基因组污染

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微生物暗物质

MDMcleaner重新评估公共宏基因组组装基因组和单菌基因组数据集

本研究，作者提出了一种新的工作流程，作为检测和清除污染的替代策略，它可以意识到潜在的参考数据库污染，从而最大限度地减少错误传播的危险。作者为这个工作流提供了一个免费开放访问的python程序，名为“MDMcleaner”，一个重叠群分类和细化工具，并在模拟和真实数据集上对其进行了测试和比较。MDMcleaner 揭示了当前筛选方法忽略的大量污染，并在新基因组和基础参考数据库中灵敏地检测出了错误分配的重叠群从而大大改善了我们对“微生物暗物质”的看法。

微生物暗物质 contig分类参考数据库基因组污染宏基因组组装基因组 (MAGs)