Michael Shaffer

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Michael Shaffer

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微生物组功能注释和结果优化工具DRAM

微生物(含病毒)群落改变了地球化学生态系统，但是由于缺乏可扩展的、分解代谢的注释软件，这些生物催化的特定反应难以解读。本文介绍了DRAM（新陈代谢的精炼注释），一个将海量的微生物基因组信息转化为微生物性状集的框架，本文表明，DRAM精确地分配了微生物对地球化学循环的贡献，并在底物水平自动划分肠道微生物碳水化合物代谢。作为DRAM的病毒模式，DRAM-v建立了识别病毒编码的辅助代谢基因(AMGs)的规则，从而对来自土壤和肠道的数千个假定的辅助代谢基因进行了代谢分类。DRAM和DRAM-v一起提供了关键的代谢谱分析功能，这些功能可用于破解微生物组功能。

DRAM 碳水化合物代谢 AMGs 数据库功能基因注释