infectious disease

肠道微生物具有抵抗感染的能力，但作用机制未知。近期发表在《The Journal of Clinical Investigation》的文章报道小鼠肠道内的一种梭菌属细菌（C. scindens）能通过增强固有免疫来预防溶组织内阿米巴（E. histolytica）结肠炎，揭示出肠道细菌C. scindens及其相关代谢产物脱氧胆酸盐通过调控骨髓祖细胞而抵抗感染的作用机制。

阿米巴结肠炎 hematopoietic stem cells IMMUNOLOGY infectious disease innate immunity

宏基因组分析工具

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

无细胞DNA（cfDNA）是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段，这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障，显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的，通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰，对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正（LBBC）工具用流行的 R 语言写成，使用方便，值得一试。

宏基因组分析工具 Cell-free DNA metagenomics Biomarkers infectious disease

果蝇

乳杆菌与醋酸杆菌共培养可改变pH，影响抗生素耐受

人类肠道微生物群是由上千个微生物物种组成的复杂生态系统，对我们的健康和寿命有着重要影响。即使在健康状况下，也很难阐明构成我们肠道微生物的不同物种之间是如何相互作用和影响的。同时，物种间的相互作用还可以通过许多机制影响抗生素的活性，包括改变细菌的生理机能等，因此，预测抗生素在微生物群落中的有效性具有一定难度。果蝇因其肠道微生物种类简单，成为研究该问题的理想模型。近期发表在eLife上的文章发现了一种影响细菌抗生素耐受性的新方式。通过体外共培养果蝇肠道微生物植物乳杆菌（Lp）和醋杆菌属细菌，证实醋杆菌属细菌通过利用Lp产生的乳酸来调节pH，进而影响Lp的生长状态来调节其抗生素耐受性。本研究结果表明，环境的简单变化可以驱动细菌群落中复杂的生理行为和抗生素反应，并提示，当使用抗生素时，不仅要考虑目标细菌，也要考虑其所在的微生物群落，以防止耐药性的形成。

果蝇植物乳杆菌醋酸杆菌 pH 抗生素耐受性

高脂饮食

“EECs沉默”-肠道内分泌细胞适应高脂饮食新机制

eLife发表的文章，采用转基因、高脂饲喂和悉生动物模型，揭示一种菌群介导的肠道内分泌细胞（EECs）对脂肪摄入适应的新机制，即“EECs沉默”。

高脂饮食肠道内分泌细胞（EECs) developmental biology infectious disease Microbiology

菌群-免疫互作

菌群通过小胶质细胞的TLR信号抑制病毒引起的神经损伤

菌群-免疫互作 JHMV Neurological damage TLR 4 infectious disease

口腔细菌

口腔健康别忽视！大多数口腔菌能在肠道安家

口腔细菌 computational biology Human infectious disease Microbiology

宏基因组病原检测

宏基因组测序技术运用于病原检测（综述）

高通量测序有望提高感染性疾病的病原检测和诊断效率。《Annual Review of Pathology-Mechanisms of Disease》近期发表综述，系统性介绍了宏基因组病原检测的平台、流程、优势与局限性以及代表性临床案例，对于详细了解该技术有重要参考价值。

宏基因组病原检测 clinical diagnostics infectious disease metagenomics nanopore sequencing

克罗恩病

特定克罗恩病相关SNP的潜在致病机制

克罗恩病 ATG16L1T300A Bacteroides Bacteroides ovatus CROHN'S DISEASE

共生基因组

对宿主的遗传选择可同时影响菌群组成

共生基因组 infectious disease Microbiology 热带罗非鱼宿主选择

宿主-菌群共生

来自共生菌的新型抗炎蛋白，促进宿主-细菌共生

宿主与共生菌之间的稳定共生需要适度的免疫反应，既能控制细菌数量，又不会引起伤害双方的过度炎症。eLife近期发表的一项研究，从斑马鱼的共生菌中鉴定出一种具有免疫调节功能的细菌分泌蛋白，可抑制肠道炎症反应，或许能为治疗炎症性疾病带来新启示。

宿主-菌群共生 Aeromonas IMMUNOLOGY infectious disease Inflammation

细菌-宿主互作

肠道细菌“劫走”了维生素B12

肠道细菌表面的脂蛋白在获取维生素的过程中有重要作用。本研究发现，BtuG2在拟杆菌与人类宿主竞争维生素B12的过程中具有重要作用。该结果对阐释肠道细菌的维生素获取机制、探究肠道菌群与维生素缺乏症之间的联系，都具有重要参考价值。

细菌-宿主互作 corrinoid Gut infectious disease intrinsic factor

1型糖尿病

抗生素加速1型糖尿病小鼠的疾病发展

1型糖尿病 IMMUNOLOGY infectious disease Inflammation Microbiology

代谢调控

改变肠道共生菌的胆盐水解酶，可影响宿主代谢

菌群功能影响宿主代谢，但由于菌群基因和功能的复杂性，如何解析单个基因/功能对宿主的影响，是关键问题。eLife上一项来自哈佛医学院的最新研究，提供了一个值得参考的例子。通过细菌培养、细菌基因敲除、在无菌小鼠中进行单菌株定殖等方法，该研究揭示了共生菌的特定胆盐水解酶对宿主代谢的影响。

代谢调控胆盐水解酶肠道共生菌多形拟杆菌 biochemistry

抗生素

菌群变化影响肠道氧化还原动态

抗生素氧化还原电势 antibiotics Gut microbiota Human

大豆油脂肪酸

eLife：大豆油脂肪酸不会影响小肠中的乳酸杆菌

随着西式饮食的流行，人体内的乳酸杆菌在逐渐减少，而近年来大豆油的消耗逐年上升。因此，研究者们分析了大豆油脂肪酸——亚油酸对小肠乳酸杆菌的影响。这项发表在eLife上的研究发现在小鼠体内，亚油酸并不会影响乳酸杆菌种群，而结果可能来自于肠道环境及细菌自身的进化能力的保护作用。

大豆油脂肪酸乳酸杆菌 infectious disease Microbiology mouse

儿童营养不良

CMR：营养不良如何增加儿童的感染风险？（综述）

这是Clinical Microbiology Reviews[IF：19.958]关于营养不良对儿童免疫系统防御和抗感染能力的影响的综述文章，IF高，内容硬，非常值得认真一读，强烈推荐！

儿童营养不良 Mycobacterium tuberculosis host defense IMMUNOLOGY infectious disease

内脏敏感性

eLife：小鼠内脏痛，受菌群调节

内脏高敏感性以及疼痛的机制非常复杂，这项研究第一次建立了肠道菌群与内脏痛的关联，很值得认真学习。

内脏敏感性内脏痛脊髓 Irritable bowel syndrome infectious disease

肝硬化

Gut：肝硬化患者的真菌失调

① 选取143名肝硬化患者及26名健康对照，分别进行横断面研究及纵向研究；② 在横断面研究中，细菌与真菌的多样性显著相关，使用抗生素的门诊患者及培养阳性的感染患者多样性最低，拟杆菌门/子囊菌门的低比例与低住院率相关；③ 在纵向研究中，真菌及细菌谱在随访期间保持稳定，使用抗生素后，真菌与细菌的多样性均降低；④ 假丝酵母的相对丰度升高，原本存在的细菌的相对丰度降低；⑤ 使用奥美拉唑后，细菌多样性及组成发生改变，但真菌保持稳定。

肝硬化真菌 BACTERIAL INFECTION cirrhosis ENTERIC BACTERIAL MICROFLORA

beta cells

eLife：Bugs 如何帮助 Beta 细胞？

这个研究发现肠道菌群的一些细菌成员编码的BefA蛋白，诱导斑马鱼胰腺的Beta细胞扩增，这是关于菌群中的特定蛋白对宿主影响的一项重要研究，值得读一读。

beta cells development developmental biology infectious disease Microbiology

beta cells

eLife：肠道菌群的特定蛋白诱导胰腺beta细胞的扩增

这个研究发现肠道菌群的一些细菌成员编码的BefA蛋白，诱导斑马鱼胰腺的Beta细胞扩增，这是关于菌群中的特定蛋白对宿主影响的一项重要研究，值得读一读。

beta cells development developmental biology infectious disease Microbiology