浙江大学吴顶峰、同济大学朱瑞新和中国科学院大学张国清与团队，开发出一种通过微生物代谢背景匹配来减轻宿主混杂因素的影响的工具miMatch，提高了宏基因组研究中差异微生物模式的识别准确性，减少了假阳性发现。

同济大学朱瑞新、中山大学朱立新和郅敏与团队发表研究，通过对比克罗恩病（CD）患者与其健康一级亲属（HFDR）的肠道菌群，最大限度地减少遗传和环境因素的影响，从而鉴定出更可信的CD相关的微生物标志物。

同济大学朱瑞新、复旦大学焦娜和中国科学院大学张国庆作为共同通讯在Nature Protocols发表最新研究，开发出一种新型计算框架xMarkerFinder，用于跨队列数据集中微生物生物标志物的识别和验证。

近日，中山大学朱立新、同济大学附属第十人民医院刘占举和朱瑞新、浙江大学焦娜及团队在Gut Microbes发表最新研究，整合了多队列全宏基因组测序数据，并系统评估了多模态微生物标志物对于结直肠腺瘤的诊断效能，最终揭示了微生物单核苷酸变异作为疾病诊断标志物的潜力巨大，值得关注。

宿主-菌群互作失调在克罗恩病 (CD) 肠炎的发生发展中起着关键作用，然而肠道及其附属组织的空间分布和相互作用网络尚不清楚。近日，同济大学刘占举、朱瑞新团队联合西湖大学郭天南在Cell Reports Medicine发表文章，通过对克罗恩病患者的肠道及其附属组织的整合多组学分析，揭示了宿主蛋白和肠道菌群的空间特征及其相互作用，为CD发病机制以及基于蛋白和微生物的潜在诊断标志物提供了新见解。

近日，上海中医药大学李后开、同济大学朱瑞新、上海中医药大学张卫东、北京中医药大学附属东直门医院沈晓旭及团队在Microbiology Spectrum发表最新研究，纳入42名稳定性冠心病心绞痛患者（SCAD）和46名健康人，发现患者肠菌α多样性显著降低，29个物种丰度显著改变。此外，患者肠道中富集的Ralstonia Pickettii可能是其体内不饱和脂肪酸降低的重要原因。总之，该研究为探究SCAD形成的机制提供了新证据，值得关注。

同济大学朱瑞新团队和中山大学六院朱立新团队与合作者近期在iMeta发表研究，收集了来自纽约的22名非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者、25名肥胖患者和16名健康个体的粪便样本，进行16S rRNA基因测序，并基于因果推理理论和动态干预模拟（DIS）建立了一种疾病关键菌种识别算法。该研究发现多个关键菌种可有效地使NAFLD的菌群组成向正常肠道菌群恢复，提示了一种新的潜在的NAFLD微生物治疗方法。

Nature Microbiology最新发表了上海交通大学医学院王慧、同济大学朱瑞新、中科院上海营养与健康研究所张国庆、复旦大学陈兴栋、中山大学附属第六医院朱立新作为共同通讯作者的研究论文，通过对结直肠癌（CRC）大样本宏基因组数据集进行综合分析，揭示了与CRC相关的4界肠道微生物（细菌、真菌、古菌、病毒）各自的变化和彼此的互作，并建立了基于多界微生物和宏基因组功能标志物的CRC诊断模型。

同济大学朱瑞新和田川、上海交大医学院刘宁宁、中山大学附属第六医院朱立新与研究团队，近期在Nature Communication上发表研究，对4项研究进行总结，鉴定出了可区分结直肠腺瘤与健康对照、结直肠腺瘤与结直肠癌的菌群标志物，或有助于结直肠癌的早期诊断。

如何分析菌群内的微生物互作从而实现对菌群的精准干预？