肠道菌群中，许多细菌基因是由非模式细菌编码的，因而难以通过靶向性的遗传操作去探索和验证这些基因对宿主生理的影响和机制。建立和筛选能有效针对非模式肠菌的基因操纵方法和工具，对于深入挖掘肠道细菌功能、探索细菌与宿主的互作机制，以及通过基因编辑来操控菌群以改善相关疾病，是至关重要的。Cell最新发表来自康奈尔大学郭春君团队的研究Genetic manipulation of gut microbes enables single-gene interrogation in a complex microbiome，在这一问题上取得了突破性进展。该团队开发了一套用于对非模式肠菌进行基因操纵的流程，能大规模地鉴定可进行基因转移（引入外源DNA）的肠道细菌及其方法，并建立对应的基因编辑工具，大幅拓展了可进行基因操纵的肠道细菌的范围。该团队在一项概念验证研究中，揭示了特定细菌胆汁酸代谢基因在具有复杂菌群的宿主体内的功能，并表明操纵菌群中的特定细菌基因可“撬动”菌群结构，改变宿主对特定疾病的易感性。总之，这项工作为研究肠道菌群基因与宿主的互作机制及其与疾病表型的因果关联，提供了一套强有力的工具，为进一步研发靶向性操纵肠道菌群的方法迈出了重要的一步。
