朱瑞新教授所领导的团队致力于生物信息驱动（数据驱动）的宏基因组相关研究，尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。 以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Ecology & Evolution, Nature Microbiology, The Lancet Gastroenterology & Hepatology，Cell Reports Medicine, Nature Communications 和 Gut等知名期刊发表SCI论文65篇。 主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。 任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。 已培养出2名独立PI。

复旦大学生命科学学院青年研究员，博士生导师。研究聚焦于微生物与宿主互作、微生物资源挖掘和微生物组学分析方法及平台开发。近年来围绕微生物与慢病防治、微生物-宿主互作在Nature Microbiology、Nature Communications、Cell Reports Medicine、Gut和Gut Microbes等期刊上发表了多篇研究论文。入选博士后创新人才支持计划和获得国家自然科学基金青年科学基金项目资助。