微生物暗物质

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Nature：未培养微生物中的40万个新基因家族

尽管微生物培养技术已取得很多进展，但地球上仍有大量未培养微生物，其基因的特征和功能在很大程度上被归为微生物“暗物质”。Nature发表的这项最新研究，对5个数据库中来自82个生境（含肠道）的近15万个细菌和古菌基因组（宏基因组组装基因组和单扩增基因组），进行了系统性地比较分析研究，编制了专属于未培养原核生物的新基因家族目录FESNov，使细菌和古菌基因家族数量变为原有的3倍，极大扩展了对未培养微生物遗传库在功能和演化方面的认知，有助于未来的宏基因组学研究。

宏基因组微生物暗物质未培养微生物基因家族

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MDMcleaner重新评估公共宏基因组组装基因组和单菌基因组数据集

本研究，作者提出了一种新的工作流程，作为检测和清除污染的替代策略，它可以意识到潜在的参考数据库污染，从而最大限度地减少错误传播的危险。作者为这个工作流提供了一个免费开放访问的python程序，名为“MDMcleaner”，一个重叠群分类和细化工具，并在模拟和真实数据集上对其进行了测试和比较。MDMcleaner 揭示了当前筛选方法忽略的大量污染，并在新基因组和基础参考数据库中灵敏地检测出了错误分配的重叠群从而大大改善了我们对“微生物暗物质”的看法。

微生物暗物质 contig分类参考数据库基因组污染宏基因组组装基因组 (MAGs)

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FEMS ME：盖亚和她的微生物组

盖亚假说认为整个地球就是一个巨大的生命有机体，若果真如此，微生物在“盖亚”中作用是举足轻重的，这篇有趣的文章就是着眼于此，很值得一看。

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