEFSe；④ 在满足方便易用的同时， ImageGP 也提供了灵活性，可以设置多种参数、调整样式，输出发表质量的图，提供脚本实现可重复分析和用户进一步修改。
2022-02-21
陈峰+陈宁：基因型、饮食、年龄等对小鼠肠道菌群的塑造作用
① 纳入Rbp4-/-小鼠（遗传性维生素A缺陷小鼠）、Rbp4+/-小鼠和野生型小鼠，在4或7周龄开始28天的低维生素A饮食干预；② Rbp4缺陷影响肠道菌群组成，Akk菌减少、拟杆菌属增多，脱硫弧菌属、Barnesiella、梭菌属XlVa、乳杆菌属等发生变化；③ 肠道菌群对饮食干预快速响应并逐渐改变，饮食干预起始越早，菌群失调程度越高；④ 年龄对菌群的影响较弱但持久；⑤ 饮食和年龄对肠道菌群的塑造作用因基因型而异，提示基因型可能对菌群塑造起主导作用。
2021-09-16
黄璐琦院士+刘永鑫：可重复和可编辑的Venn图和Venn网络在线工具EVenn
① 该研究开发出的EVenn可以通过一次性输入数据，3分钟内完成上述5种Venn图和Venn网络的绘制，特别适合整合数据集的探索分析和比较可视化；② 同时EVenn还提供了3种统计分析方法用于评估2个集合的相似性，并可以计算任意组数据的交并关系，对于关键基因或菌群的筛选更加便捷有效；③ 发表前4个月，Evenn共有1万多独立IP访问，同时该网站配有详细的演示数据、图文操作教程和视频教程，为科研工作者提供了有力的数据统计支持。
2021-07-24
Nature子刊：中科院遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法
① 该实验方案使用有限稀释度从新鲜的根部样品中分离高通量细菌，以确保大多数培养的细菌仅起源于一种微生物；② 然后使用双端标准扩增子高通量测序对菌株进行鉴定，解析纯净的和异质的细菌培养物；③ 为便于数据处理，开发了一个简单易用的生物信息分析流程“Culturome” 和一个图形用户界面网络服务器；④ 该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员，无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。
2021-01-13
刘永鑫等：微生物组数据分析从入门到精通（综述）
① 本文综述了扩增子和宏基因组数据分析方法，从测序方法的选择、分析软件/流程、统计和可视化到可重复性分析实现等，通过比较和经验分享帮助研究者选择；② 介绍了微生物组研究中常用高通量测序手段的优缺点，以及常用扩增子和宏基因组测序方法的工作流程，分析软件，特征表的统计和可视化工具，和可重复分析的流程代码、有用的网站和工具；③ 分析代码的重现性在研究中可极大地提高工作效率，节省研究者大量开发分析代码的时间。
2020-05-11
国内团队：植物天然产物如何识别敌友、缴械致病菌？
① 植物次生代谢物sulforaphane（SFN）抑制丁香假单胞菌TTSS基因；② SFN通过加快HrpL的上游抑制TTSS基因的转录，这对于发病机理至关重要；③ SFN积累有缺陷的植物更容易感染丁香假单胞菌；④ SFN共价修饰HrpS的Cys 209并调节TTSS表达，SFN防御丁香假单胞菌的功能是通过HrpSCys209修饰介导的；⑤ Cys209负责细菌对SFN的体外敏感性以及对脂族芥子油苷途径赋予的植物防御的敏感性。
2020-04-08
从关联到因果：重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用
① 本文系统总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用；② 单菌和混菌研究的前提是分离培养根系微生物组菌种资源；③ 比较主流植物无菌种植研究体系的优缺点；④ 合成菌群体系在根系微生物组研究中应用的经典案例，包括重现自然土壤的实验结果，研究根系微生物组的功能，研究微生物间的关系；⑤ 文章也指出当前研究方法的不足，展望了未来需要解决的问题。
2019-11-14
代表性文章 更多>>
注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者
2023
FALong-read metagenomic sequencing reveals that high-copy small plasmids shape the highly prevalent antibiotic resistance genes in animal fecal microbiome
SCI TOTAL ENVIRON, 10.1016/j.scitotenv.2023.164585
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CAMicrobiome research outlook: past, present, and future
PROTEIN CELL, 10.1093/procel/pwad031
CAThe best practice for microbiome analysis using R
PROTEIN CELL, 10.1093/procel/pwad024
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2022
CASequence-based Functional Metagenomics Reveals Novel Natural Diversity of Functioning CopA in Environmental Microbiomes
GENOM PROTEOM BIOINF, 10.1016/j.gpb.2022.08.006
FAEvaluation of trophic state for inland waters through combining Forel-Ule index and inherent optical properties
SCI TOTAL ENVIRON, 10.1016/j.scitotenv.2022.153316
2020
FACAProgressive Increasing of Pt Nanoparticles with Multiple-Layered Manner inside Metal-Organic Frameworks for Enhanced Catalytic Activity
INORG CHEM, 10.1021/acs.inorgchem.0c01501
2019
FA[Methods and applications for microbiome data analysis]
HEREDITAS, 10.16288/j.yczz.19-222
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2014
FASynthesis, phase structure and up-conversion luminescence of NaYF4:Yb3+, Er3+/Tm3+ nanorods
J NANOSCI NANOTECHNO, 10.1166/jnn.2014.7994
2012
FAIteratively reweighted LASSO for mapping multiple quantitative trait loci
BRIEF BIOINFORM, 10.1093/bib/bbs062
FAAquaporin changes in compound 48/80 induced inflammatory sublaryngeal edema in rat
J VOICE, 10.1016/j.jvoice.2012.04.007
头衔
中国农科院深圳农业基因组研究所研究员
iMeta期刊执行主编
宏基因组公众号创始人
简介
刘永鑫，中国农科院基因组所研究员，iMeta期刊执行主编，宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组方法开发、功能挖掘和科学传播，在Science、iMeta、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文50余篇，被引16000余次，入选爱思维尔全球Top 2%高被引科学家。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，16万+同行关注，累计阅读量超4千万次，打造本领域最具影响的科学传播平台，免费为您团队发布成果宣传。发起iMeta期刊，打造微生物组/生物信息领域国际顶刊，解决我本领域期刊出版卡脖子问题，建立国际学术话语权体系。兼职为Nature Communications、Microbiome、ISME、Nucleic Acids Research等50余种期刊审稿160余次。
教育经历
2008年 东北农业大学 学士 微生物学
2011年 东北农业大学 硕士 作物遗传育种
2014年 中国科学院大学 博士 生物信息学
工作经历
2022~至今：中国农科院深圳农业基因组研究所，研究员
2021~2022：中国科学院遗传与发育生物学研究所，高级工程师
2016~2020：中国科学院遗传与发育生物学研究所，工程师
2014-2016 中国科学院遗传与发育生物学研究所 博士后
主要研究领域与方向
微生物组、宏基因组、生物信息、方法开发、食品组学
其他专家 更多>>
陈同
中国中医科学院 副教授
郭春君
康奈尔大学医学院吉尔·罗伯茨IBD研究所助理教授
杨晟
中国科学院分子植物科学卓越创新中心研究员
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