Xue-Song Zhang

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文章数：6篇

Science：房刚等开发宏表观组方法定量分析真核生物DNA 6mA和细菌污染的影响

论文对DNA N6-甲基脱氧腺苷 (6mA)这一重要生物学问题持续探究，报道了使用“宏表观组”新方法，定量分析真核生物DNA 6mA并评估细菌污染的影响。DNA 6mA最近被报道在真核生物中普遍存在，它为研究生物学和疾病的研究创造了一个新的维度。然而，一些研究强调了混淆因素，真核生物中关于6mA的争论也很活跃。作者描述了一种定量 6mA 去卷积的方法，并报告说细菌污染解释了昆虫和植物 DNA 样本中的绝大多数 6mA，该方法还没有发现人类体内高 6mA 水平的证据，这项工作提倡重新评估真核生物中的 6mA，并提供了一种可行的方法。

宏表观组定量分析细菌污染真核生物DNA 6mA 果蝇

张雪松等：早期抗生素暴露增加1型糖尿病风险，移植母体菌群或能逆转

NOD小鼠生命早期的抗生素暴露会扰动肠道菌群、增强1型糖尿病（T1D）的发生发展（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083488633）。美国罗格斯大学张雪松、Martin Blaser与研究团队在Cell Host and Microbe发表的一项最新研究，通过小鼠实验、细胞实验以及多组学和网络分析表明，抗生素扰动后通过移植分娩时的母体盲肠菌群进行早期干预，可抑制抗生素诱发的小鼠T1D加剧，伴随菌群和代谢物、回肠基因表达和基因调控以及先天和适应性免疫效应因子的恢复。该研究揭示了肠道菌群在调控T1D中的可能机制，为进一步挖掘T1D的预防干预靶点提供了新线索。

1型糖尿病肠道菌群菌群移植 NOD小鼠模型先天免疫

纳米孔测序

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco（https://github.com/fanglab/nanodisco）的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

纳米孔测序 DNA甲基化 PacBio测序宏基因组组装可移动原件

抗生素加速1型糖尿病小鼠的疾病发展

来自eLife上发表的一项最新研究，发现在1型糖尿病小鼠模型的生命早期使用抗生素处理，可改变肠道菌群、代谢产物及免疫反应，加速雄性小鼠的疾病发展。

1型糖尿病 IMMUNOLOGY infectious disease Inflammation Microbiology

Natutre子刊: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组分箱

西奈山伊坎医学院的房刚课题组在Nature Biotechnology杂志上发表了宏表观组领域的开创性工作，该研究提出不同种的微生物中广泛存在自己独特的DNA 甲基化修饰模式，能被看成是一个天然的“条形码”，可以被用来提高宏基因组拼接和分箱的清晰度和完整度。同时，这项研究也开启了表观遗传学在微生物群落研究中功能性的探索。

宏基因组宏基因组分箱宏基因组组装三代测序

Nature子刊：抗生素改变菌群，加速一型糖尿病的发展

Martin J Blaser和合作者的最新研究，在小鼠中发现抗生素改变菌群，加速1型糖尿病的发展，这对抗生素促进自身免疫性疾病的发展提供了新的证据，强烈推荐阅读。

抗生素肠道菌群一型糖尿病 Leandro A Lobo Ana Carolina Oliveira