张雪松
罗格斯大学研究助教授、学术期刊《Microbiological Research》资深编辑
张雪松博士是微生物学领域专家。他本科毕业于南开大学微生物系,拥有新加坡南洋理工大学硕士学位和美国纽约城市大学博士学位。之后在德克萨斯农工大学和纽约大学接受博士后培训。自2008年起他加入Martin J. Blaser院士的人类致病微生物和人体菌群研究团队,在纽约大学医学中心先后担任scientist, senior scientist, assistant professor of medicine, 并自2019年在罗格斯大学先进生物技术和医学中心担任Research Assistant Professor至今。他也担任学术期刊《Microbiological Research》的资深编辑和《Microbiology Insights》副主编。
Science:房刚等开发宏表观组方法定量分析真核生物DNA 6mA和细菌污染的影响
① 作者利用宏基因组分析的策略开发了一个“宏表观组”方法6mASCOPE,用于定量 6mA;② 该方法在莱茵衣藻和四膜虫 ,定量6mA并发现了其在核小体上的分布模式;③ 肠道共生或土壤细菌污染解释了昆虫和植物根系样本中绝大多数 6mA,且在果蝇、拟南芥或人类中没有发现高丰度 6mA 的证据;④ 用于基因操作的质粒也携带丰富的 6mA,且甲基转移酶和去甲基酶的突变体也无法完全去除6mA修饰;⑤ 该方法的发布,将有助于全面重新评估真核生物中的6mA定量。
2022-02-03
张雪松等:早期抗生素暴露增加1型糖尿病风险,移植母体菌群或能逆转
① 移植母体盲肠菌群(CMT)能抑制由生命早期抗生素暴露引起的NOD小鼠1型糖尿病(T1D)进展加速;② CMT可恢复被抗生素扰乱的肠道菌群,包括多样性、特定细菌含量(如有潜在T1D保护作用的S24-7菌科等)和代谢通路;③ 这伴随着代谢物以及回肠基因表达模式(及其上游的基因剪接、组蛋白修饰和miRNA表达)的恢复,促进了回肠CD44、TLR2和Reg3γ等先天免疫效应因子的正常化;④ CMT恢复的肠道菌群或通过减少免疫活化来抑制T1D,Reg3γ有核心作用。
2021-07-20
Nature子刊:房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法,助力菌群研究
① 现有的针对CpG 5mC(或少量具体序列)的纳米孔测序检测方法无法有效的检测细菌中常见的三种DNA甲基化;② NanoDisco同时解决了利用纳米孔测序全新发现DNA甲基化基序遇到的两个根本问题:识别出甲基化类型和找到基序中具体被甲基化的碱基;③ 新方法有效处理PacBio测序和纳米孔测序的一些本质区别,从而实现利用三种甲基化 (6mA, 4mC, 5mC) 更好地区分菌群中不同的细菌、关联可移动原件和其宿主、以及检测宏基因组组装中的错误。
2021-04-05
抗生素加速1型糖尿病小鼠的疾病发展
① NOD小鼠随机分为4组,分别进行1个疗程或3个疗程的抗生素处理或对照处理;② 雌性小鼠的1型糖尿病发病率高于雄性,抗生素对发病进程无显著影响,但显著加速了雄性小鼠的1型糖尿病进展,③ 生命早期使用抗生素可持久性地改变NOD小鼠的肠道菌群,并导致盲肠、肝脏及血清中代谢产物的变化;④ 随着抗生素使用疗程的增加,菌群的多样性显著下降;⑤ 抗生素造成了4个与抑制或加速1型糖尿病发病相关的分类群的变化,并影响了先天性及适应性免疫反应。
2018-07-24
Natutre子刊: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组分箱
① 微生物组中各基因组的有效区分是当前宏基因组研究的一大挑战;② 本文提出了一种结合单分子实时测序检测细菌DNA甲基化特征的分箱方法,基于合成和真实微生物组数据验证,可实现内源表观遗传条形码将个体短序列和组装的重叠群分类为物种和菌株水平;③ 此方法还能将质粒和其他移动遗传元件与真实微生物组样本中的宿主物种联系起来;④ 将DNA甲基化信息纳入是对宏基因组学分析方法的有效补充,以实现更准确的序列分组。
2017-12-11
Nature子刊:抗生素改变菌群,加速一型糖尿病的发展
① 对非肥胖糖尿病(易发一型糖尿病)小鼠,进行连续低剂量抗生素或脉冲式抗生素(PAT)处理,模拟新生儿早期抗生素使用;② 接受PAT的小鼠一型糖尿病发病率显著上升,且肠道菌群组成结构显著改变;③ 在接受PAT的雄性小鼠中,肠道固有层中Th17及Treg细胞比例以及肠道SAA表达降低;④ PAT影响了菌群对脂质的代谢及宿主胆固醇合成相关基因的表达。
2016-08-22
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
罗格斯大学研究助教授
学术期刊《Microbiological Research》资深编辑
张雪松博士是微生物学领域专家。他本科毕业于南开大学微生物系,拥有新加坡南洋理工大学硕士学位和美国纽约城市大学博士学位。之后在德克萨斯农工大学和纽约大学接受博士后培训。自2008年起他加入Martin J. Blaser院士的人类致病微生物和人体菌群研究团队,在纽约大学医学中心先后担任scientist, senior scientist, assistant professor of medicine, 并自2019年在罗格斯大学先进生物技术和医学中心担任Research Assistant Professor至今。他也担任学术期刊《Microbiological Research》的资深编辑和《Microbiology Insights》副主编。
1) 肠道菌群和自身免疫相关疾病的关系,包括人类早期肠道微生物群对 1 型糖尿病发生的影响和对自闭症发生的影响,抗生素对共生肠道微生物群和自身免疫相关疾病的干扰;运用肠道微生物群落重建辅助治疗相关疾病的模型研究。
2)幽门螺杆菌在人上消化道中的致病性和致癌性的分子机制和体内遗传变异的特质。
3) 新型益生菌益生元的分离和培养,以及应用通过对肠道菌群调控应用于免疫类和消化道癌症等疾病的治疗。