Cell-free DNA

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国内团队Cell子刊：血浆cfRNA或能揭示胃肠癌患者临床状态

细胞外核酸分子包括细胞游离DNA（cfDNA）和细胞游离RNA（cfRNA），因为受到细胞外囊泡或结合蛋白的保护，所以在血浆中可以抵抗完全降解，因此被广泛用于癌症诊断和预后的评估。然而，包括结直肠癌（CRC）和胃腺癌（STAD）等普遍存在的胃肠道恶性肿瘤，对涉及cfDNA和cfRNA的游离多组学数据的系统探索有限。目前诊断和监测这两种癌症的方法缺乏揭示分子机制异质性的能力。清华大学和北京大学研究人员共同在Cell Reports Medicine上发表最新研究成果，使用包括血浆基因组、表观基因组和转录组学分析在内的匹配数据，揭示了CRC和STAD的游离核酸景观，展示了液体活检中联合多组学的概念，并提供了一种用于动态监测癌症状态的基于cfRNA的实用程序。

消化肿瘤液体活检 Multi-Omics Cell-free DNA cell-free RNA

宏基因组分析工具

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

无细胞DNA（cfDNA）是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段，这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障，显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的，通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰，对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正（LBBC）工具用流行的 R 语言写成，使用方便，值得一试。

宏基因组分析工具 Cell-free DNA metagenomics Biomarkers infectious disease