假阳性丰度

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假阳性丰度

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为微生物组分析定制的标准DNA样本和评估框架

本研究中，作者开发了NIBSC参考菌群DNA Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR，以及用于评估生物信息学工具和流程偏差的四项措施框架。使用这些参考菌群和报告系统，作者通过分析由Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR生成的鸟枪测序和16S rRNA测序数据，对各种生物信息学工具进行了独立评估，并证明，大多数生物信息学工具极大地夸大了微生物组健康的关键指标，例如多样性估计。在所有测试的工具中，都存在偏差，最终数据集中的敏感性和假阳性的相对丰度之间存在明显的权衡。最终展望未来，作者建议领域内使用高度复杂的特定于本领域的菌群，以确保流程基准测试适用于特定目的。

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