苏晓泉+徐健:在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台
热心肠小伙伴们 2021-01-22
青岛大学苏晓泉和中科院青岛能源所徐健研究团队,近期在mSystems发表文章,介绍了微生物组搜索引擎2 (Microbiome Search Engine 2, MSE 2),这是一个微生物组数据库平台,基于菌群与数据库中菌群的分类或功能相似性,在全球宏基因组数据中搜索和查询菌群。

近期,来自青岛大学苏晓泉和中科院青岛能源所徐健研究团队在 mSystems 发表文章 Microbiome Search Engine 2: a Platform for Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level,介绍了微生物组搜索引擎2 (Microbiome Search Engine 2, MSE 2),这是一个微生物组数据库平台,基于菌群与数据库中菌群的分类或功能相似性,在全球宏基因组数据中搜索和查询菌群。关键的改进包括数据库扩展,数据兼容性,搜索引擎内核和用户界面。通过功能相似性搜索菌群空间的新功能极大地扩展了菌群大数据基于搜索的挖掘范围。

专家简介
苏晓泉
青岛大学计算机科学技术学院教授
苏晓泉,博士,教授,博士生导师。泰山学者青年专家,山东青创人才引育团队带头人,CCF高级会员,国家留学基金公派访问学者,青岛大学特聘教授。研究方向为生物信息学与大数据科学,已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、Adv. Intell. Syst.等期刊发表学术论文50余篇,主持国家自然科学基金面上/青年项目、国家重点研发计划任务、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等,相关成果获得10项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn),入选“中国生物医药技术十大进展”,并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。
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徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任
山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。论文发表于Science、Cell Host Microbe、Nature Commu. 、Science Adv. 等170余篇,被引超16000次,入选爱思唯尔“中国高被引学者”(H-index 60)。主持国家重大科学仪器研制、科技部重点研发计划、国家基金委重点、重大研究计划重点支持等项目。获首届国家特殊人才支持计划(青年拔尖,2012;创新领军,2019)、国家杰出青年基金(2014)、中国青年科技奖(2015)、科技部创新人才推进计划(2015)、中源协和生命医学创新突破奖(2016)、泰山学者、“科技领军人才工作室”(山东省科技厅)等荣誉。单细胞中心(www.single-cell.cn)提出了拉曼组(ramanome)、元拉曼组(metaramanome)等单细胞代谢表型组学概念,研制和产业化了单细胞分析科学仪器系列(单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、高通量单细胞流式拉曼分选仪FlowRACS、单细胞拉曼分选-测序系统RACS-Seq、模块化单细胞微液滴分选系统EasySort等;www.singlecellbiotech.com),并服务于微藻分子育种、微生物组研究、细胞工厂筛选、生物资源挖掘、生物过程监控、抗感染精准用药、肿瘤药物筛选等广阔领域。
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