微生物组领域爆出了重大的文章撤稿事件，美国加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight教授和团队的一篇已发表论文，在2024年6月26日被发表期刊Nature撤稿。
值得关注的是，在这个事件中，目前并没有学术不端、学术造假的问题，我更愿意称之为科学共同体进行的一次正常、规范的学术纠错行为，涉入其中的原始研究团队、质疑团队和期刊都值得尊重。
2020年3月11日，Rob Knight和团队在Nature期刊发表论文，对1.8万个人类样本的全基因组和全转录组数据进行二次分析，发现其中一小部分微生物的基因特征，这些特征能准确揭示身体的特定问题。
｜热心肠日报解读
【已撤稿】Nature：分析血液和组织的微生物组，或能诊断癌症
Nature
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① 分析33种癌症的全基因组和全转录组数据（1万患者，1.8万样本），鉴定肿瘤和正常组织以及血液中的微生物DNA和RNA；
② 约7.2%的序列为非人类来源，用机器学习模型鉴定出不同癌症和组织类型的微生物特征；
③ 对于游离肿瘤DNA检测效果有限的Ia-IIc期和无基因组改变的癌症，血液微生物DNA（mbDNA）能较好的区分不同癌症类型；
④ 分析69例健康人和100例癌症患者证实，mbDNA能用来区分健康人和癌症患者以及不同癌症类型。
Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach
2020-03-11, doi: 10.1038/s41586-020-2095-1
文章发表以后，就有人提出质疑，比如一些只在极端环境下存在的微生物的信号，却在人身上“出现”，不合理！
2023年10月9日，来自美国约翰霍普金斯大学的Steven L. Salzberg教授和团队发在mBio期刊的文章，直接指出Rob Knight等人的主要数据分析方法是错误的，所谓的微生物基因大部分其实是属于人类的；数据分析中也有一个致命的数据转换错误。因此，他们认为Rob Knight教授等人的研究结果无效，包括随后采用同样方法学做的十几项研究（包括N项中国团队的研究），结果可能同样无效。
2024年2月23日，Rob Knight教授和团队在Oncogene发表回应文章，解释了数据污染、批次校正和错误分类的问题，并用一些新方法对数据进行了重新分析，认为尽管存在问题，但结论仍然可靠。
而科学界的质疑并没有停止，Nature经过评估，认为文章发表后产生的专业质疑和原始作者的回应，至少表明该研究的部分结论不可靠，因此决定撤稿。Rob Knight教授和团队的所有作者也同意了这一决定。
这是微生物组领域第一次出现发表在CNS级别期刊上的文章被撤稿，目前来看（当然这主要代表我的个人观点），这不是学术不端或造假行为。
Rob Knight教授是微生物组领域的领军人物，他和团队创造了很多被广泛使用、不可或缺的方法和工具，并参与了近百篇发表在CNS和类似水准期刊上的文章。
在方法学的首创研究中，容易带入一些“非主观的”“诚实的”错误或技术问题，可能会影响研究结果的可靠性，这确实是有负面影响的。但是我们不能要求科学研究100%正确，科学界存在很多一开始被认为可靠的结论最终被推翻的案例。类似这次Rob Knight教授和团队的错误，我个人报以充分理解。
而Steven L. Salzberg教授和团队的专业质疑，以及Nature的纠错方式，也着实经典，值得学习。
针对一篇经过同行评议的Nature论文，Steven L. Salzberg教授他们敢于质疑，用专业的数据分析论证关键点，并通过同行评议后发表论文，在正式渠道用正式方法进行学术争论；Rob Knight教授和团队也能直面问题，继续用论文回应；Nature则在注意到争论后，充分关注各方意见，最终谨慎决策，作出撤稿选择。
研究虽然出现问题，但应该没有主观造假；质疑是科学家的本能，注意使用规范的正式方法，而非谩骂、讥讽或举报。撤稿尽管常被视为坏事，但也可以传为学界美谈，是正常且被理解的学术出版环节。
如果学术界都是这样的“撤稿故事”，那会比现在更加美好。
