徐健、苏晓泉等:用大数据引擎绘制全球菌群转化网络
热心肠小伙伴们 2021-07-21
青岛大学苏晓泉与中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心徐健与团队在mSystems发表研究,提出了一种基于大数据搜索的理论模型,从多个尺度探索不同生态系统之间微生物组的内在关联与演化规律。基于该模型,他们运用前期开发的菌群搜索引擎 MSE和超过17万例样本,计算和绘制了首个全球性的“菌群相互转化网络”,从而刻画出不同生态系统中菌群最可能的演化途径,对于重构历史上曾经存在过的菌群,或设计全新的

近期,来自青岛大学苏晓泉与中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心徐健与团队在mSystems发表研究A Scale-Free, Fully Connected Global Transition Network Underlies Known Microbiome Diversity,该研究提出了一种基于大数据搜索的理论模型,从多个尺度探索不同生态系统之间微生物组的内在关联与演化规律。基于该理论模型,研究人员运用前期开发的菌群搜索引擎 (MSE; http://mse.ac.cn)和超过17万例样本,计算和绘制了首个全球性的“菌群相互转化网络”,从而刻画出不同生态系统中菌群最可能的演化途径,对于重构历史上曾经存在过的菌群,或设计全新的菌群,具有重要的指导意义。

专家简介
徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任
山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。论文发表于Science、Cell Host Microbe、Nature Commu. 、Science Adv. 等170余篇,被引超16000次,入选爱思唯尔“中国高被引学者”(H-index 60)。主持国家重大科学仪器研制、科技部重点研发计划、国家基金委重点、重大研究计划重点支持等项目。获首届国家特殊人才支持计划(青年拔尖,2012;创新领军,2019)、国家杰出青年基金(2014)、中国青年科技奖(2015)、科技部创新人才推进计划(2015)、中源协和生命医学创新突破奖(2016)、泰山学者、“科技领军人才工作室”(山东省科技厅)等荣誉。单细胞中心(www.single-cell.cn)提出了拉曼组(ramanome)、元拉曼组(metaramanome)等单细胞代谢表型组学概念,研制和产业化了单细胞分析科学仪器系列(单细胞拉曼药敏快检仪CAST-R、高通量单细胞流式拉曼分选仪FlowRACS、单细胞拉曼分选-测序系统RACS-Seq、模块化单细胞微液滴分选系统EasySort等;www.singlecellbiotech.com),并服务于微藻分子育种、微生物组研究、细胞工厂筛选、生物资源挖掘、生物过程监控、抗感染精准用药、肿瘤药物筛选等广阔领域。
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苏晓泉
青岛大学计算机科学技术学院教授
苏晓泉,博士,教授,博士生导师。泰山学者青年专家,山东青创人才引育团队带头人,CCF高级会员,国家留学基金公派访问学者,青岛大学特聘教授。研究方向为生物信息学与大数据科学,已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、Adv. Intell. Syst.等期刊发表学术论文50余篇,主持国家自然科学基金面上/青年项目、国家重点研发计划任务、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等,相关成果获得10项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn),入选“中国生物医药技术十大进展”,并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。
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