Xiaofang Jiang

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文章数：8篇

江晓芳等Nature子刊：鉴定肝肠循环重要代谢物胆红素的菌群酶

近期发表在Nature Microbiology的这份工作，由美国国立卫生研究院国家图书馆江晓芳和团队完成。他们针对影响宿主健康的肝肠循环中重要代谢物胆红素的菌群来源胆红素还原酶进行了鉴定，填补了宿主胆红素转化的一块空白。基于荧光报告实验和比较基因组学，他们从厚壁菌门的梭状芽胞杆菌纲细菌中鉴定出胆红素还原酶bilR基因，随后根据该基因的关键残基绘制了bilR基因的进化分支谱。基于bilR基因序列在人宏基因组的流行度，发现新生儿和炎症性肠病（IBD）患者bilR基因的发现率降低，为胆红素和黄疸的因果提供证据，以及为IBD患者的肝肠循环紊乱提供证据。

肠道菌群

德布鲁因图

iMeta：江晓芳等综述德布鲁因图在菌群研究中的应用

高通量测序已经成为菌群研究日益关键的组成部分，基于德布鲁因(de Bruijn) 图的高通量测序数据组装方法的发展，已经成为采用测序作为生物学研究的重要组成部分。来自美国NIH江晓芳团队详细阐述了德布鲁因图在菌群研究中的应用，德布鲁因图在高通量测序数据的处理中发挥了核心作用，依赖于这些数据结构的新工具的快速发展表明，在未来它将继续在生物学研究中发挥重要作用。

德布鲁因图菌群组学

江晓芳：可逆启动子介导肠道中的细菌相变、抗生素耐药和对宿主的适应

麻省理工-哈佛大学博德研究所的江晓芳博士发表题为《可逆启动子介导肠道中的细菌相变、抗生素耐药和对宿主的适应》的报告，介绍了细菌中可颠换元件（inverton）的发现和功能研究。

颠换元件 Lucien P Garo Amrendra K Ajay Mai Fujiwara Gopal Murugaiyan

细菌适应性

Science：肠内生存不易，倒位子或是细菌适应肠道环境的利器

细菌如何适应变化的环境？Science发表的最新研究表明，一种称为倒位子（inverton）的遗传元件可能在肠道菌适应肠内环境中有重要作用。含有启动子的倒位子可翻转方向，使其调控的基因表达状态在“开”和“关”之间切换，从而在需要的时候让细菌表达有利于其生存的基因，比如与细菌表面结构分子和抗生素耐药性有关的基因，前者有助于细菌-环境（比如宿主免疫）互作，后者能帮细菌抵御抗生素的毁灭性打击，从而使细菌更好的在肠道等宿主环境中安居。

细菌适应性倒位子启动子细菌-宿主互作抗生素耐药基因

炎症性肠病

Science子刊：IBD及IBS患者的肠道菌群组成及功能变化

Science Translational Medicine上发表的一项最新研究，对近2000名受试者（包括355名IBD患者、412名IBS患者）的肠道菌群进行了宏基因组测序，对菌群组成及功能的异同进行了全面的剖析对比。

炎症性肠病肠易激综合征炎症性肠病肠易激综合征宏基因组测序

简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响

短期饮食干预对肠道菌群的影响，是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验，揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。

简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响

短期饮食干预对肠道菌群的影响，是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验，揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。

饮食肠道菌群益生元 Gunnar C Hansson Gunnar C Hansson

GM：IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌

这是Genome Medicine[IF：7.071]发表的针对IBD患者肠道菌群的分析，明确活泼瘤胃球菌的富集，值得专业人士关注。

氧化应激炎症性肠病活泼瘤胃球菌 Alexander Khoruts Michael J Sadowsky