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稀疏性分析
文章数:3篇
微生物组分析工具
新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析
探索微生物组与宿主表型的关联,以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强,现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果,该软件采用R语言编写,可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装,使用方便;相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。
微生物组分析工具
Microbiome association studies
microbial ecology
Adaptive association analysis
Higher criticism
稀疏性分析
mBio:地球上的微生物,可能终究只有几百万种
有人说地球上的微生物有1000亿种,这实在有点夸张,这篇文章的作者说终究可能只有几百万种,你觉得靠谱么?
稀疏性分析
物种数量
细菌
古细菌
16S rRNA
稀疏性分析
mBio:发现微生物新物种的进程,或许已进入瓶颈期!
你测一条16S rRNA基因全长数据,有95%左右概率是已知序列,用这样的测序来发现新物种,已经越来越难。而地球上到底有多少种微生物,问题也随着这个研究再一次被提出。
稀疏性分析
物种数量
细菌
古细菌
16S rRNA