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苏晓泉
青岛大学计算机科学技术学院教授
苏晓泉，博士，教授，博士生导师。泰山学者青年专家，山东青创人才引育团队带头人，CCF高级会员，国家留学基金公派访问学者，青岛大学特聘教授。研究方向为生物信息学与大数据科学，已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、Adv. Intell. Syst.等期刊发表学术论文50余篇，主持国家自然科学基金面上/青年项目、国家重点研发计划任务、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等，相关成果获得10项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn)，入选“中国生物医药技术十大进展”，并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。
主页 介绍 成果
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苏晓泉等：基于深度学习和宿主信息嵌入的菌群多标签疾病检测研究
青岛大学苏晓泉团队近期在Advanced Intelligent Systems发表研究，提出了一种名为Meta-Spec的深度学习方法。这些工作提高了基于菌群疾病筛查的可行性和灵敏度，让个性化医疗走向实际应用迈出了重要一步。
2023-10-05
基于搜索的微生物组研究新模式
大数据模型的发展可能让我们重新认识菌群，获得不一样的独特理解。
2023-07-20
2023肠道大会｜6位专家受邀参与《肠·道》演讲
卞兆祥、何丛、苏晓泉、陈启仪、Johanna Maukonen、林国乐6位专家莅临肠道大会现场录制《肠·道》演讲。
2023-05-22
iMeta：青大苏晓泉组发布跨平台可交互的菌群分析平台PMS
青岛大学苏晓泉团队发布跨平台可交互的菌群分析平台PMS，arallel-Meta Suite(PMS)是一个用于快速和全面的菌群分析的软件套件，采用了最先进的算法，涵盖序列菌群数据物种与功能解析、统计分析、可视化等一系列流程，并具有友好的图形界面，可以满足各种用户的分析需求。
2022-04-23
《热心肠日报》解读 更多>>
iMeta：青大苏晓泉组发布跨平台可交互的菌群分析平台PMS
① Parallel-Meta Suite（PMS）是一个易用的软件包，可以在多个平台上进行快速、全面的菌群数据分析；② PMS涵盖了广泛的数据预处理和统计方法，并提供最新的可视化结果；③ PMS的整个流程通过并行计算方案进行了优化，可以快速处理数千个菌群数据；④ PMS的整体计算框架主要由C++开发，该语言与脚本语言相比，拥有更快的运行速度和更高效的内存使用方式；⑤ PMS还具有多操作系统兼容、简易安装与全自动运行等特性。
2022-03-06
苏晓泉等：利用条件致病菌指数评估环境微生物风险
① MIP中包含一个“致病菌-疾病”关系网络，以及由167,641条全长16S rRNA 基因组成的参考序列数据库；② MIP能够评估菌群的总体风险程度，并推断出由条件致病菌所引起的疾病和人体易感器官等信息；③ 利用MIP工具揭示了室内条件致病菌以环境为中介的“人-环境-人”传播途径；④ 利用MIP工具得出，室内环境和食物中存在较高条件致病菌风险，而自然环境中的条件致病菌水平极低，且昆虫等非哺乳动物表现出比哺乳动物更高的致病菌携带风险。
2022-01-10
苏晓泉阐述菌群的β多样性：从全局比对到局部比对
① 本文回顾了作者研发的菌群距离算法和搜索引擎，并总结以上方法在应对菌群细微差异时的局限性；② 提出了菌群“局部比对”的概念；③ Meta-Storms和Dynamic Meta-Storms算法采用了非递归转换和内存回收等优化，以提高计算效率和节约内存资源；④ 基于菌群搜索引擎(MSE)的疾病诊断，其准确性和效率优于传统的机器学习方法；⑤ 有两种类型的索引策略可用于加速菌群搜索，1、静态分区索引；2、基于特征降维的动态索引。
2021-08-17
徐健、苏晓泉等：用大数据引擎绘制全球菌群转化网络
① 作者提出了一个菌群转换模型和一个基于网络的分析框架来描述和模拟全球微生物β多样性在多个生境中的变化和扩散；② 作者通过分析具有177,022个样本的转化网络，发现菌群在全球范围内具有内在的同源性，还发现菌群转化具有高度的稳定性和稳健性；③ 从该网络推导出菌群扩散的全局路线图能够跟踪菌群多样性形成和传播的潜在路径；④ 这种基于搜索的菌群网络为追踪全球范围内现有或新菌群的起源和进化提供了一个容易扩展的参考。
2021-07-13
徐健+黄适：菌群和多组学分析揭示何为“牙龈亚健康”
① 纳入40名成人，测定牙菌斑菌群和代谢组及唾液细胞因子在从健康到牙龈炎期间的变化；② 这些测量指标在停止刷牙后1-3天就已迅速改变，标志着牙龈进入亚健康（SoH）阶段，其特征包括11种唾液细胞因子活化、牙菌斑中有潜在保护作用的甜菜碱和罗氏菌快速协同减少；③ 对不同队列的荟萃分析显示，在SoH阶段牙菌斑菌群的组成和功能特征已与牙周炎高度接近；④ 持续的SoH发展能加速牙菌斑菌群衰老，28天内的衰老程度相当于牙龈健康时1年的衰老。
2021-03-09
苏晓泉+徐健：在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台
① MSE 2包含一个扩展的数据库，该数据库包含超过25万个鸟枪宏基因组和16S rRNA基因扩增子的样品，这些样本与来自798项研究中收集到的统一宏数据相关；② MSE 2还包含一个增强的搜索引擎，不仅可以通过分类学而且可以通过功能概况，实时、快速（每次查询<0.5µs）地搜索最匹配的菌群；③ MSE 2还包含一个基于web的图形用户界面，用于用户友好的搜索、数据浏览和辅导；④ 可通过http://mse.ac.cn免费访问MSE 2。
2021-01-19
青岛大学团队开发菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo
① 使用配对的宏基因组(WGS)：16S扩增子数据对用作训练集，Meta-Apo算法就可以为大规模的16S扩增子样本生成校正后的功能谱，结果与WGS更加一致；② 通过Meta-Apo校正后，疾病分类的准确性提高到95.12％，同时检测疾病的敏感性也大大提高了；③ Meta-Apo提供了一种跨平台菌群分析策略，可以显著提高状态分类的性能；④ Meta-Apo能够综合16S扩增子测序的较低成本和WGS的较高精确度两方面的优势，使大规模的微生物组研究受益匪浅。
2021-01-06
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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者
2022
CAComprehensive understanding to the public health risk of environmental microbes via a microbiome-based index
JGG, 10.1016/j.jgg.2021.12.011
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2021
FACAElucidating the Beta-Diversity of the Microbiome: from Global Alignment to Local Alignment
mSystems, 10.1128/mSystems.00363-21
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CAA Scale-Free, Fully Connected Global Transition Network Underlies Known Microbiome Diversity
mSystems, 10.1128/mSystems.00394-21
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enables comprehensive and rapid comparison of microbiome functional profiles on a large scale using hierarchical dissimilarity metrics and parallel computing
10.1093/bioadv/vbab003
CAMicrobiome Search Engine 2: a Platform for Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level
mSystems, 10.1128/mSystems.00943-20
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CAMeta-Apo improves accuracy of 16S-amplicon-based prediction of microbiome function
BMC Genomics, 10.1186/s12864-020-07307-1
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2020
FACAMethod development for cross-study microbiome data mining: Challenges and opportunities
COMPUT STRUCT BIOTEC, 10.1016/j.csbj.2020.07.020
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FAMultiple-Disease Detection and Classification across Cohorts via Microbiome Search
mSystems, 10.1128/mSystems.00150-20
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2019
CADynamic Meta-Storms enables comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Bioinformatics, 10.1093/bioinformatics/btz910
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2018
FAIdentifying and Predicting Novelty in Microbiome Studies
mBio, 10.1128/mBio.02099-18
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发明专利
基于GPGPU和多核CPU硬件的元基因组数据分析软件 登记号：2012SR055051 苏晓泉，宁康，徐健
元基因组数据库索引与搜索系统 登记号：2013SR000258 苏晓泉，宁康，徐健
单细胞拉曼光谱系统控制软件 登记号：2013SR015642 任立辉，宁康，苏晓泉，徐健
单细胞拉曼光谱模拟系统软件 登记号：2013SR079944 任立辉，宁康，苏晓泉，徐健
并行化高通量测序数据质量控制软件 登记号：2013SR080803 苏晓泉，周茜，宁康
单细胞拉曼光谱系统控制软件 登记号：2014SR188907 任立辉，宁康，苏晓泉，徐健
基于单细胞图像数据库的图像分析处理系统V1.0 登记号：2015SR219902 任立辉，苏晓泉，徐健
元基因组数据分析系统[简称：Parallel-META]3.0 登记号：2016SR053280 苏晓泉，荆功超，公衍海
头衔
青岛大学计算机科学技术学院教授
简介
苏晓泉，博士，教授，博士生导师。泰山学者青年专家，山东青创人才引育团队带头人，CCF高级会员，国家留学基金公派访问学者，青岛大学特聘教授。研究方向为生物信息学与大数据科学，已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、Adv. Intell. Syst.等期刊发表学术论文50余篇，主持国家自然科学基金面上/青年项目、国家重点研发计划任务、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等，相关成果获得10项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn)，入选“中国生物医药技术十大进展”，并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。
教育经历
2018年获得中科院青岛生物能源与过程研究所微生物博士学位。
2014年香港城市大学(City University of Hong Kong)访问学者。
2011年纽约州立大学石溪分校(State University of New York at Stony Brook)计算机科学硕士。
2009年武汉大学计算机科学学士。
工作经历
2020年6月~至今：青岛大学计算机科学技术学院，教授
2017年1月~2020年5月：中国科学院青岛生物能源与过程研究所，副研究员
2016年8月~2016年11月：加州大学圣迭戈分校（University of California, San Diego），国家公派访问学者，合作导师：Rob Knight
2011年5月~2016年12月：中国科学院青岛生物能源与过程研究所，助理研究员
主要研究领域与方向
生物信息学，计算生物学，微生物组学，大数据挖掘
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李菁
中国药科大学生命科学与技术学院教授
李乐园
国家蛋白质科学中心（北京）特聘研究员
左涛
国家高层次青年人才
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