① 基于胆红素结合后的UnaG荧光激发试验，鉴定出一系列具备胆红素还原酶的肠道细菌，它们均属于厚壁菌门的梭状芽胞杆菌纲；② 通过比较基因组学从亲缘性靠近、胆红素还原酶有无的菌株间鉴定胆红素还原酶基因，基于关键残基同源比对确定胆红素还原酶bilR基因；③ 异源表达确定BilR的胆红素还原酶活，基于关键残基鉴定绘制bilR的进化分支谱；④ 人宏基因组数据集显示bilR在健康成年人中广泛存在，但在新生儿和炎症性肠病患者中发现率下降。

① 基于德布鲁因(de Bruijn) 图的序列组装方法一直是测序分析方法中的一个重要部分，尤其是在菌群研究中；② 德布鲁因图可以用来有效地表示测序数据，其格式具有高度的可扩展性，并且可以扩展和修改以解决不同的研究问题；③ 基于德布鲁因图的分析方法已经开发并运用于比较基因组学、遗传变异的鉴定以及未组装测序数据的大规模搜索；④ 德布鲁因图数据结构将继续成为未来序列组装和分析方法的核心组成部分。

① 可颠换元件是指在细菌基因组中方向可以改变的一段DNA序列，最常见的是可颠换的启动子；② 通过开发PhaseFinder程序，在5.4万个细菌基因组中的2414个中找到了4686个该类元件；③ 进一步发现该类元件在宿主相关细菌中存在更多，富集于膜蛋白、抗性相关基因；④ 宿主选择压力或许是塑造可颠换元件方向的主要力量，而粪菌移植和抗生素处理可以改变可颠换元件的方向。

① 倒位子（inverton）是能发生可逆性倒位的基因间区域，是细菌适应环境的一种遗传机制；② 开发算法从5万多个细菌基因组中鉴定出4686个倒位子，在肠道菌中较普遍；③ 含有启动子的倒位子大多调节胞外产物，如荚膜多糖，提示细菌表面结构多样性对其在肠道内定殖的重要性；④ 抗生素抗性基因的启动子，其所处倒位子的方向可在抗生素处理后从“关闭”变为“打开”；⑤ 同一菌株的倒位子在粪菌移植后可改变方向，体现宿主施加的选择压力有个体差异。

① 对1792名受试者（355名IBD患者、412名IBS患者、1025名健康人）的粪便样本进行宏基因组测序；② IBD及IBDS患者的肠道菌群有大量相似之处，在物种和菌株水平上，两者也存在显著差异；③ 与健康人相比，IBD及IBS患者的某些肠道细菌生长速率发生变化；④ IBD及IBS患者的肠道菌群中，氨基酸、神经递质、维生素的生物合成及复杂碳水化合物的降解等相关通路发生改变，且毒力因子的丰度增加；⑤ 患者肠道菌群组成的变化影响了抗生素耐药基因的携带。

① 60名健康受试者分组，短期食用标准化液体营养餐后，额外添加不同补充剂，分析肠道菌群对短期高度控制的饮食和特定益生元的反应；② 摄入益生元（菊粉和果胶）引起了受试者菌群中特定成员和功能基因发生普遍、可预测的明显变化，表明人肠道内存在精细的资源分配；③ 而非益生元补充剂则没有引起这种可预测的菌群反应；④ 标准化液体营养餐没有减少菌群的日间变化性，但增加了个体间的相似性，并诱导了菌群的应激式反应，伴随菌群多样性降低。

① 60名健康受试者分组，短期食用标准化液体营养餐后，额外添加不同补充剂，分析肠道菌群对短期高度控制的饮食和特定益生元的反应；② 摄入益生元（菊粉和果胶）引起了受试者菌群中特定成员和功能基因发生普遍、可预测的明显变化，表明人肠道内存在精细的资源分配；③ 而非益生元补充剂则没有引起这种可预测的菌群反应；④ 标准化液体营养餐没有减少菌群的日间变化性，但增加了个体间的相似性，并诱导了菌群的应激式反应，伴随菌群多样性降低。