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菌群相似性
文章数:1篇
生物信息学算法
HULK:k-mer频谱草图用于微生物组快速分析
近年来公共可用微生物组数据的增长为基因组研究提供了宝贵的资源。大量的微生物组数据,以及微生物组研究的广泛普及和临床宏基因组学时代的到来,意味着迫切需要开发能够在短时间内处理大量数据的分析方法。为了满足这一需求,发表于《Microbiome》的研究提出了一种使用流式k-mer频谱的相似性草图表示微生物组测序数据差异的新方法。这些草图允许近似实时地进行差异估计,快速的微生物组目录搜索和微生物组样品的分类。项目地址:https://github.com/will-rowe/hulk 。
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菌群结构
菌群相似性
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