注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者
计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解
出版社：大连理工大学出版社
出版年：2011-04
ISBN：978-7-5611-6104-3
同济大学 生物信息系 教授
同济大学 附属第十人民医院 特聘研究员
朱瑞新教授所领导的团队致力于生物信息驱动（数据驱动）的宏基因组相关研究，尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。 以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Ecology & Evolution, Nature Microbiology, The Lancet Gastroenterology & Hepatology，Cell Reports Medicine, Nature Communications 和 Gut等知名期刊发表SCI论文65篇。 主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。 任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。 已培养出2名独立PI。
2001~2007：中国科学院上海有机化学研究所，计算机化学博士学位
1997~2001：兰州大学，化学化工学院，化学学士学位
2022~至今：同济大学，附属第十人民医院，特聘研究员
2007~2008：上海生物信息技术研究中心，软件开发应用，助理研究员
微生物组分析方法发展及平台建设(方法学小组)： (1)微生物组分析平台的建设：服务于国家水圈微生物数据密集型研究，https://www.biosino.org/iMAC/index。(2) 基于因果推理的互作分析及“基石菌种(Keystone species)”确定研究。
重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)病理研究及药物开发(医学微生物小组)：(1) 重大疾病发病机制及分子标记物： 从宿主、微生物及两者相互作用三个层面系统研究重大疾病的发病机制及分子标记物。近年来，本团队尤其致力于开发液态活检靶标，实现癌症及慢性病的早筛或动态监控。(2) 从深海代谢产物和中药资源中开发相关的治疗药物：综合运用合成生物学、虚拟筛选、有机合成和药理测试开发重大疾病治疗和预防药物或保健品。
真核细胞功能起源(环境微生物小组)： (1) 系统发育树重构算法研究：系统地解决生命树重构过程中的瓶颈问题。(2) 真核细胞功能的进化途径：整合系统发育树和功能代谢分析，重现真核细胞复杂功能的演化史。
中药多靶点机制及优化研究(中药现代化小组)：(1) 中药复方多靶点、多机制的定量研究：开发“通路模块化算法”，实现中药复方多靶点多机制的规范研究。(2) 中药复方效应成分研究：发展“通路定量分析方法”，开展复方及其效应成分机制的比较研究，实现中药复方的优化。
中国研究型医院学会中西医结合新药创制专业委员会，常务委员(2021-)
世界中联消化病专业委员会，常务理事 (2020-)
深圳海洋地球古菌重点实验室学术委员(2019-2024)
热心肠智库专家(2019-)
Frontiers in Microbiology(IF=4.0), 副主编(2019-)
中国医师协会中西医结合医师分会基础与转化医学专业委员会常务委员(2017-)
世界中联中药系统科学与工程专业委员会常务理事(2017-)
Frontiers in Pharmacology(IF=4.4), 副主编(2017-)
2019年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
2018年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
2017年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀科研工作者”。
2017年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
2016年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，蝉联)。
2015年，同济大学生命科学与技术学院“先进工作者”。
2015年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀教师”。
2015年，同济大学年度考核被评为“校优”(排名第一)。
2015年，同济大学“优秀毕业设计指导教师” (生物信息专业唯一名额)。
