近些年来，随着分析化学、药物化学以及合成化学的蓬勃发展，大量具有生物活性的化学小分子被筛选、发现、分离和合成，其涵盖了从天然产物到合成化合物，从内源代谢分子到外源药物前体等诸多种类。然而这些活性小分子的作用机制往往还有待进一步探究，这也成为化学生物学研究方向的热点之一。本课题组致力于发展一系列基于分子活性探针的化学蛋白质组学平台技术（activity-based protein profiling），可以大规模定量分析活性化学小分子在全细胞蛋白质组中的作用靶点，为后续的功能实验和机理研究在分子水平上奠定了坚实的基础。在本报告中，我将着重介绍一个具体的例子。脂肪性肝病是由于各种原因引起的肝细胞内脂肪过多堆积导致肝细胞脂肪化进而造成的一系列疾病。目前针对脂肪性肝病没有有效的西药制剂。我们从传统中草药配方中获取灵感，发现黄芩能有效地缓解和治疗脂肪肝的病状, 但是其药效的具体分子机制并不明确。我们基于黄芩中主要成分黄芩苷的分子结构设计一个光交联的分子探针，在脂肪化细胞中对黄芩苷的作用靶标进行了化学蛋白质组学的鉴定。我们发现黄芩苷可以直接作用于脂肪酸代谢通路中的相关蛋白，而进一步生化、细胞和动物实验证实了黄芩苷的确能够直接调控这个通路达到降脂的疗效。我们的工作通过化学蛋白质组学分析揭示了黄芩这一传统中草药降脂疗效的具体分子机制。