徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任、山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。论文发表于Science、Cell Host Microbe、Nature Commu. 、Science Adv. 等170余篇,被引超16000次,入选爱思唯尔“中国高被引学者”(H-index 60)。主持国家重大科学仪器研制、科技部重点研发计划、国家基金委重点、重大研究计划重点支持等项目。获首届国家特殊人才支持计划(青年拔尖,2012;创新领军,2019)、国家杰出青年基金(2014)、中国青年科技奖(2015)、科技部创新人才推进计划(2015)、中源协和生命医学创新突破奖(2016)、泰山学者、“科技领军人才工作室”(山东省科技厅)等荣誉。单细胞中心(www.single-cell.cn)提出了拉曼组(ramanome)、元拉曼组(metaramanome)等单细胞代谢表型组学概念,研制和产业化了单细胞分析科学仪器系列(单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、高通量单细胞流式拉曼分选仪FlowRACS、单细胞拉曼分选-测序系统RACS-Seq、模块化单细胞微液滴分选系统EasySort等;www.singlecellbiotech.com),并服务于微藻分子育种、微生物组研究、细胞工厂筛选、生物资源挖掘、生物过程监控、抗感染精准用药、肿瘤药物筛选等广阔领域。
徐健+姚粟+崔云龙iMeta:基于拉曼组原理的益生菌单细胞质检技术
中国科学院青岛生物能源与过程研究所徐健团队、中国食品发酵工业研究院姚粟团队和青岛东海药业有限公司崔云龙团队在iMeta发表研究,研发了一种免培养、单细胞水平、表型组-基因组结合的策略,称为单细胞鉴定、原位活力和活性检测以及溯源(SCIVVS),用于快速评估益生菌产品的质量;并验证了自动化采集的SCIVVS一体化工作流程,整个过程除测序外只需五个小时就可以完成质检。
2023-08-10
33位热心肠智库专家入选2022”中国高被引学者”榜单
分属理学、工学、农学、医学四大学科领域
2023-03-29
徐健团队开发幽门螺杆菌单细胞精准诊疗技术
青岛能源所与中国疾病预防控制中心传染病预防控制所(中国疾控中心传染病所)、青岛市立医院、青岛星赛生物等医产学研联合团队,依托原创的临床单细胞拉曼药敏快检系统(CAST-R),建立了单个细菌细胞精度、“鉴定-药敏-溯源”全流程一体化的幽门螺杆菌诊疗技术CAST-R-HP,具有快速病原鉴定、精确药敏表型检测、基于单细胞全基因组支撑耐药机制研究与精准溯源等优势。
2022-06-28
第十九次中国暨国际生物物理大会肠道菌群与健康分论坛成功举办
7 月 26 日下午,由中国生物物理学会肠道菌群分会主办的“肠道菌群与健康”分论坛顺利召开。
2021-08-05
黄适+徐健+王师:2bRAD-M实现对低生物量或降解菌群进行种水平测序
① 2bRAD-M是一种高度简化且低成本的策略,仅对约 1% 的宏基因组进行测序,可产生物种水平的细菌、古菌和真菌图谱;② 对于DNA总量只有1pg,宿主DNA污染程度高或降解样本中DNA出现严重碎片化等难以测序的样品,2bRAD-M可准确生成物种水平分类图谱;③ 2bRAD-M 在各种粪便、皮肤、环境和临床中福尔马林固定石蜡包埋的样本上测试,可以成功重建全面、高分辨率的微生物图谱。
2022-01-26
徐健、苏晓泉等:用大数据引擎绘制全球菌群转化网络
① 作者提出了一个菌群转换模型和一个基于网络的分析框架来描述和模拟全球微生物β多样性在多个生境中的变化和扩散;② 作者通过分析具有177,022个样本的转化网络,发现菌群在全球范围内具有内在的同源性,还发现菌群转化具有高度的稳定性和稳健性;③ 从该网络推导出菌群扩散的全局路线图能够跟踪菌群多样性形成和传播的潜在路径;④ 这种基于搜索的菌群网络为追踪全球范围内现有或新菌群的起源和进化提供了一个容易扩展的参考。
2021-07-13
徐健+黄适:菌群和多组学分析揭示何为“牙龈亚健康”
① 纳入40名成人,测定牙菌斑菌群和代谢组及唾液细胞因子在从健康到牙龈炎期间的变化;② 这些测量指标在停止刷牙后1-3天就已迅速改变,标志着牙龈进入亚健康(SoH)阶段,其特征包括11种唾液细胞因子活化、牙菌斑中有潜在保护作用的甜菜碱和罗氏菌快速协同减少;③ 对不同队列的荟萃分析显示,在SoH阶段牙菌斑菌群的组成和功能特征已与牙周炎高度接近;④ 持续的SoH发展能加速牙菌斑菌群衰老,28天内的衰老程度相当于牙龈健康时1年的衰老。
2021-03-09
苏晓泉+徐健:在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台
① MSE 2包含一个扩展的数据库,该数据库包含超过25万个鸟枪宏基因组和16S rRNA基因扩增子的样品,这些样本与来自798项研究中收集到的统一宏数据相关;② MSE 2还包含一个增强的搜索引擎,不仅可以通过分类学而且可以通过功能概况,实时、快速(每次查询<0.5µs)地搜索最匹配的菌群;③ MSE 2还包含一个基于web的图形用户界面,用于用户友好的搜索、数据浏览和辅导;④ 可通过http://mse.ac.cn免费访问MSE 2。
2021-01-19
苏晓泉、徐健等:基于微生物组大数据的疾病检测方法
① 肠道菌群进行疾病诊断手段受到微生物实验的准确性、重现性,及微生物组高通量数据等多方面的影响;② 本研究利用前期的微生物搜索引擎开发了基于菌群大数据搜索的疾病检测新策略;③ 第一步通过计算待测样本相对于数据库中所有微生物数据得到离群微生物组新颖性评分,确定样本健康与否;④ 第一步中检测到的不健康样本与数据库中多种疾病的参照样本比对,进行疾病分类;⑤ 该方法使用便捷、快速、适用范围广,能够降低漏诊和误诊率。
2020-03-17
青岛能源所苏晓泉:一种对鸟枪宏基因组进行全面分类和系统发育比较的新方法
① 确定鸟枪法宏基因组之间的距离对于推断微生物组的β多样性至关重要;② 动态Meta-Storms(DMS)算法,可以在物种水平上对鸟枪宏基因组进行全面的分类学和系统发育比较;③ DMS将已分类的宏基因组物种与内置(或自定义)的系统发育树进行比较,并依据较高级别的分类信息将未分类的物种放置到进化树的虚拟节点上,生成物种间两两的距离矩阵;④ DMS由C++写成,与UniFrac等算法相比,DMS不仅更快,内存消耗更低,分类准确性也有提升。
2019-12-03
中科院徐健团队:基于皮肤菌群的特应性皮炎诊断及疗效评估
① 纳入来自北京、青岛及美国的116名特应性皮炎(AD)患儿及73名健康儿童,分析对比皮肤菌群的差异;② 基于25个皮肤细菌属,能够以86.4%的准确率诊断出AD患儿(AUC=0.90);③ AD患儿的非病变皮肤处的菌群组成与病变皮肤处相似,且与健康儿童的皮肤菌群不同,以金黄色葡萄球菌的富集为特征;④ 利用基于菌群的皮肤健康指数(MiSH),可将症状相同的AD患儿分为2组,2组之间的菌群多样性及治疗效果不同。
2019-08-20
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
专利名称:快速筛选嗜热厌氧产乙醇微生物高产乙醇菌株的方法,申请号:CN201010149123.3,状态:(授权)
专利名称:一种生产纤维素乙醇的方法,申请号:CN201010149120.X,状态:(授权)
专利名称:一种超声波介导的微生物遗传转化方法及其应用,申请号:CN201010186403.1,状态:(授权)
专利名称:一种向微拟球藻叶绿体中导入外源DNA的方法及相关的叶绿体基因组序列,申请号:CN201210494514.8,状态:(授权)
专利名称:单细胞表现型数据库系统和搜索引擎,申请号: CN201310105207.0,状态:(授权)
专利名称:一种基于自供能真空微泵的便携式微液滴发生器,申请号:CN201310382774.0,状态:(授权)
专利名称:一种快速区分环境中刺激(污染)物质的方法,申请号:CN201310456140.5,状态:(审中-实审)
专利名称:一种捕获采集细胞/颗粒拉曼光谱的微流控芯片及方法,申请号:CN201310613921.0,状态:(授权)
专利名称:一种快速检测微藻产能过程的方法,申请号:CN201310595881.1,状态:(授权)
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任
山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。论文发表于Science、Cell Host Microbe、Nature Commu. 、Science Adv. 等170余篇,被引超16000次,入选爱思唯尔“中国高被引学者”(H-index 60)。主持国家重大科学仪器研制、科技部重点研发计划、国家基金委重点、重大研究计划重点支持等项目。获首届国家特殊人才支持计划(青年拔尖,2012;创新领军,2019)、国家杰出青年基金(2014)、中国青年科技奖(2015)、科技部创新人才推进计划(2015)、中源协和生命医学创新突破奖(2016)、泰山学者、“科技领军人才工作室”(山东省科技厅)等荣誉。单细胞中心(www.single-cell.cn)提出了拉曼组(ramanome)、元拉曼组(metaramanome)等单细胞代谢表型组学概念,研制和产业化了单细胞分析科学仪器系列(单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、高通量单细胞流式拉曼分选仪FlowRACS、单细胞拉曼分选-测序系统RACS-Seq、模块化单细胞微液滴分选系统EasySort等;www.singlecellbiotech.com),并服务于微藻分子育种、微生物组研究、细胞工厂筛选、生物资源挖掘、生物过程监控、抗感染精准用药、肿瘤药物筛选等广阔领域。
1993-1997,北京大学,获学士学位
2000-2003,华盛顿大学,获博士学位
2004 -2008,华盛顿大学,团队负责人
2008 –今,中科院青岛生物能源与过程所,研究员
单细胞水平的功能基因组学
系统生物学和合成生物学
国家基金委生命科学部第九届专家咨询委员会委员(2023)
山东省政协委员(2018)
美国微生物学会会刊mSystems创始编委(2016)
首届中组部万人计划青年拔尖人才计划(2012)
科技部中青年科技创新领军人才推进计划(2013)
基金委杰出青年基金(2014)