Torsten Thomas

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文章数：5篇

生物信息学工具

分析菌群基因水平转移的信息学工具

《Microbiome》近期发表的研究介绍了一种新的生物信息学分析工具——MetaCHIP，可以在不依赖于参考基因组的情况下，用于宏基因组测序数据分析，探索群落水平上的水平基因转移事件。

生物信息学工具基因水平转移 Bioinformatics HGT identification horizontal gene transfer

Nature子刊：海绵共生微生物群落结构

海绵作为最原始的一类多细胞动物，其蕴藏的丰富的天然活性产物使其成为重要的海洋生物资源；另一方面海绵体内存在高丰度且多样性的微生物群落，是共生生命演化研究的关注对象之一。尽管在海绵共生微生物宏基因组学以及关键共生菌基因组学方面已经开展了一些研究，相对于海绵丰富多样的共生微生物类群而言，目前在宏基因组尤其是基因组水平上对海绵共生菌的认知仍旧非常有限。Nature Communications近期发表的本研究，对全球海洋海绵-微生物网络进行结构和功能的模块化研究，表明非生物因素可影响海绵微生物群的结构，而生物间相互作用则驱动更密切相关的“核心”微生物的组装，这些“核心”微生物群落具有一些共同的核心功能特征。该研究对于揭示共生作用推动的生命演化过程和内在动力具有重要意义。

海绵微生物组网络 16S rRNA 模块

眼部微生物组

人眼不同部位的菌群特征

人眼由许多微生境组成。本文研究的目的是了解眼睛各个区域的微生物组的共同性和差异。结果表明，人眼的微生境（眼表，结膜，睑缘和皮肤）具有独特的细菌生物地理学，在多个区域之间共享一些细菌，而其余细菌占据某些固定有限的生态位。

眼部微生物组 16S r RNA gene sequencing Conjunctiva Lid margin Ocular microbiome

ISME：宏转录组学揭示海绵共生菌群的整合代谢

这篇文献的研究对象为海绵，但对其他微生态系统也有启发意义，利用宏转录组研究整合代谢，大有可为！

宏基因组硅藻类异养化能自养生物共生固碳

ISME：生物碳表面的细菌和它们的固碳作用

这是热心肠菌群 #2 群的群友，来自澳大利亚新南威尔士大学的叶俊博士作为第一作者在ISME上发表的关于生物碳表面细菌的研究。生物碳，是近些年备受关注的领域，有兴趣的人可追随这篇文献去涨知识。

生物碳细菌基因组化能无机过程固碳 Yuxi Zhang

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